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万見
- PDB-3me6: Crystal structure of cytochrome 2B4 in complex with the anti-plat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3me6
タイトルCrystal structure of cytochrome 2B4 in complex with the anti-platelet drug clopidogrel
要素Cytochrome P450 2B4
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / P450 (シトクロムP450) / cytochrome P450 2B4 / monooxygenase / membrane protein (膜タンパク質) / CYP 2B4 / CYP LM2
機能・相同性
機能・相同性情報


response to stimulus / 非特異的モノオキシゲナーゼ / aromatase activity / iron ion binding / heme binding / endoplasmic reticulum membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group I, CYP2B-like / Cytochrome P450, E-class, group I / シトクロムP450 / シトクロムP450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / シトクロムP450 / Cytochrome P450 superfamily / シトクロムP450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
クロピドグレル / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome P450 2B4
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Gay, S.C. / Roberts, A.G. / Maekawa, K. / Talakad, J.C. / Hong, W.X. / Zhang, Q. / Stout, C.D. / Halpert, J.R.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Structures of cytochrome P450 2B4 complexed with the antiplatelet drugs ticlopidine and clopidogrel.
著者: Gay, S.C. / Roberts, A.G. / Maekawa, K. / Talakad, J.C. / Hong, W.X. / Zhang, Q. / Stout, C.D. / Halpert, J.R.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Structure of microsomal cytochrome P450 2B4 complexed with the antifungal drug bifonazole: insight into P450 conformational plasticity and membrane interaction.
著者: Zhao, Y. / White, M.A. / Muralidhara, B.K. / Sun, L. / Halpert, J.R. / Stout, C.D.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Structure of mammalian cytochrome P450 2B4 complexed with 4-(4-chlorophenyl)imidazole at 1.9 {angstrom} resolution: Insight into the range of P450 conformations and coordination of redox partner binding.
著者: Scott, E.E. / White, M.A. / He, Y.A. / Johnson, E.F. / Stout, C.D. / Halpert, J.R.
#3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003
タイトル: An open conformation of mammalian cytochrome P450 2B4 at 1.6 A resolution.
著者: Scott, E.E. / He, Y.A. / Wester, M.R. / White, M.A. / Chin, C.C. / Halpert, J.R. / Johnson, E.F. / Stout, C.D.
#4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Structural and thermodynamic consequences of 1-(4-chlorophenyl)imidazole binding to cytochrome P450 2B4.
著者: Zhao, Y. / Sun, L. / Muralidhara, B.K. / White, M.A. / Stout, C.D. / Halpert, J.R.
#5: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Crystal Structures of Cytochrome P450 2B4 in Complex with the Inhibitor 1-Biphenyl-4-methyl-1H-imidazole: Ligand-Induced Structural Response through Alpha-Helical Repositioning
著者: Gay, S.C. / Sun, L. / Maekawa, K. / Halpert, J.R. / Stout, C.D.
履歴
登録2010年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32021年10月6日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 2B4
B: Cytochrome P450 2B4
C: Cytochrome P450 2B4
D: Cytochrome P450 2B4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,43012
ポリマ－216,6764
非ポリマー3,7538
水2,378132
1
A: Cytochrome P450 2B4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1073
ポリマ－54,1691
非ポリマー9382
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cytochrome P450 2B4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1073
ポリマ－54,1691
非ポリマー9382
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Cytochrome P450 2B4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1073
ポリマ－54,1691
非ポリマー9382
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Cytochrome P450 2B4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1073
ポリマ－54,1691
非ポリマー9382
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)234.490, 234.490, 57.320
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number143
Space group name H-MP3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 28 - 492 / Label seq-ID: 9 - 473

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

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要素

#1: タンパク質
Cytochrome P450 2B4 / CYPIIB4 / Cytochrome P450 isozyme 2 / Cytochrome P450 LM2 / Cytochrome P450 type B0 / Cytochrome P450 type B1


分子量: 54169.082 Da / 分子数: 4
変異: E2A, G22K, H23K, P24T, K25S, A26S, H27K, R29K, H226Y
由来タイプ: 組換発現
詳細: Deleted residues 3-21, E2A, G22K, H23K, P24T, K25S, A26S, H27K, R29K, 4x Cterm His tag
由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: CYP2B4 / プラスミド: PKK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOPP3
参照: UniProt: P00178, 非特異的モノオキシゲナーゼ
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-CGE / Clopidogrel / methyl (2S)-(2-chlorophenyl)(6,7-dihydrothieno[3,2-c]pyridin-5(4H)-yl)ethanoate / クロピドグレル / クロピドグレル


分子量: 321.822 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H16ClNO2S / コメント: 薬剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細AUTHORS INDICATE THAT THERE IS AN ERROR IN THE SEQUENCE DATABASE REFERENCE AT RESIDUE 221

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.71 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 20% (w/v) PEG 8000, 0.2 M NaCl and 0.1 M phosphate-citrate, pH 4.2, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月7日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→76.755 Å / Num. all: 62529 / Num. obs: 62529 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rsym value: 0.13 / Net I/σ(I): 4.7
反射 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.432 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 9259 / Rsym value: 0.432 / % possible all: 98.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 33.25 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.95 Å76.75 Å
Translation2.95 Å76.75 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.9データスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Blu-Iceデータ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1SUO

1suo


解像度: 3.1→76.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / WRfactor Rfree: 0.237 / WRfactor Rwork: 0.181 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.857 / SU B: 14.228 / SU ML: 0.258 / SU Rfree: 0.378 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.378 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 3169 5.1 %RANDOM
Rwork0.178 ---
all0.181 62529 --
obs0.181 62516 97.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 111.96 Å2 / Biso mean: 42.197 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å2-0.03 Å20 Å2
2---0.06 Å20 Å2
3---0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→76.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14882 0 256 132 15270
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.02215506
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9362.01321050
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.11651848
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.62322.542716
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.993152567
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.32515143
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1320.22276
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02112015
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8641.59300
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.715215092
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.40436206
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2674.55958
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3718 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1ALOOSE POSITIONAL0.235
2BLOOSE POSITIONAL0.285
3CLOOSE POSITIONAL0.245
4DLOOSE POSITIONAL0.335
1ALOOSE THERMAL1.0510
2BLOOSE THERMAL1.1810
3CLOOSE THERMAL1.1210
4DLOOSE THERMAL1.2510
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.181 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 214 -
Rwork0.233 4483 -
all-4697 -
obs--97.43 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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