+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3mau | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of StSPL in complex with phosphoethanolamine | ||||||
要素 | sphingosine-1-phosphate lyaseSGPL1 | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / carboxy-lyase activity / pyridoxyl phosphate | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 aromatic-L-amino-acid decarboxylase activity / carboxylic acid metabolic process / pyridoxal phosphate binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Symbiobacterium thermophilum (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Bourquin, F. / Grutter, M.G. / Capitani, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2010 タイトル: Structure and Function of Sphingosine-1-Phosphate Lyase, a Key Enzyme of Sphingolipid Metabolism. 著者: Bourquin, F. / Riezman, H. / Capitani, G. / Grutter, M.G. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3mau.cif.gz | 342.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3mau.ent.gz | 279.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3mau.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ma/3mau ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ma/3mau | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Auth seq-ID: 57 - 507 / Label seq-ID: 58 - 508
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55572.996 Da / 分子数: 4 / 変異: K311A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Symbiobacterium thermophilum (バクテリア) 遺伝子: STH1274 / プラスミド: pQE70 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 参照: UniProt: Q67PY4, スフィンガニン-1-リン酸アルドラーゼ #2: 化合物 | ChemComp-PLR / ( | #3: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.21 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2 詳細: PEG 5000 MME 17%, 0.15 M KSCN, 0.1 M Tris(HOAc) pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2007年11月21日 / 詳細: DYNAMICALLY BENDABLE MIRROR |
放射 | モノクロメーター: LN2 COOLED FIXED EXIT SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→29.9 Å / Num. obs: 48405 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 63.916 Å2 / Rsym value: 0.126 / Net I/σ(I): 11.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. measured obs: 27013 / Num. unique obs: 4383 / Rsym value: 0.579 / % possible all: 92.7 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: NON-DEPOSITED STRUCTURE OF STSPL K311A (DIMERIC MODEL) WITHOUT PHOSPHOETHANOLAMINE BOUND 解像度: 2.9→29.895 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.805 / SU ML: 0.34 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 26.33 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 16.325 Å2 / ksol: 0.269 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 120.54 Å2 / Biso mean: 71.046 Å2 / Biso min: 47.65 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→29.895 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17
|