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- PDB-3m92: The structure of yciN, an unchracterized protein from Shigella fl... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3m92 | ||||||
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Title | The structure of yciN, an unchracterized protein from Shigella flexneri. | ||||||
![]() | Protein yciN | ||||||
![]() | ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | Protein of unknown function (DUF2498) / Protein of unknown function DUF2498 / YciN superfamily / Protein of unknown function (DUF2498) / ![]() ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cuff, M.E. / Xu, X. / Cui, H. / Chin, S. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() Title: The structure of yciN, an unchracterized protein from Shigella flexneri. Authors: Cuff, M.E. / Xu, X. / Cui, H. / Chin, S. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 47.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 34.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Details | unknown but likely dimer in asymmetric unit. |
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Components
#1: Protein | Mass: 12253.174 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-CL / | ![]() #3: Chemical | ChemComp-NA / | #4: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.47 Å3/Da / Density % sol: 50.27 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.8 Details: 0.5M K3PO4, 0.5M NaPO4, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 273 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Mar 2, 2010 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Redundancy: 12 % / Av σ(I) over netI: 50.44 / Number: 187426 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Χ2: 1.54 / D res high: 2.05 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 15604 / % possible obs: 97.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 2.05→50 Å / Num. all: 15604 / Num. obs: 15604 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 12 % / Biso Wilson estimate: 46.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Χ2: 1.541 / Net I/σ(I): 9.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.05→2.09 Å / Redundancy: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 0.655 / Num. unique all: 791 / Χ2: 0.476 / % possible all: 99.5 |
-Phasing
Phasing![]() | Method: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD | D res high: 2.05 Å / D res low: 48.8 Å / FOM : 0.301 / FOM acentric: 0.32 / FOM centric: 0.176 / Reflection: 15536 / Reflection acentric: 13472 / Reflection centric: 2064 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set | Highest resolution: 2.05 Å / Lowest resolution: 48.8 Å
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Phasing MAD set shell |
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Phasing MAD set site | Atom type symbol: Se
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Phasing MAD shell |
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Phasing dm | Method: Solvent flattening and Histogram matching / Reflection: 15536 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 63.14 Å2 / Biso mean: 35.166 Å2 / Biso min: 13.41 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.05→28.18 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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