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- PDB-3m8b: Crystal structure of spin-labeled BtuB V10R1 in the apo state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3m8b
タイトルCrystal structure of spin-labeled BtuB V10R1 in the apo state
要素Vitamin B12 transporter btuB
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / beta barrel (Βバレル) / R1 / spin label / Cell membrane (細胞膜) / Cell outer membrane / Ion transport / Membrane (生体膜) / Metal-binding / Phage recognition / Porin (ポリン (タンパク質)) / Receptor / TonB box / Transmembrane (膜貫通型タンパク質) / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC-type vitamin B12 transporter activity / cobalamin transport / siderophore uptake transmembrane transporter activity / porin activity / transmembrane transporter complex / pore complex / monoatomic ion transmembrane transport / cell outer membrane / protein domain specific binding / calcium ion binding / 生体膜
類似検索 - 分子機能
TonB-dependent vitamin B12 transporter BtuB / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 1. / TonB-dependent receptor, beta-barrel domain / TonB-dependent receptor, plug domain / Maltoporin; Chain A / TonB box, conserved site / Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 / TonB-dependent receptor, conserved site / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 2. / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins profile. ...TonB-dependent vitamin B12 transporter BtuB / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 1. / TonB-dependent receptor, beta-barrel domain / TonB-dependent receptor, plug domain / Maltoporin; Chain A / TonB box, conserved site / Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 / TonB-dependent receptor, conserved site / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 2. / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins profile. / Vitamin B12 transporter BtuB-like / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel / TonB-dependent receptor, plug domain superfamily / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel domain superfamily / TonB-dependent Receptor Plug Domain / Beta Complex / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MTN / Vitamin B12 transporter BtuB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Freed, D.M. / Horanyi, P.S. / Wiener, M.C. / Cafiso, D.S.
引用ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2010
タイトル: Conformational exchange in a membrane transport protein is altered in protein crystals.
著者: Freed, D.M. / Horanyi, P.S. / Wiener, M.C. / Cafiso, D.S.
履歴
登録2010年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月27日Group: Non-polymer description
改定 1.32011年10月26日Group: Database references
改定 1.42012年2月15日Group: Derived calculations / Non-polymer description
改定 1.52017年11月8日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.62023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vitamin B12 transporter btuB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,89713
ポリマ－66,3901
非ポリマー2,50712
水2,036113
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.290, 81.290, 226.562
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Vitamin B12 transporter btuB / Cobalamin receptor / Outer membrane cobalamin translocator


分子量: 66390.195 Da / 分子数: 1 / 変異: V10R1A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: btuB, bfe, cer, dcrC, b3966, JW3938 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06129
#2: 化合物
ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル


分子量: 306.438 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O5 / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-MTN / S-[(1-oxyl-2,2,5,5-tetramethyl-2,5-dihydro-1H-pyrrol-3-yl)methyl] methanesulfonothioate / MTSL / MTSL


分子量: 264.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H18NO3S2
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.11 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 2.5% PEG3350,20 mM Bis Tris, 150 mM Magnesium acetate, 10 mM C8E4, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月30日
放射モノクロメーター: Si 220. Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator: liquid nitrogen cooled; sagitally focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 9.6 % / Av σ(I) over netI: 26.29 / 数: 311539 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Χ2: 1.52 / D res high: 2.4 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 32472 / % possible obs: 92.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.175099.610.0521.22710.3
4.15.1799.910.0751.3610.9
3.584.110010.1061.43710.9
3.263.5810010.1321.71610.6
3.023.2610010.1461.90510.2
2.853.0299.910.1731.729.9
2.72.8599.610.2191.6549.5
2.592.798.410.2771.4468.6
2.492.5990.810.3521.1867
2.42.4938.610.3831.0974.6
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 32472 / Num. obs: 32472 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(F): 6.9 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rsym value: 0.091 / Χ2: 1.52 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.383 / Num. unique all: 1314 / Χ2: 1.097 / % possible all: 38.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 35.33 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å44.13 Å
Translation2.5 Å44.13 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MAR345SERGUIデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NQE, residue 10 deleted

1nqe


解像度: 2.44→44.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / WRfactor Rfree: 0.276 / WRfactor Rwork: 0.238 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.6 / FOM work R set: 0.846 / SU B: 14.043 / SU ML: 0.153 / SU R Cruickshank DPI: 0.335 / SU Rfree: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.335 / ESU R Free: 0.24 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 1646 5.1 %RANDOM
Rwork0.219 ---
all0.264 30769 --
obs0.221 32415 97.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 119.76 Å2 / Biso mean: 30.191 Å2 / Biso min: 8.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å2-0.02 Å20 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.44→44.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4329 0 163 113 4605
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0214586
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.023126
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8391.9536185
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9543.0017538
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.8135545
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.69123.85226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.6615669
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8831529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2643
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.025084
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02981
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0521.52695
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2211.51146
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.98624318
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.04831891
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9784.51867
LS精密化 シェル解像度: 2.44→2.504 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.39 108 -
Rwork0.346 1797 -
all-1905 -
obs-1797 79.34 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.73050.0280.06671.64490.24041.3702-0.0398-0.2366-0.16060.08430.0163-0.05870.12920.08610.02350.2192-0.12350.05850.1329-0.01530.1218-34.9748-5.826613.1805
21.07870.2343-0.08070.87630.03991.12370.0582-0.2419-0.06060.1019-0.0749-0.04790.04910.10190.01660.1747-0.11840.06850.1325-0.03580.0814-36.4715-5.03615.3942
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 132
2X-RAY DIFFRACTION2A137 - 594

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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