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- PDB-3m85: Archaeoglobus fulgidus exosome y70a with RNA bound to the active site -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3m85
タイトルArchaeoglobus fulgidus exosome y70a with RNA bound to the active site
要素
  • (Probable exosome complex exonuclease ...) x 2
  • 5'-R(*CP*UP*CP*CP*CP*C)-3'
  • Putative uncharacterized protein AF_0206
キーワードHYDROLASE/RNA / exosome / RNA (リボ核酸) / Exonuclease (エキソヌクレアーゼ) / Hydrolase (加水分解酵素) / Nuclease (ヌクレアーゼ) / HYDROLASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


exosome (RNase complex) / RNA catabolic process / 転写後修飾 / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3'-5'-RNA exonuclease activity / RNA binding / zinc ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Exosome complex component Csl4, archaea / Exosome complex component Rrp41 / Exosome complex component Rrp42, archaea / Exosome complex component CSL4, C-terminal / Exosome complex component, N-terminal domain / Exosome complex component Csl4 / Exosome component EXOSC1/CSL4 / Exosome complex exonuclease RRP4 N-terminal region / GHMP Kinase, N-terminal domain / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 2 ...Exosome complex component Csl4, archaea / Exosome complex component Rrp41 / Exosome complex component Rrp42, archaea / Exosome complex component CSL4, C-terminal / Exosome complex component, N-terminal domain / Exosome complex component Csl4 / Exosome component EXOSC1/CSL4 / Exosome complex exonuclease RRP4 N-terminal region / GHMP Kinase, N-terminal domain / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 2 / 3' exoribonuclease family, domain 2 / Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W; - #10 / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 1 / PNPase/RNase PH domain superfamily / Exoribonuclease, PH domain 2 superfamily / 3' exoribonuclease family, domain 1 / Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W; / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 domain / Single Sheet / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Nucleic acid-binding, OB-fold / Βバレル / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / Exosome complex component Rrp42 / Exosome complex component Rrp41 / Exosome complex component Csl4
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属)
archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Hartung, S. / Hopfner, K.-P.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2010
タイトル: Quantitative analysis of processive RNA degradation by the archaeal RNA exosome
著者: Hartung, S. / Niederberger, T. / Hartung, M. / Tresch, A. / Hopfner, K.-P.
履歴
登録2010年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein AF_0206
B: Putative uncharacterized protein AF_0206
C: Putative uncharacterized protein AF_0206
D: Probable exosome complex exonuclease 1
E: Probable exosome complex exonuclease 1
F: Probable exosome complex exonuclease 1
G: Probable exosome complex exonuclease 2
H: Probable exosome complex exonuclease 2
I: Probable exosome complex exonuclease 2
X: 5'-R(*CP*UP*CP*CP*CP*C)-3'
Y: 5'-R(*CP*UP*CP*CP*CP*C)-3'
Z: 5'-R(*CP*UP*CP*CP*CP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)236,77215
ポリマ－236,57512
非ポリマー1963
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area31610 Å2
ΔGint-140 kcal/mol
Surface area81290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.020, 138.020, 262.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11F-263-

HOH

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要素

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Probable exosome complex exonuclease ... , 2種, 6分子 DEFGHI

#2: タンパク質 Probable exosome complex exonuclease 1 / exosome RNA binding protein Rrp41


分子量: 28860.266 Da / 分子数: 3 / Mutation: R65E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属)
遺伝子: AF_0493 / プラスミド: pET-21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta DE3
参照: UniProt: O29757, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
#3: タンパク質 Probable exosome complex exonuclease 2 / exosome RNA binding protein Rrp42


分子量: 28585.512 Da / 分子数: 3 / Mutation: Y70A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属)
遺伝子: AF_0494 / プラスミド: pET-21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta DE3
参照: UniProt: O29756, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ

-
タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 6分子 ABCXYZ

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein AF_0206 / exosome RNA binding protein Csl4


分子量: 19625.604 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属)
遺伝子: AF_0206 / プラスミド: pET-28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta DE3 / 参照: UniProt: O30033
#4: RNA鎖 5'-R(*CP*UP*CP*CP*CP*C)-3'


分子量: 1787.117 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成

-
非ポリマー , 2種, 9分子

#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1M Na Acetate, pH 4.6, 30% MPD, 100mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.006 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月6日
放射モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit Si(111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.006 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. all: 51207 / Num. obs: 51203 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 3→3.1 Å / 冗長度: 7.22 % / Num. unique all: 50904 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.4_129)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2AB1

2ab1


解像度: 3→19.984 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2778 5167 10.09 %random
Rwork0.1906 ---
all0.2 51207 --
obs0.1995 50904 99.88 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.417 Å2 / ksol: 0.28 e/Å3
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.38 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→19.984 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15861 240 3 6 16110
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00916330
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.25622047
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.43910421
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0792532
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052861
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0004-3.03440.32311480.22561437X-RAY DIFFRACTION97
3.0344-3.070.33871700.22981526X-RAY DIFFRACTION100
3.07-3.10730.30681600.22141502X-RAY DIFFRACTION100
3.1073-3.14640.35241660.21281549X-RAY DIFFRACTION100
3.1464-3.18770.31111600.21561495X-RAY DIFFRACTION100
3.1877-3.23120.30641850.20631495X-RAY DIFFRACTION100
3.2312-3.27710.31931910.20591485X-RAY DIFFRACTION100
3.2771-3.32580.30551730.19881513X-RAY DIFFRACTION100
3.3258-3.37760.2871890.20231517X-RAY DIFFRACTION100
3.3776-3.43270.27231730.17621523X-RAY DIFFRACTION100
3.4327-3.49160.27391740.19331499X-RAY DIFFRACTION100
3.4916-3.55470.30351700.18571531X-RAY DIFFRACTION100
3.5547-3.62270.25911810.18591501X-RAY DIFFRACTION100
3.6227-3.69620.29611820.18421496X-RAY DIFFRACTION100
3.6962-3.7760.29051590.19051537X-RAY DIFFRACTION100
3.776-3.86320.2821740.18621530X-RAY DIFFRACTION100
3.8632-3.95910.25821750.15871521X-RAY DIFFRACTION100
3.9591-4.06530.24311860.15121525X-RAY DIFFRACTION100
4.0653-4.18390.24941720.15231534X-RAY DIFFRACTION100
4.1839-4.31760.2451840.15581520X-RAY DIFFRACTION100
4.3176-4.47030.27651520.15111554X-RAY DIFFRACTION100
4.4703-4.64710.20111570.14431554X-RAY DIFFRACTION100
4.6471-4.85570.23881690.14241545X-RAY DIFFRACTION100
4.8557-5.10770.25021420.15721582X-RAY DIFFRACTION100
5.1077-5.42170.28131910.17781532X-RAY DIFFRACTION100
5.4217-5.83060.29441840.19611558X-RAY DIFFRACTION100
5.8306-6.39980.29561750.20961558X-RAY DIFFRACTION100
6.3998-7.28630.29751610.22071621X-RAY DIFFRACTION100
7.2863-9.03650.24261640.1931621X-RAY DIFFRACTION100
9.0365-19.98480.25712000.21861675X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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