PDB-3m6s: Crystal structure of H1N1pdm Hemagglutinin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3m6s

タイトル

Crystal structure of H1N1pdm Hemagglutinin

要素

(Hemagglutinin

ヘマグルチニン) x 2

キーワード

VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) /

Influenza virus (オルトミクソウイルス科) /

Hemagglutinin (ヘマグルチニン) /

pandemic (パンデミック) /

Envelope protein (エンベロープ (ウイルス)) /

Fusion protein (融合タンパク質) / Host cell membrane / Host membrane /

Membrane (生体膜) /

Transmembrane (膜貫通型タンパク質) /

Virion (ウイルス)

機能・相同性

機能・相同性情報

clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane /

エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Yang, H. / Carney, P.J. / Stevens, J.

引用

ジャーナル: PLoS Curr / 年: 2010
タイトル: Structure and Receptor binding properties of a pandemic H1N1 virus hemagglutinin
著者: Yang, H. / Carney, P. / Stevens, J.

履歴

登録	2010年3月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年3月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2014年3月19日	Group: Database references
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2021年10月6日	Group: Advisory / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3m6s.cif.gz	572.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3m6s.ent.gz	473.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3m6s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/3m6s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/3m6s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ku3S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ubn-2 3ubj-2 5bqz-d 2fk0-3 4lxv-2 4yya-1 4wss-1 3ubq-1 5bqy-d 2wr4-d 4jtv-1 5t08-d 10696 5bny-d 3qqo-d 3ubj-1 3ube-2 2wr2-d 3ubn-1 6v47-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#76 - 2006年4月赤血球凝集素 (Hemagglutinin) 類似性 (6) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (5) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (5) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (5) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (5) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#76 - 2006年4月
赤血球凝集素 (Hemagglutinin)
類似性 (6)
#170 - 2014年2月
広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies)
類似性 (5)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (5)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (5)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (5)
#200 - 2016年8月
正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Hemagglutinin

B: Hemagglutinin

C: Hemagglutinin

D: Hemagglutinin

E: Hemagglutinin

F: Hemagglutinin

G: Hemagglutinin

H: Hemagglutinin

I: Hemagglutinin

J: Hemagglutinin

K: Hemagglutinin

L: Hemagglutinin

ヘテロ分子

348 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hemagglutinin

B: Hemagglutinin

C: Hemagglutinin

D: Hemagglutinin

E: Hemagglutinin

F: Hemagglutinin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
173 kDa, 6 ポリマー
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2

G: Hemagglutinin

H: Hemagglutinin

ヘテロ分子

I: Hemagglutinin

J: Hemagglutinin

K: Hemagglutinin

L: Hemagglutinin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
175 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.984, 109.709, 129.896
Angle α, β, γ (deg.)	86.25, 74.68, 75.10
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	F
2	1	D
3	1	B
4	1	H
5	1	J
6	1	L
1	2	E
2	2	C
3	2	G
4	2	A
5	2	I
6	2	K

NCSアンサンブル:

ID
1
2

詳細

The biological unit is a trimer.

#1: タンパク質

Hemagglutinin /

ヘマグルチニン

分子量: 36661.324 Da / 分子数: 6 / 断片: Hemagglutinin HA1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Darwin/2001/2009(H1N1) / 遺伝子: HA / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: C5MV42

#2: タンパク質

Hemagglutinin /

ヘマグルチニン

分子量: 20759.008 Da / 分子数: 6 / 断片: Hemagglutinin HA2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Darwin/2001/2009(H1N1) / 遺伝子: HA / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: C5MV42

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#5: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン /

N-アセチルグルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.88 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: microbatch under oil / pH: 7.5 詳細: 22% PEG2000MME, 0.1M HEPES at pH7.5, microbatch under oil, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 96521 / Num. obs: 94645 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 2 % / R_sym value: 0.076
反射シェル	解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / R_sym value: 0.442 / % possible all: 95.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3KU3

3ku3

解像度: 2.8→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.912 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.889 / SU B: 36.705 / SU ML: 0.32 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.381 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25588	4608	5 %	RANDOM
R_work	0.22978	-	-	-
obs	0.23109	87344	98.09 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.604 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.04 Å²	0.94 Å²	1.83 Å²
2-	-	2.55 Å²	-1.87 Å²
3-	-	-	-3.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	23380	0	207	0	23587

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	24181
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.701	1.951	32795
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.077	5	2946
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.776	25.062	1130
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.275	15	4086
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.462	15	84
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.125	0.2	3565
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	18340
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.66	1.5	14671
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.332	2	23685
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.107	3	9510
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.651	4.5	9110
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	F	676	tight positional	0.05	0.05
1	2	D	676	tight positional	0.06	0.05
1	3	B	676	tight positional	0.06	0.05
1	4	H	676	tight positional	0.06	0.05
1	5	J	676	tight positional	0.1	0.05
1	6	L	676	tight positional	0.06	0.05
2	1	E	1280	tight positional	0.05	0.05
2	2	C	1280	tight positional	0.06	0.05
2	3	G	1280	tight positional	0.07	0.05
2	4	A	1280	tight positional	0.07	0.05
2	5	I	1280	tight positional	0.06	0.05
2	6	K	1280	tight positional	0.07	0.05
1	1	F	687	loose positional	0.08	5
1	2	D	687	loose positional	0.08	5
1	3	B	687	loose positional	0.08	5
1	4	H	687	loose positional	0.07	5
1	5	J	687	loose positional	0.11	5
1	6	L	687	loose positional	0.07	5
2	1	E	1219	loose positional	0.06	5
2	2	C	1219	loose positional	0.07	5
2	3	G	1219	loose positional	0.08	5
2	4	A	1219	loose positional	0.08	5
2	5	I	1219	loose positional	0.06	5
2	6	K	1219	loose positional	0.08	5
1	1	F	676	tight thermal	0.08	0.5
1	2	D	676	tight thermal	0.09	0.5
1	3	B	676	tight thermal	0.09	0.5
1	4	H	676	tight thermal	0.09	0.5
1	5	J	676	tight thermal	0.1	0.5
1	6	L	676	tight thermal	0.09	0.5
2	1	E	1280	tight thermal	0.09	0.5
2	2	C	1280	tight thermal	0.11	0.5
2	3	G	1280	tight thermal	0.12	0.5
2	4	A	1280	tight thermal	0.1	0.5
2	5	I	1280	tight thermal	0.09	0.5
2	6	K	1280	tight thermal	0.1	0.5
1	1	F	687	loose thermal	0.09	10
1	2	D	687	loose thermal	0.11	10
1	3	B	687	loose thermal	0.09	10
1	4	H	687	loose thermal	0.09	10
1	5	J	687	loose thermal	0.13	10
1	6	L	687	loose thermal	0.1	10
2	1	E	1219	loose thermal	0.11	10
2	2	C	1219	loose thermal	0.13	10
2	3	G	1219	loose thermal	0.14	10
2	4	A	1219	loose thermal	0.11	10
2	5	I	1219	loose thermal	0.1	10
2	6	K	1219	loose thermal	0.12	10

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.341	301	-
R_work	0.314	6322	-
obs	-	-	95.78 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2636	-0.1568	-0.091	0.3746	0.1917	3.1546	0.0699	0.0747	0.0871	-0.0013	0.018	-0.1042	-0.5865	0.385	-0.0878	0.2713	-0.1449	0.0706	0.163	-0.0505	0.2958	-20.3997	-12.5839	-34.3041
2	0.9741	0.3977	1.3252	1.4423	3.511	10.8841	-0.0265	-0.14	-0.0565	0.205	0.0674	-0.0523	-0.2095	-0.0649	-0.0409	0.5231	0.0516	0.0635	0.0441	0.0017	0.1584	-28.0342	-4.9711	17.3059
3	0.386	-0.0362	0.381	0.7952	1.2226	2.677	0.1411	-0.0291	-0.1563	0.0388	0.0894	0.054	0.0931	0.1175	-0.2306	0.1091	-0.0074	-0.032	0.0197	-0.0257	0.341	-36.6417	-42.1848	-28.5966
4	0.6682	0.0418	-0.3632	0.2329	0.4813	11.1244	0.181	-0.1284	-0.0831	0.0213	0.0328	0.0482	-0.5841	-0.7118	-0.2138	0.153	0.0332	0.0705	0.1154	0.0621	0.1983	-37.3934	-23.439	21.6924
5	0.5635	-0.1701	0.9074	0.409	0.0613	3.5393	0.0073	-0.1756	0.0162	-0.0016	0.1137	0.1646	-0.4748	-0.7234	-0.121	0.2363	0.1418	0.0438	0.2069	0.0829	0.3478	-54.4456	-13.7762	-35.4145
6	0.5362	-0.252	-1.1285	1.3503	1.9589	8.7406	0.1142	-0.2415	0.0403	0.1494	0.1865	0.0417	-1.3844	-0.6824	-0.3007	0.6315	0.3949	0.1445	0.4988	0.018	0.2205	-49.6245	-6.0546	17.599
7	0.9272	0.1156	0.8115	0.5906	0.0337	4.2825	0.0388	-0.1212	-0.1262	-0.0214	-0.0493	0.0762	0.4621	-0.1389	0.0106	0.0942	-0.018	-0.02	0.0242	-0.0058	0.191	-18.2701	-78.8485	-50.1068
8	1.4507	-0.1511	-1.8666	0.7984	-0.1121	7.8911	0.1193	-0.7443	0.0715	0.331	-0.0025	0.0096	-0.6766	0.8828	-0.1168	0.249	-0.102	-0.0338	0.523	-0.0295	0.1356	-10.8808	-69.6384	2.3853
9	0.7734	0.0489	0.2854	0.6542	0.5977	4.3455	0.0507	0.1578	-0.262	-0.0912	-0.0045	-0.2932	0.521	1.3717	-0.0461	0.1727	0.2353	0.0523	0.6376	0.0248	0.3189	-58.0768	-80.9825	-50.4158
10	0.4003	-0.0977	2.3569	0.2171	-0.6858	15.2046	-0.0458	0.0747	0.0219	0.0253	-0.1504	-0.1252	-0.0006	0.2972	0.1962	0.0749	-0.0176	-0.0459	0.5596	0.0756	0.1171	-63.3914	-69.8712	2.2438
11	0.7897	0.145	0.2544	0.856	0.6237	5.2118	-0.0768	0.0577	0.2107	-0.1864	0.1412	-0.035	-0.6252	0.6515	-0.0644	0.1408	-0.1589	-0.0217	0.1959	0.0008	0.2465	-73.4443	-50.5896	-53.8326
12	1.668	0.3501	0.4514	1.6197	1.6739	6.5169	0.1842	-0.8433	0.25	0.7925	-0.1554	-0.0653	0.3796	0.5687	-0.0289	0.4566	-0.1862	-0.0701	0.6072	-0.1204	0.1868	-73.3476	-51.6933	0.2944

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-2 - 322
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	328
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 170
4	X-RAY DIFFRACTION	3	C	0 - 322
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	328 - 329
6	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 172
7	X-RAY DIFFRACTION	5	E	0 - 322
8	X-RAY DIFFRACTION	5	E	328
9	X-RAY DIFFRACTION	6	F	2 - 172
10	X-RAY DIFFRACTION	7	G	1 - 322
11	X-RAY DIFFRACTION	7	G	328 - 332
12	X-RAY DIFFRACTION	8	H	2 - 171
13	X-RAY DIFFRACTION	9	I	0 - 321
14	X-RAY DIFFRACTION	9	I	328 - 329
15	X-RAY DIFFRACTION	10	J	2 - 171
16	X-RAY DIFFRACTION	11	K	2 - 322
17	X-RAY DIFFRACTION	11	K	328 - 331
18	X-RAY DIFFRACTION	12	L	2 - 172

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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