登録情報 | データベース: PDB / ID: 3m6q |
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タイトル | Crystal structure of Arabidopsis thaliana peptide deformylase 1B (AtPDF1B) G41Q mutant in complex with actinonin |
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要素 | Peptide deformylase 1B |
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キーワード | HYDROLASE/ANTIBIOTIC / peptide deformylase (ペプチドデホルミラーゼ) / 1B / PDF / N-terminal excision pathway / NME / Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / induced-fit (酵素反応) / Hydrolase (加水分解酵素) / Metal-binding / Mitochondrion (ミトコンドリア) / Protein biosynthesis (タンパク質生合成) / Transit peptide / HYDROLASE-ANTIBIOTIC complex |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 |
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生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
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手法 | X線回折 / シンクロトロン / rigid body / 解像度: 2.4 Å |
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データ登録者 | Fieulaine, S. / Meinnel, T. / Giglione, C. |
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引用 | ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2011 タイトル: Trapping conformational states along ligand-binding dynamics of peptide deformylase: the impact of induced fit on enzyme catalysis 著者: Fieulaine, S. / Boularot, A. / Artaud, I. / Desmadril, M. / Dardel, F. / Meinnel, T. / Giglione, C. |
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履歴 | 登録 | 2010年3月16日 | 登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ |
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改定 1.0 | 2011年3月30日 | Provider: repository / タイプ: Initial release |
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改定 1.1 | 2011年7月13日 | Group: Version format compliance |
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改定 1.2 | 2012年3月21日 | Group: Database references |
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改定 1.3 | 2023年11月1日 | Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id |
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