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- PDB-3lzi: RB69 DNA Polymerase (Y567A) ternary complex with dATP Opposite 7,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lzi
タイトルRB69 DNA Polymerase (Y567A) ternary complex with dATP Opposite 7,8-dihydro-8-oxoguanine
要素
  • DNA (5'-D(*GP*CP*GP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*(DOC))-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*CP*AP*(8OG)P*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-3')
  • DNA polymeraseDNAポリメラーゼ
キーワードTRANSFERASE/DNA / DNA polymerase (DNAポリメラーゼ) / replication fidelity / 7 / 8-dihydro-8-oxoguanine / Polymerase-DNA-dNTP ternary complex / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


bidirectional double-stranded viral DNA replication / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / DNA replication proofreading / 3'-5'-DNA exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / SOS response / 3'-5' exonuclease activity / base-excision repair, gap-filling / DNAポリメラーゼ / DNA-directed DNA polymerase activity ...bidirectional double-stranded viral DNA replication / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / DNA replication proofreading / 3'-5'-DNA exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / SOS response / 3'-5' exonuclease activity / base-excision repair, gap-filling / DNAポリメラーゼ / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DnaQ-like 3'-5' exonuclease / Monooxygenase - #300 / Ribonuclease H-like motif / DNA-directed DNA polymerase T4 type / DNA Polymerase; Chain A, domain 1 / DNA Polymerase, chain B, domain 1 / B family DNA polymerase, finger domain / Palm domain of DNA polymerase / B family DNA polymerase, palm domain / Monooxygenase ...DnaQ-like 3'-5' exonuclease / Monooxygenase - #300 / Ribonuclease H-like motif / DNA-directed DNA polymerase T4 type / DNA Polymerase; Chain A, domain 1 / DNA Polymerase, chain B, domain 1 / B family DNA polymerase, finger domain / Palm domain of DNA polymerase / B family DNA polymerase, palm domain / Monooxygenase / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Helix Hairpins / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / DNAポリメラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage RB69 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Wang, M. / Beckman, J. / Blaha, G. / Wang, J. / Konigsberg, W.H.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Substitution of Ala for Tyr567 in RB69 DNA polymerase allows dAMP to be inserted opposite 7,8-dihydro-8-oxoguanine .
著者: Beckman, J. / Wang, M. / Blaha, G. / Wang, J. / Konigsberg, W.H.
履歴
登録2010年3月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase
T: DNA (5'-D(P*TP*CP*AP*(8OG)P*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-3')
P: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*(DOC))-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,7649
ポリマ－114,0723
非ポリマー6926
水3,171176
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7300 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area43360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.148, 117.603, 130.681
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA polymerase / DNAポリメラーゼ / Gp43


分子量: 104563.047 Da / 分子数: 1 / 変異: D222A, D327A, Y567A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage RB69 (ファージ)
遺伝子: 43, gp43 / プラスミド: pET 21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q38087, DNAポリメラーゼ

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DNA鎖 , 2種, 2分子 TP

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*CP*AP*(8OG)P*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-3')


分子量: 5557.591 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Template DNA strand
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*GP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*(DOC))-3')


分子量: 3951.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Primer DNA strand

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非ポリマー , 3種, 182分子

#4: 化合物 ChemComp-DTP / 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / dATP / デオキシアデノシン三リン酸


分子量: 491.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.27 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: micro-batch vapor-diffusion / pH: 6.5
詳細: 150 mM CaCl2, 11%(w/v) PEG 350 monomethyl ether MME, and 100 mM Na Cacodylate pH 6.5 , micro-batch vapor-diffusion, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: Q315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 51799 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(I): 0.95 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 48.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 15.32
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 0.945 / Num. unique all: 4177 / % possible all: 78.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.4.0077精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1IG9

1ig9


解像度: 2.3→38.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 17.337 / SU ML: 0.188 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.348 / ESU R Free: 0.251 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25773 2642 5.1 %RANDOM
Rwork0.20557 ---
obs0.20817 49070 95.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.606 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.46 Å20 Å20 Å2
2---0.7 Å20 Å2
3---1.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→38.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7367 634 35 176 8212
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0228289
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.222.06211328
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4455902
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.88324.171374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.75151347
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2061546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.21198
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0216113
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.55744506
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.77567304
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.13263783
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.59194024
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 146 -
Rwork0.277 2870 -
obs--76.32 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.883-0.058-0.25130.0258-0.0130.1223-0.0782-0.01150.09670.00070.0073-0.06480.0287-0.01440.07090.0393-0.0168-0.00080.0851-0.00320.172117.734-3.83536.921
20.2905-0.1022-0.07141.14490.30380.21710.0424-0.00820.0618-0.0026-0.01350.08520.0147-0.0181-0.02890.0283-0.00170.01990.0460.00410.1068-25.201-0.00832.359
30.0726-0.0825-0.08260.555-0.06170.2570.00020.01580.0115-0.076-0.04360.00120.04820.03680.04340.07220.0123-0.0170.07840.00990.0518-8.674-23.81613.428
40.3125-0.1396-0.15820.4734-0.17270.26110.0209-0.15480.030.0663-0.00060.0325-0.02140.1246-0.02030.066-0.00010.01540.1293-0.03360.02262.019-9.47360.607
50.2302-0.462-0.07342.9883-0.1690.1351-0.073-0.0941-0.0260.02110.09420.10920.07050.037-0.02130.08530.01530.01440.06160.0050.038-9.935-28.97546.208
60.81840.1422-1.18970.52660.04011.9471-0.0152-0.0885-0.00770.02970.0172-0.03410.04440.0574-0.0020.06280.04780.01810.11860.01580.03359.064-24.91248.197
70.9792-0.32070.10270.5977-0.42661.1542-0.11630.0025-0.0697-0.12340.0468-0.13530.02380.06260.06950.08-0.02490.05770.0335-0.01780.077122.709-20.94328.469
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1T1 - 18
2X-RAY DIFFRACTION1P103 - 115
3X-RAY DIFFRACTION1X1
4X-RAY DIFFRACTION2A1 - 105
5X-RAY DIFFRACTION2A340 - 389
6X-RAY DIFFRACTION3A106 - 339
7X-RAY DIFFRACTION4A390 - 468
8X-RAY DIFFRACTION4A576 - 706
9X-RAY DIFFRACTION5A469 - 575
10X-RAY DIFFRACTION6A707 - 737
11X-RAY DIFFRACTION7A738 - 901

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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