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万見
- PDB-3lud: Crystal structure of MID domain from hAGO2 in complex with AMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lud
タイトルCrystal structure of MID domain from hAGO2 in complex with AMP
要素Protein argonaute-2
キーワードRNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / MID domain / Ribonucleoprotein (核タンパク質) / RNA-binding / RNA-mediated gene silencing / Translation regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


: / endoribonuclease activity, cleaving miRNA-paired mRNA / endoribonuclease activity, cleaving siRNA-paired mRNA / siRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / miRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / Regulation of CDH11 mRNA translation by microRNAs / Regulation of NPAS4 mRNA translation / Post-transcriptional silencing by small RNAs / Competing endogenous RNAs (ceRNAs) regulate PTEN translation / Regulation of PTEN mRNA translation ...: / endoribonuclease activity, cleaving miRNA-paired mRNA / endoribonuclease activity, cleaving siRNA-paired mRNA / siRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / miRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / Regulation of CDH11 mRNA translation by microRNAs / Regulation of NPAS4 mRNA translation / Post-transcriptional silencing by small RNAs / Competing endogenous RNAs (ceRNAs) regulate PTEN translation / Regulation of PTEN mRNA translation / negative regulation of amyloid precursor protein biosynthetic process / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / Transcriptional Regulation by MECP2 / positive regulation of trophoblast cell migration / RNA secondary structure unwinding / miRNA metabolic process / RISC-loading complex / mRNA cap binding / : / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / RISC complex assembly / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / miRNA processing / pre-miRNA processing / miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation / siRNA processing / RNA 7-methylguanosine cap binding / siRNA binding / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / RISC complex / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / MicroRNA (miRNA) biogenesis / miRNA binding / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / RNA polymerase II complex binding / Regulation of MECP2 expression and activity / core promoter sequence-specific DNA binding / negative regulation of translational initiation / RNA endonuclease activity / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / translation initiation factor activity / post-embryonic development / positive regulation of translation / P-body / TP53 Regulates Metabolic Genes / Transcriptional regulation by small RNAs / MAPK6/MAPK4 signaling / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / Pre-NOTCH Transcription and Translation / positive regulation of angiogenesis / double-stranded RNA binding / Ca2+ pathway / Estrogen-dependent gene expression / single-stranded RNA binding / 翻訳 (生物学) / 樹状突起 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / extracellular exosome / 核質 / 生体膜 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Protein argonaute-2 / Protein argonaute, Mid domain / Argonaute-like, PIWI domain / Mid domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / Protein argonaute, N-terminal / N-terminal domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / DUF1785 / Argonaute, linker 1 domain ...Protein argonaute-2 / Protein argonaute, Mid domain / Argonaute-like, PIWI domain / Mid domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / Protein argonaute, N-terminal / N-terminal domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / DUF1785 / Argonaute, linker 1 domain / Argonaute linker 1 domain / Piwi domain / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi / PAZ domain superfamily / PAZ / PAZ domain / PAZ domain / PAZ domain profile. / Response regulator / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
アデニル酸 / リン酸塩 / Protein argonaute-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.095 Å
データ登録者Frank, F. / Sonenberg, N. / Nagar, B.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2010
タイトル: Structural basis for 5'-nucleotide base-specific recognition of guide RNA by human AGO2.
著者: Frank, F. / Sonenberg, N. / Nagar, B.
履歴
登録2010年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein argonaute-2
B: Protein argonaute-2
C: Protein argonaute-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,58912
ポリマ－45,9783
非ポリマー1,6119
水4,738263
1
A: Protein argonaute-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7683
ポリマ－15,3261
非ポリマー4422
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Protein argonaute-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7683
ポリマ－15,3261
非ポリマー4422
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Protein argonaute-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0536
ポリマ－15,3261
非ポリマー7275
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.521, 47.387, 66.388
Angle α, β, γ (deg.)86.36, 72.71, 83.59
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Protein argonaute-2 / Argonaute2 / hAgo2 / Protein slicer / PAZ Piwi domain protein / PPD / Eukaryotic translation ...Argonaute2 / hAgo2 / Protein slicer / PAZ Piwi domain protein / PPD / Eukaryotic translation initiation factor 2C 2 / eIF-2C 2 / eIF2C 2


分子量: 15325.955 Da / 分子数: 3 / 断片: MID domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF2C2, AGO2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UKV8
#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP / アデニル酸


分子量: 347.221 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.22 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M imidazole, 0.2 M NaCl, 0.46 M NaH2PO4, 1.84 M K2HPO4. Protein: 15 mg/mL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月6日
放射モノクロメーター: Varimax HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.095→30 Å / Num. all: 24307 / Num. obs: 24307 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.095→2.17 Å / % possible all: 60.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
CNS精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.095→28.475 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 0.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2225 1408 5.79 %Random
Rwork0.1853 ---
obs0.1875 24307 88.3 %-
all-24307 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.72 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.095→28.475 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3104 0 99 263 3466
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073260
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1644420
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.7541217
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073507
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005545
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.095-2.170.2965780.2211344X-RAY DIFFRACTION52
2.17-2.25690.25981300.21762126X-RAY DIFFRACTION81
2.2569-2.35950.2051350.20522235X-RAY DIFFRACTION87
2.3595-2.48390.2391530.20182319X-RAY DIFFRACTION90
2.4839-2.63940.28771390.20342393X-RAY DIFFRACTION92
2.6394-2.8430.2751450.20152416X-RAY DIFFRACTION94
2.843-3.12880.25391540.19372497X-RAY DIFFRACTION95
3.1288-3.58080.19771530.18432479X-RAY DIFFRACTION97
3.5808-4.50850.19691670.15212534X-RAY DIFFRACTION97
4.5085-28.47790.18551540.17382556X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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