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- PDB-3lss: Trypanosoma brucei seryl-tRNA synthetase in complex with ATP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lss
タイトルTrypanosoma brucei seryl-tRNA synthetase in complex with ATP
要素Seryl-tRNA synthetase
キーワードLIGASE (リガーゼ) / aminoacyl-tRNA synthetase (アミノアシルtRNA合成酵素) / tRNA ligase / AARS / SerRS / translation (翻訳 (生物学)) / ATP-binding / nucleotide-binding / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa / MSGPP
機能・相同性
機能・相同性情報


seryl-tRNA aminoacylation / セリンtRNAリガーゼ / serine-tRNA ligase activity / 繊毛 / tRNA binding / ミトコンドリア / ATP binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Serine-tRNA synthetase, tRNA binding domain / Serine-tRNA synthetase, type1, N-terminal / Seryl-tRNA synthetase N-terminal domain / Serine-tRNA ligase, type1 / Serine-tRNA ligase catalytic core domain / Serine-tRNA synthetase, type1, N-terminal domain superfamily / Class I and II aminoacyl-tRNA synthetase, tRNA-binding arm / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 ...Serine-tRNA synthetase, tRNA binding domain / Serine-tRNA synthetase, type1, N-terminal / Seryl-tRNA synthetase N-terminal domain / Serine-tRNA ligase, type1 / Serine-tRNA ligase catalytic core domain / Serine-tRNA synthetase, type1, N-terminal domain superfamily / Class I and II aminoacyl-tRNA synthetase, tRNA-binding arm / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Helix Hairpins / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / マロン酸 / serine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Larson, E.T. / Merritt, E.A. / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa (MSGPP)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: X-ray crystal structure of Seryl-tRNA synthetase from the eukaryotic parasite Trypanosoma brucei.
著者: Larson, E.T. / Zhang, L. / Napuli, A. / Mueller, N. / Verlinde, C.L.M.J. / Van Voorhis, W.C. / Buckner, F.S. / Fan, E. / Hol, W.G.J. / Merritt, E.A.
履歴
登録2010年2月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Seryl-tRNA synthetase
B: Seryl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,9477
ポリマ－108,7052
非ポリマー1,2415
水6,143341
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6920 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area38720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)175.652, 175.652, 248.518
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Seryl-tRNA synthetase


分子量: 54352.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: SerRS, Tb11.02.5020 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q384V4, セリンtRNAリガーゼ
#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / アデノシン三リン酸


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト / マロン酸


分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 341 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.76 % / 解説: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS
結晶化温度: 298 K / 手法: sitting drop vapor diffusion / pH: 7
詳細: 1 ul 11 mg/ml protein in SGPP buffer mixed with 0.5 ul 2.4 M sodium malonate; crystal then soaked in 3.4 M sodium malonate (pH 7.0) supplemented with 10 mM ATP for 25 minutes before freezing. ...詳細: 1 ul 11 mg/ml protein in SGPP buffer mixed with 0.5 ul 2.4 M sodium malonate; crystal then soaked in 3.4 M sodium malonate (pH 7.0) supplemented with 10 mM ATP for 25 minutes before freezing., sitting drop vapor diffusion, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月19日
放射モノクロメーター: crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 106754 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Χ2: 1.025 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.808 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 10577 / Χ2: 1.004 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 3LSQ

3lsq


解像度: 1.95→34.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 5.944 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.195 5392 5.1 %RANDOM
Rwork0.168 ---
obs0.169 106719 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 154.12 Å2 / Biso mean: 50.159 Å2 / Biso min: 25.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.14 Å20.57 Å20 Å2
2--1.14 Å20 Å2
3----1.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→34.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7265 0 77 341 7683
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0227466
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025188
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3311.97310073
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.863312632
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1115906
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.02524.25360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.065151391
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.5591559
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.21113
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.028205
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021496
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0744522
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.65941844
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.25267307
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8562944
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.824102764
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 394 -
Rwork0.247 7382 -
all-7776 -
obs--99.45 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.15210.4136.13450.18150.68856.74960.1312-0.1120.07150.11430.1451-0.0821-0.05770.6422-0.27630.2858-0.09070.04920.4172-0.12450.302240.219519.364288.5994
28.1862-3.96797.927.1661-7.35619.45340.10210.1413-0.94740.07220.4069-0.4421.7032.1998-0.5090.64040.1940.04151.0013-0.28430.322761.510618.679117.7332
39.45751.28533.89530.951.09334.691-0.3759-0.15250.9506-0.06010.0845-0.141-0.78170.60850.29150.311-0.08290.00760.2305-0.08260.303431.774125.237285.4568
40.7801-0.09590.46641.2524-0.05811.8548-0.0470.09080.0792-0.09760.0457-0.1633-0.13560.25240.00130.1352-0.00670.03360.06060.00160.13357.542536.409793.6043
53.512-1.9261-0.09486.3453-0.19541.34390.05770.08380.2425-0.2509-0.0473-0.2569-0.03190.3202-0.01030.1299-0.00240.01680.1377-0.02280.106617.976228.973100.0969
61.2382-0.27620.3370.61590.16551.0764-0.02420.06450.0088-0.03980.0282-0.1018-0.01330.1731-0.00410.14930.0049-0.00240.0428-0.00250.1212.881423.405688.1861
71.6515-0.7774-0.00392.1166-0.23691.8159-0.0115-0.08710.1495-0.06320.04170.022-0.0253-0.0358-0.03020.1204-0.02610.00330.0123-0.01280.04082.035629.17291.9819
83.05024.6835-4.26147.3696-6.24886.4750.0232-0.0162-0.1452-0.01170.0271-0.405-0.15750.1084-0.05030.8588-0.15260.17880.2536-0.02510.32167.076274.3879119.6893
91.7840.8062-0.91757.0896-2.09935.77890.0451-0.16460.08380.4951-0.17850.30980.0364-0.1050.13340.1353-0.08340.01570.0897-0.05190.144219.609195.216193.5642
105.26844.0918-4.9756.6105-4.22046.97010.27-0.5363-0.31560.1487-0.536-0.8535-0.39731.08180.2660.664-0.02480.01590.2816-0.00230.23847.98665.2943121.4505
110.9808-0.1742-0.04671.1736-0.1661.817-0.05-0.17420.04980.20280.0876-0.1342-0.1930.1825-0.03760.17460.02-0.00290.0847-0.00820.11195.396238.7461114.0043
122.9966-2.68850.46766.3688-1.49021.9036-0.2499-0.24080.09150.44750.2346-0.3041-0.39390.11630.01530.2243-0.0102-0.00240.0726-0.03340.09575.792349.2714108.7515
130.27620.4281-0.39381.6115-1.95842.61060.0101-0.03470.04530.43690.03840.0289-0.5344-0.0406-0.04850.30430.07170.03370.08590.02750.1332-5.068951.7208117.7346
141.371-0.81920.45372.0084-0.6222.4737-0.092-0.0964-0.14950.23320.1829-0.1092-0.0615-0.0883-0.09090.12720.05470.03150.07450.01570.0666-3.389436.9754114.9035
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-2 - 48
2X-RAY DIFFRACTION2A49 - 119
3X-RAY DIFFRACTION3A120 - 156
4X-RAY DIFFRACTION4A157 - 253
5X-RAY DIFFRACTION5A254 - 305
6X-RAY DIFFRACTION6A306 - 404
7X-RAY DIFFRACTION7A405 - 467
8X-RAY DIFFRACTION8B-2 - 46
9X-RAY DIFFRACTION9B47 - 120
10X-RAY DIFFRACTION10B121 - 153
11X-RAY DIFFRACTION11B154 - 253
12X-RAY DIFFRACTION12B254 - 314
13X-RAY DIFFRACTION13B315 - 409
14X-RAY DIFFRACTION14B410 - 465

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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