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- PDB-3lrr: Crystal structure of human RIG-I CTD bound to a 12 bp AU rich 5' ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lrr
タイトルCrystal structure of human RIG-I CTD bound to a 12 bp AU rich 5' ppp dsRNA
要素
  • Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58
  • RNA (5'-R(*(ATP)P*UP*AP*UP*AP*UP*AP*UP*AP*UP*AP*U)-3')
キーワードHYDROLASE/RNA / Innate immunity (自然免疫系) / viral RNA (RNAウイルス) / RIG-I like receptors / Antiviral defense / ATP-binding / Helicase (ヘリカーゼ) / Hydrolase (加水分解酵素) / Immune response (免疫応答) / Metal-binding / Nucleotide-binding / RNA-binding / HYDROLASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of type III interferon production / RIG-I signaling pathway / positive regulation of myeloid dendritic cell cytokine production / OAS antiviral response / detection of virus / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / positive regulation of response to cytokine stimulus / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / RSV-host interactions / pattern recognition receptor activity ...regulation of type III interferon production / RIG-I signaling pathway / positive regulation of myeloid dendritic cell cytokine production / OAS antiviral response / detection of virus / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / positive regulation of response to cytokine stimulus / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / RSV-host interactions / pattern recognition receptor activity / TRAF6 mediated IRF7 activation / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / cellular response to exogenous dsRNA / response to exogenous dsRNA / antiviral innate immune response / TRAF6 mediated NF-kB activation / positive regulation of interferon-alpha production / bicellular tight junction / regulation of cell migration / positive regulation of defense response to virus by host / positive regulation of interferon-beta production / Evasion by RSV of host interferon responses / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / positive regulation of interleukin-8 production / response to virus / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / ISG15 antiviral mechanism / ruffle membrane / positive regulation of interleukin-6 production / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / positive regulation of tumor necrosis factor production / double-stranded RNA binding / Ovarian tumor domain proteases / マイクロフィラメント / TRAF3-dependent IRF activation pathway / 遺伝子発現 / double-stranded DNA binding / defense response to virus / RNA helicase activity / single-stranded RNA binding / Ub-specific processing proteases / ヘリカーゼ / ribonucleoprotein complex / 自然免疫系 / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of gene expression / GTP binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain / Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A / RIG-I, CARD domain repeat 2 / RIG-I-like receptor, C-terminal / RIG-I receptor C-terminal domain / RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain / RIG-I-like receptor, C-terminal domain superfamily / C-terminal domain of RIG-I / RIG-I-like receptor (RLR) C-terminal regulatory (CTR) domain profile. / Caspase recruitment domain ...RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain / Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A / RIG-I, CARD domain repeat 2 / RIG-I-like receptor, C-terminal / RIG-I receptor C-terminal domain / RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain / RIG-I-like receptor, C-terminal domain superfamily / C-terminal domain of RIG-I / RIG-I-like receptor (RLR) C-terminal regulatory (CTR) domain profile. / Caspase recruitment domain / Caspase recruitment domain / Death-like domain superfamily / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Beta Complex / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / RNA (> 10) / Antiviral innate immune response receptor RIG-I
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Li, P.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: The Structural Basis of 5' Triphosphate Double-Stranded RNA Recognition by RIG-I C-Terminal Domain.
著者: Lu, C. / Xu, H. / Ranjith-Kumar, C.T. / Brooks, M.T. / Hou, T.Y. / Hu, F. / Herr, A.B. / Strong, R.K. / Kao, C.C. / Li, P.
履歴
登録2010年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58
B: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58
C: RNA (5'-R(*(ATP)P*UP*AP*UP*AP*UP*AP*UP*AP*UP*AP*U)-3')
D: RNA (5'-R(*(ATP)P*UP*AP*UP*AP*UP*AP*UP*AP*UP*AP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3926
ポリマ－36,2614
非ポリマー1312
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.010, 83.010, 111.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65
詳細Authors state that the asymmetric unit contains a 2:1 complex of human RIG-I CTD bound to a 12 bp dsRNA

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要素

#1: タンパク質 Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58 / DEAD-box protein 58 / Retinoic acid-inducible gene 1 protein / RIG-1 / Retinoic acid-inducible gene ...DEAD-box protein 58 / Retinoic acid-inducible gene 1 protein / RIG-1 / Retinoic acid-inducible gene I protein / RIG-I


分子量: 14203.516 Da / 分子数: 2 / 断片: RIG-I CTD (UNP residues 803 to 923) / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminal Histag / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDX58, RIG-I / プラスミド: pET22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: O95786, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*(ATP)P*UP*AP*UP*AP*UP*AP*UP*AP*UP*AP*U)-3')


分子量: 3927.232 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: In vitro transcribed RNA with T7 RNA polymerase
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.68 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 3,350 (15%) plus ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 174 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年9月1日 / 詳細: Osmic
放射モノクロメーター: Osmic / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. all: 23670 / Num. obs: 22092 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 36
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.457 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 2119 / Rsym value: 0.457 / % possible all: 90.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Free RIG-I CTD, pdb ID. 2QFB chain A

2qfb


解像度: 2.15→30.19 Å / 交差検証法: Rfree / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Refined with CNS 1.1 again twinned data. Twin fraction, 0.478
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 1407 -Random
Rwork0.187 ---
all0.187 23670 --
obs0.187 20357 91.8 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→30.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1998 522 2 0 2522
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.54
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
LS精密化 シェル最高解像度: 2.15 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 1407 -
Rwork0.187 --
obs-20357 86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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