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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ldb | ||||||
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タイトル | Structure of JMJD6 complexd with ALPHA-KETOGLUTARATE and Fab Fragment. | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / JMJ6D / ALPHA-KETOGLUTARATE (Α-ケトグルタル酸) / Fab Fragments | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 peptidyl-lysine hydroxylation to 5-hydroxy-L-lysine / histone H3R2 demethylase activity / peptidyl-lysine 5-dioxygenase activity / histone H4R3 demethylase activity / protein demethylase activity / recognition of apoptotic cell / negative regulation of protein homooligomerization / oxidative RNA demethylation / oxidative RNA demethylase activity / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む ...peptidyl-lysine hydroxylation to 5-hydroxy-L-lysine / histone H3R2 demethylase activity / peptidyl-lysine 5-dioxygenase activity / histone H4R3 demethylase activity / protein demethylase activity / recognition of apoptotic cell / negative regulation of protein homooligomerization / oxidative RNA demethylation / oxidative RNA demethylase activity / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / マクロファージ / non-membrane-bounded organelle assembly / transcription regulator activator activity / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / 血管新生 / ヒドロキシル化 / erythrocyte development / P-TEFb complex binding / histone demethylase activity / 食作用 / RNA splicing / kidney development / lung development / protein homooligomerization / HDMs demethylate histones / 転写後修飾 / retina development in camera-type eye / signaling receptor activity / heart development / T cell differentiation in thymus / single-stranded RNA binding / cell surface receptor signaling pathway / クロマチンリモデリング / ribonucleoprotein complex / iron ion binding / 核小体 / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Cricetulus migratorius (ネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Hong, X. / Zang, J. / White, J. / Kappler, J.W. / Wang, C. / Zhang, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010 タイトル: Interaction of JMJD6 with single-stranded RNA. 著者: Hong, X. / Zang, J. / White, J. / Wang, C. / Pan, C.H. / Zhao, R. / Murphy, R.C. / Dai, S. / Henson, P. / Kappler, J.W. / Hagman, J. / Zhang, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3ldb.cif.gz | 169.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3ldb.ent.gz | 132.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3ldb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ld/3ldb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ld/3ldb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 39437.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: JMJD6, JMJD6 (1-403), KIAA0585, PTDSR / プラスミド: pET23b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: Q6NYC1, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q6NYC1, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む |
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-抗体 , 2種, 2分子 BC
#2: 抗体 | 分子量: 24100.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cricetulus migratorius (ネズミ) / Cell: hybridoma / 発現宿主: Cricetulus migratorius (ネズミ) |
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#3: 抗体 | 分子量: 24007.662 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cricetulus migratorius (ネズミ) / Cell: hybridoma / 発現宿主: Cricetulus migratorius (ネズミ) |
-非ポリマー , 5種, 28分子
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 化合物 | ChemComp-SO4 / #6: 化合物 | ChemComp-AKG / | #7: 化合物 | ChemComp-FE / | #8: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.5 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.1 M Bis(2-hydroxyethyl)-amino-tris(hydroxymethyl)-methane, 2.1 M Ammonium Sulphate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.61→99 Å / Num. all: 54702 / Num. obs: 48696 / % possible obs: 89 % / Biso Wilson estimate: 66.1 Å2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entries 3LD8, JMJD6, and Fab Fragment 解像度: 2.7→47.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 3487182.74 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 58.7914 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 83.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→47.28 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.039 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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