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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3lbs | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the cytoplasmic tail of (pro)renin receptor as a MBP fusion (Maltose-bound form) | |||||||||
要素 | Maltose-binding periplasmic protein, Renin receptor | |||||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / renin receptor / prorenin receptor / ATP6AP2 / cytoplasmic tail / Maltose binding protein fusion / Sugar transport / Transport | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ヒトの虹彩の色 / central nervous system maturation / intracellular pH reduction / rostrocaudal neural tube patterning / positive regulation of transforming growth factor beta1 production / synaptic vesicle lumen acidification / Golgi lumen acidification / lysosomal lumen acidification / clathrin-coated vesicle membrane / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V0 domain ...ヒトの虹彩の色 / central nervous system maturation / intracellular pH reduction / rostrocaudal neural tube patterning / positive regulation of transforming growth factor beta1 production / synaptic vesicle lumen acidification / Golgi lumen acidification / lysosomal lumen acidification / clathrin-coated vesicle membrane / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / endosomal lumen acidification / proton-transporting V-type ATPase complex / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / head morphogenesis / vacuolar acidification / dendritic spine membrane / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / autophagosome membrane / regulation of MAPK cascade / tertiary granule membrane / ficolin-1-rich granule membrane / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / positive regulation of Wnt signaling pathway / angiotensin maturation / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / proton transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / synaptic vesicle membrane / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / signaling receptor activity / outer membrane-bounded periplasmic space / postsynaptic membrane / ペリプラズム / リソソーム / endosome membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / 神経繊維 / ゴルジ体 / DNA damage response / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / extracellular exosome / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang, Y. / Garavito, R.M. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2011 タイトル: Structural analysis of the intracellular domain of (pro)renin receptor fused to maltose-binding protein. 著者: Zhang, Y. / Gao, X. / Michael Garavito, R. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3lbs.cif.gz | 162.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3lbs.ent.gz | 127.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3lbs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lb/3lbs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lb/3lbs | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | Dimer |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42411.875 Da / 分子数: 2 断片: Maltose-binding periplasmic protein, residues 29-390, Renin receptor, residues 332-350 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: b4034, JW3994, malE, ATP6AP2, ATP6IP2, CAPER, ELDF10, HT028, MSTP009, PSEC0072 プラスミド: pLW01 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AEX9, UniProt: O75787 #2: 多糖 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.31 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5 詳細: 28% PEG4000, 0.2M Magnesium Chloride, 0.1 M Cacodylate, pH 6.5, EVAPORATION, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.996→35.601 Å / Num. all: 54212 / Num. obs: 51668 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 29.41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 19.48 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.487 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 4753 / % possible all: 89.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1ANF 解像度: 2.15→35.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 6.687 / SU ML: 0.175 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.29 / ESU R Free: 0.238 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.696 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→35.6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
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