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- PDB-3l9i: Myosin VI nucleotide-free (mdinsert2) L310G mutant crystal structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l9i
タイトルMyosin VI nucleotide-free (mdinsert2) L310G mutant crystal structure
要素
  • Calmodulinカルモジュリン
  • Myosin-VIミオシン
キーワードMOTOR PROTEIN (モータータンパク質) / myosin VI (ミオシン) / unconventional myosin / directionality / motility (運動性) / gating / Actin-binding / ATP-binding / Calmodulin-binding / Endocytosis (エンドサイトーシス) / Golgi apparatus (ゴルジ体) / Hearing (聴覚) / Membrane (生体膜) / Myosin (ミオシン) / Nucleotide-binding / Nucleus (Nucleus) / Phosphoprotein / Protein transport / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of phospholipase C-activating phototransduction signaling pathway / myosin VI complex / myosin VI head/neck binding / myosin VII complex / photoreceptor cell axon guidance / negative regulation of opsin-mediated signaling pathway / rhabdomere / rhabdomere development / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of smell / myosin V complex ...negative regulation of phospholipase C-activating phototransduction signaling pathway / myosin VI complex / myosin VI head/neck binding / myosin VII complex / photoreceptor cell axon guidance / negative regulation of opsin-mediated signaling pathway / rhabdomere / rhabdomere development / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of smell / myosin V complex / regulation of secretion / autophagic cell death / kinetochore organization / : / actin filament-based movement / G protein-coupled opsin signaling pathway / inner ear auditory receptor cell differentiation / myosin V binding / channel regulator activity / vesicle transport along actin filament / cellular response to ethanol / myosin complex / クラスリン / inner ear morphogenesis / microfilament motor activity / muscle cell cellular homeostasis / myosin heavy chain binding / mitotic spindle pole / filamentous actin / 微絨毛 / cytoskeletal motor activity / centriole replication / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / endocytic vesicle / enzyme regulator activity / ruffle / 中心小体 / filopodium / actin filament organization / マイクロフィラメント / sensory perception of sound / intracellular protein transport / protein localization / ADP binding / 紡錘体 / ruffle membrane / spindle / エンドサイトーシス / actin filament binding / sensory perception of smell / マイクロフィラメント / 細胞皮質 / midbody / cytoplasmic vesicle / 核膜 / calmodulin binding / protein phosphorylation / 中心体 / calcium ion binding / perinuclear region of cytoplasm / ゴルジ体 / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
: / Myosin VI, lever arm / Myosin VI, cargo binding domain / Class VI myosin, motor domain / Myosin VI cargo binding domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) ...: / Myosin VI, lever arm / Myosin VI, cargo binding domain / Class VI myosin, motor domain / Myosin VI cargo binding domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / Kinesin motor domain superfamily / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / リン酸塩 / Tert-ブチルアルコール / カルモジュリン / Unconventional myosin-VI
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Pylypenko, O. / Song, L. / Sweeney, L.H. / Houdusse, A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Role of insert i of myosin VI in modulating nucleotide affinity
著者: Pylypenko, O. / Song, L. / Squires, G. / Liu, X. / Zong, A.B. / Houdusse, A. / Sweeney, L.H.
履歴
登録2010年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myosin-VI
C: Calmodulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,53513
ポリマ－109,8022
非ポリマー73211
水14,934829
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4570 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area42260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.540, 104.400, 90.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.09, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質 Myosin-VI / ミオシン / Unconventional myosin VI


分子量: 92976.969 Da / 分子数: 1 / 断片: MOTOR DOMAIN-INSERT2, RESIDUES 2-816 / 変異: L310G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: MYO6
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q29122
#2: タンパク質 Calmodulin / カルモジュリン / CaM


分子量: 16825.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Cam, CG8472
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P62152

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非ポリマー , 5種, 840分子

#3: 化合物 ChemComp-TBU / TERTIARY-BUTYL ALCOHOL / 2-METHYL-2-PROPANOL / tert-ブタノ-ル / Tert-ブチルアルコール


分子量: 74.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 829 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE AUTHORS STATE THAT THE ORIGINAL SEQUENCE (UNIPROT Q29122) OF MYOSIN VI FROM PIG WAS MOST LIKELY ...THE AUTHORS STATE THAT THE ORIGINAL SEQUENCE (UNIPROT Q29122) OF MYOSIN VI FROM PIG WAS MOST LIKELY INCORRECT BECAUSE THE CHANGES THAT ARE IN THEIR CLONE (LYS DELETION AND THE 6 MUTATIONS) ARE CONSERVED ACROSS THE MYOSIN VI FAMILY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.2 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 4% PEG 8000, 50mM Glycine pH9, 3% iso-propanol, 3% tert-butanol, 1mM TCEP , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.1271 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月30日
放射モノクロメーター: Kirkpatrick-Baez pair of bi-morph mirrors plus channel cut cryogenically cooled monochromator crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1271 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→19.97 Å / Num. all: 64550 / Num. obs: 64176 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 41.5 Å2 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 14.25
反射 シェル解像度: 2.2→2.25 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.77 / Num. unique all: 4157 / Rsym value: 0.38 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0088精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2BKH

2bkh


解像度: 2.2→19.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 5.744 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.234 / ESU R Free: 0.197 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23471 3209 5 %RANDOM
Rwork0.18463 ---
all0.18711 60958 --
obs0.18711 60958 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.942 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7482 0 37 829 8348
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0227936
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025497
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3591.96310719
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.898313443
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.85451011
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.43324.591403
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.553151478
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7261551
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.21172
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.028864
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021619
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7851.54797
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1621.51943
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4627732
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.06633139
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3734.52946
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.256 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 233 -
Rwork0.218 4426 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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