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- PDB-3l7h: Insights into dynein assembly from a dynein intermediate chain li... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l7h
タイトルInsights into dynein assembly from a dynein intermediate chain light chain Roadblock structure
要素RE64145p
キーワードPROTEIN TRANSPORT / LC7 / Km23 / Roadblock / Dynein (ダイニン) / Light Chain / Hydrolase (加水分解酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


mushroom body development / axonemal dynein complex / cytoplasmic dynein complex / dendrite morphogenesis / dynein intermediate chain binding / microtubule-based movement / 微小管 / 中心体 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Dynein light chain roadblock-type 1/2 / Dynein light chain 2a, cytoplasmic / Roadblock/LAMTOR2 domain / Roadblock/LC7 domain / Roadblock/LC7 domain / Β-ラクタマーゼ / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Dynein light chain roadblock
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Hall, J. / Karplus, P.A. / Barbar, E.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Insights into dynein assembly from a dynein intermediate chain light chain Roadblock structure
著者: Hall, J. / Karplus, P.A. / Barbar, E.
履歴
登録2009年12月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RE64145p
B: RE64145p
C: RE64145p
D: RE64145p


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3504
ポリマ－43,3504
非ポリマー00
水4,648258
1
A: RE64145p
C: RE64145p


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6752
ポリマ－21,6752
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2580 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area10010 Å2
手法PISA
2
B: RE64145p
D: RE64145p


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6752
ポリマ－21,6752
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2650 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area9980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.218, 58.693, 65.095
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.80, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
RE64145p / Roadblock


分子量: 10837.399 Da / 分子数: 4 / 断片: LC7 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: CG10751, Dmel_CG10751, robl / プラスミド: petDE3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q7KMS3
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.33 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 20% iso-propanol, 20% PEG 4000, 100 mM sodium citrate., pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 133.15 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年2月14日
放射モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→63.72 Å / Num. all: 30082 / Num. obs: 27041 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.139 / Rsym value: 0.122 / Net I/σ(I): 2.5
反射 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Rsym value: 0.4 / % possible all: 94.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0046精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2HZ5

2hz5


解像度: 1.95→63.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 9.401 / SU ML: 0.121 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.181 / ESU R Free: 0.175 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25417 3031 10.1 %RANDOM
Rwork0.1931 ---
obs0.19938 27041 98.77 %-
all-30082 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.066 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6 Å20 Å20.62 Å2
2---2.48 Å20 Å2
3---2.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→63.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2808 0 0 258 3066
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0222897
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9311.9653924
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6275371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.56524.841126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.25415566
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.1771521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1360.2483
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212089
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it8.44221816
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it10.02732990
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it14.31821081
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it17.6423926
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 185 -
Rwork0.28 1802 -
obs--89.02 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.00140.48150.79771.46660.26481.13620.0739-0.0338-0.2890.02010.0379-0.07050.1660.08-0.11180.0747-0.0023-0.00670.2717-0.01990.069625.86719.74562.363
20.9284-0.04070.07671.6011-0.10360.87180.0448-0.0158-0.17510.09-0.0165-0.00490.1098-0.0811-0.02830.0607-0.0093-0.00660.29830.01490.06139.60710.10933.396
31.9683-0.3059-1.39361.4611-0.07831.40970.1534-0.15330.21920.1227-0.0173-0.0785-0.10760.1404-0.13610.0685-0.02540.00160.2832-0.04390.066226.36539.79465.263
42.12920.5254-0.38411.53050.18471.22590.06280.05340.3231-0.10460.02020.0642-0.1221-0.0878-0.08310.07420.0171-0.00310.28270.03650.085810.18531.35630.924
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A9 - 94
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 94
3X-RAY DIFFRACTION3C5 - 94
4X-RAY DIFFRACTION4D5 - 94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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