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- PDB-3l26: Crystal structure of Zaire Ebola VP35 interferon inhibitory domai... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3l26 | ||||||
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Title | Crystal structure of Zaire Ebola VP35 interferon inhibitory domain bound to 8 bp dsRNA | ||||||
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![]() | RNA BINDING PROTEIN/RNA / RNA BINDING DOMAIN / INTERFERON ANTIVIRAL EVASION / ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() suppression by virus of host cytokine production / symbiont-mediated suppression of host defenses / symbiont-mediated suppression of host RNAi-mediated antiviral immune response / negative regulation of miRNA-mediated gene silencing / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF7 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IKBKE activity / suppression by virus of host type I interferon production / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Leung, D.W. / Prins, K.C. / Borek, D.M. / Farahbakhsh, M. / Tufariello, J.M. / Ramanan, P. / Nix, J.C. / Helgeson, L.A. / Otwinowski, Z. / Honzatko, R.B. ...Leung, D.W. / Prins, K.C. / Borek, D.M. / Farahbakhsh, M. / Tufariello, J.M. / Ramanan, P. / Nix, J.C. / Helgeson, L.A. / Otwinowski, Z. / Honzatko, R.B. / Basler, C.F. / Amarasinghe, G.K. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural basis for dsRNA recognition and interferon antagonism by Ebola VP35. Authors: Leung, D.W. / Prins, K.C. / Borek, D.M. / Farahbakhsh, M. / Tufariello, J.M. / Ramanan, P. / Nix, J.C. / Helgeson, L.A. / Otwinowski, Z. / Honzatko, R.B. / Basler, C.F. / Amarasinghe, G.K. #1: ![]() Title: Preliminary X-ray studies of the Ebola VP35 IFN inhibitory domain bound to double stranded RNA. Authors: Leung, D.W. / Prins, K.C. / Borek, D.M. / Farahbakhsh, M. / Tufariello, J.M. / Ramanan, P. / Nix, J.C. / Helgeson, L.A. / Otwinowski, Z. / Honzatko, R.B. / Basler, C.F. / Amarasinghe, G.K. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 77.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 55 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3l25C ![]() 3l27C ![]() 3l28C ![]() 3fkeS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 14210.523 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: Zaire Ebola VP35 interferon inhibitory domain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: RNA chain | | Mass: 2541.577 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Chemical | ChemComp-CL / ![]() #5: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.39 Å3/Da / Density % sol: 48.58 % | ||||||||||||||||||||
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.7 Details: 2.9M SODIUM FORMATE, 0.1M SODIUM CITRATE, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||
Components of the solutions |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: NOIR-1 / Detector: CCD / Date: Feb 12, 2009 |
Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.4→50 Å / Num. all: 12297 / Num. obs: 12297 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 14 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 21.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.42 Å / Redundancy: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 0.876 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: PDB ENTRY 3FKE Resolution: 2.4→48.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / SU B: 13.621 / SU ML: 0.186 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.449 / ESU R Free: 0.279 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 4.678 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→48.39 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.4→2.464 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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