PDB-3kx2: Crystal structure of Prp43p in complex with ADP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kx2

タイトル

Crystal structure of Prp43p in complex with ADP

要素

Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase PRP43

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / Rec-A domains / OB fold /

winged-helix domain / ATP-binding /

mRNA processing (転写後修飾) /

mRNA splicing / Nucleotide-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

spliceosomal complex disassembly / post-mRNA release spliceosomal complex / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 90S preribosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) /

ribosomal large subunit biogenesis /

helicase activity / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Nielsen, K.H. / Andersen, G.R. / He, Y.

引用

ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2010
タイトル: Structural basis for the function of DEAH helicases
著者: He, Y. / Andersen, G.R. / Nielsen, K.H.

履歴

登録	2009年12月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年1月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3kx2.cif.gz	651.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3kx2.ent.gz	531.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3kx2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/3kx2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/3kx2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4kpy-2 1nu9-1 5bwd-d 4ncb-1 5t98-1 6u43-d 5jzg-d 4paa-2 5i8q-2 2x2h-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase PRP43

A: Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase PRP43

ヘテロ分子

176 kDa, 2 ポリマー
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1

B: Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase PRP43

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
88.1 kDa, 1 ポリマー
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2

A: Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase PRP43

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
88.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	118.152, 118.152, 253.601
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-1363- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	b
2	1	a

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	chain b	b	0
2	1	1	chain a	a	0

#1: タンパク質	Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase PRP43 / PRP43P / Helicase JA1 分子量: 87682.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: S288C / 遺伝子: YGL120C / プラスミド: pET-52b(+) 3C/LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA(DE3) 参照: UniProt: P53131, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 982 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.79 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.75 詳細: 100mM Mes-NaOH, pH 6.75, 14% PEG 8000, 300mM NaOAc, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SLS	X06SA	1	0.98
シンクロトロン	MAX II	I911-3	2	0.9795

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
PSI PILATUS 6M	1	PIXEL	2009年8月7日
MARMOSAIC 225 mm CCD	2	CCD	2009年9月9日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Fixed-exit LN2 cooled Double Crystal Monochromator	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Double crystal monochromator, Si(111). The first crystal is water cooled.	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.98	1
2	0.9795	1

反射

解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 104963 / Num. obs: 104418 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.012

反射シェル

解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.75 / Num. unique all: 12891 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
SHELXS	位相決定
PHENIX	精密化
XDS	データ削減
XSCALE	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.2→48.423 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.11 / σ(F): 1.17 / 位相誤差: 25.77 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2497	9826	4.99 %	RANDOM
R_work	0.2063	-	-	-
all	0.2085	104963	-	-
obs	0.2085	104407	98.01 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 53.347 Å² / k_sol: 0.317 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 258.09 Å² / B_iso mean: 53.766 Å² / B_iso min: 11.89 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.601 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.601 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.868 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→48.423 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12134	0	56	982	13172

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	12458
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.013	16884
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	1850
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2202
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.966	4742

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	B	6094	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.043
1	2	A	6094	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.043

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.225	0.3258	321	0.2873	6236	X-RAY DIFFRACTION	97
2.225-2.2512	0.3325	323	0.293	6139	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2512-2.2786	0.3299	324	0.291	6127	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2786-2.3075	0.3113	331	0.275	6216	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3075-2.3378	0.307	335	0.2688	6195	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3378-2.3699	0.289	336	0.256	6341	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3699-2.4037	0.306	323	0.2541	6222	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4037-2.4396	0.293	329	0.2525	6253	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4396-2.4777	0.3063	328	0.2408	6264	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4777-2.5183	0.2979	327	0.2279	6329	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5183-2.5618	0.307	316	0.2416	6180	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5618-2.6083	0.3062	327	0.2403	6207	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6083-2.6585	0.3024	327	0.2303	6191	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6585-2.7128	0.2705	317	0.231	6215	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7128-2.7717	0.2741	323	0.2135	6178	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7717-2.8362	0.284	332	0.2178	6231	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8362-2.9071	0.2563	328	0.2234	6190	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9071-2.9857	0.2715	332	0.2213	6314	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9857-3.0736	0.2829	323	0.2101	6246	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0736-3.1728	0.2698	330	0.1998	6284	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1728-3.2861	0.2532	326	0.2115	6333	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2861-3.4177	0.2581	327	0.2114	6233	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4177-3.5732	0.2461	324	0.1908	6236	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5732-3.7615	0.2446	327	0.1918	6223	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7615-3.997	0.2157	337	0.1701	6303	X-RAY DIFFRACTION	99
3.997-4.3055	0.205	330	0.1654	6281	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3055-4.7384	0.1922	332	0.1596	6315	X-RAY DIFFRACTION	98
4.7384-5.4233	0.1925	330	0.1585	6195	X-RAY DIFFRACTION	98
5.4233-6.8297	0.1899	325	0.1737	6269	X-RAY DIFFRACTION	98
6.8297-48.4349	0.2026	336	0.1734	6237	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2294	-0.5821	-0.3019	0.6536	-0.2444	1.8359	0.1088	0.1632	-0.1514	-0.206	0.2396	0.1631	-0.3888	-0.6896	-0.334	0.1536	0.1975	0.1203	0.3831	0.3119	0.258	33.6768	-0.8852	-6.7852
2	1.6856	-0.1143	-1.4373	1.3996	-0.9224	3.2857	0.2711	0.2911	0.2409	0.0991	0.1212	-0.0693	-0.5253	-0.4994	-0.3798	0.2843	0.1112	0.116	0.2392	0.1153	0.2093	36.1074	3.4408	3.9539
3	1.3568	0.1219	-0.133	1.798	-0.6205	-0.4474	-0.0704	-0.2353	-0.2082	0.4961	-0.0065	0.0361	-0.1144	0.0837	0.08	0.3439	0.0137	0.0747	0.2698	0.0649	0.2152	28.8907	-19.4294	28.2922
4	0.1866	0.3275	-0.9296	1.5166	-0.484	1.0753	0.0863	-0.0497	0.0647	0.2456	-0.1024	-0.1854	-0.0279	0.0363	0.022	0.2281	-0.0001	0.02	0.2474	0.0187	0.1803	36.8284	-12.2748	22.4983
5	0.0729	-0.482	-0.7559	1.1152	0.5968	1.4311	-0.105	-0.1137	-0.1394	-0.0908	-0.0104	-0.0514	0.1401	0.0745	0.103	0.2126	0.0204	0.0659	0.2001	0.057	0.4006	50.5517	-17.3639	-6.0704
6	2.9615	2.1383	-1.8119	0.2001	-0.3653	2.6382	-0.5861	-0.2293	-0.879	-0.301	-0.3368	0.0037	0.8333	0.0253	0.8351	0.3564	0.0572	0.3063	0.1239	0.1375	0.5315	46.0501	-35.6091	-2.3092
7	1.426	-0.4933	-0.2891	1.1424	0.0327	0.4283	0.0766	-0.5225	0.0581	0.1263	0.1459	0.1039	-0.1969	0.011	-0.2172	0.1281	-0.0217	0.1665	0.1036	-0.0578	0.0442	-13.484	-30.4519	51.3781
8	0.6692	-0.3863	-0.1678	1.292	-0.1302	1.2379	0.0904	-0.153	-0.1043	0.0092	0.0626	0.2209	-0.0398	-0.1325	-0.135	0.1253	0.018	0.0743	0.2544	0.0377	0.2508	-18.4045	-29.6678	40.6479
9	1.1822	0.5933	-0.1499	0.7669	0.2894	0.0703	-0.0612	0.2371	-0.0944	-0.0843	0.0973	-0.0713	-0.0333	0.0208	-0.0424	0.1816	-0.0045	0.0132	0.3069	0.0011	0.2007	5.0383	-32.9823	16.0253
10	1.5631	-0.5207	-0.1254	0.1677	-0.4903	0.6525	0.1005	0.2174	-0.0798	-0.0024	0.0396	0.1974	0.0062	-0.1109	-0.1048	0.1663	-0.029	0.004	0.2624	0.0037	0.2118	-5.1082	-36.7378	21.5627
11	1.0007	-0.1172	0.1894	1.0565	-0.7799	1.1209	-0.0473	-0.4575	-0.36	-0.0605	0.0534	0.1767	0.0937	0.009	-0.0208	0.1632	0.0129	0.0497	0.3422	0.1553	0.3238	-7.5357	-53.1622	49.0507
12	1.8997	0.4633	-0.6876	0.5804	-0.6598	1.1599	-0.2271	-0.4017	-0.5812	-0.0673	-0.0324	-0.3108	0.1637	0.2892	0.2971	0.1563	0.0638	0.1343	0.2704	0.1906	0.3752	10.5551	-58.0106	44.9715

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	resid 1:93 and chain a	a	1 - 93
2	X-RAY DIFFRACTION	2	resid 94:270 and chain a	a	94 - 270
3	X-RAY DIFFRACTION	3	resid 271:349 and chain a	a	271 - 349
4	X-RAY DIFFRACTION	4	resid 350:457 and chain a	a	350 - 457
5	X-RAY DIFFRACTION	5	resid 458:556 and chain a	a	458 - 556
6	X-RAY DIFFRACTION	6	resid 557:752 and chain a	a	557 - 752
7	X-RAY DIFFRACTION	7	resid 1:93 and chain b	b	1 - 93
8	X-RAY DIFFRACTION	8	resid 94:270 and chain b	b	94 - 270
9	X-RAY DIFFRACTION	9	resid 271:349 and chain b	b	271 - 349
10	X-RAY DIFFRACTION	10	resid 350:457 and chain b	b	350 - 457
11	X-RAY DIFFRACTION	11	resid 458:556 and chain b	b	458 - 556
12	X-RAY DIFFRACTION	12	resid 557:752 and chain b	b	557 - 752

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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