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- PDB-3ktv: Crystal structure of the human SRP19/S-domain SRP RNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ktv
タイトルCrystal structure of the human SRP19/S-domain SRP RNA complex
要素
  • (SRP RNASignal recognition particle RNA) x 2
  • Signal recognition particle 19 kDa protein
キーワードRNA/RNA Binding Protein / ribonucleoprotein complex (核タンパク質) / RNA-RNA tertiary interactions / asymmetric loop / RNA-binding / Signal recognition particle (シグナル認識粒子) / RNA-RNA Binding Protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, signal sequence recognition / signal recognition particle, endoplasmic reticulum targeting / シグナル認識粒子 / cotranslational protein targeting to membrane / 7S RNA binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / nuclear body / 核小体 / RNA binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Signal recognition particle, SRP19-like subunit / Signal recognition particle, SRP19 subunit / Signal recognition particle, subunit SRP19-like superfamily / SRP19 protein / Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Signal recognition particle 19 kDa protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Wild, K. / Bange, G. / Bozkurt, G. / Sinning, I.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2010
タイトル: Structural insights into the assembly of the human and archaeal signal recognition particles.
著者: Wild, K. / Bange, G. / Bozkurt, G. / Segnitz, B. / Hendricks, A. / Sinning, I.
履歴
登録2009年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SRP RNA
B: Signal recognition particle 19 kDa protein
C: SRP RNA
D: Signal recognition particle 19 kDa protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,03410
ポリマ－99,8444
非ポリマー1906
水0
1
A: SRP RNA
B: Signal recognition particle 19 kDa protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9454
ポリマ－49,8822
非ポリマー632
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2470 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area22130 Å2
手法PISA
2
C: SRP RNA
D: Signal recognition particle 19 kDa protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0896
ポリマ－49,9622
非ポリマー1274
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2460 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area21680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.120, 100.120, 293.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: RNA鎖 SRP RNA / Signal recognition particle RNA


分子量: 35090.961 Da / 分子数: 1 / 断片: S domain / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: in vitro transcription / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pUC19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha / 参照: GenBank: NR_002715.1
#2: タンパク質 Signal recognition particle 19 kDa protein / SRP19


分子量: 14791.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SRP19 / プラスミド: pET21d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P09132
#3: RNA鎖 SRP RNA / Signal recognition particle RNA


分子量: 35170.941 Da / 分子数: 1 / 断片: S domain / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: in vitro transcription / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pUC19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha / 参照: GenBank: NR_002715.1
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.58 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 100 mM NaOAc, 0.75 M KF, 2.2 M (NH4)2SO4, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1NaOAc11
2KF11
3(NH4)2SO411
4NaOAc12
5KF12
6(NH4)2SO412

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月24日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→70.2 Å / Num. all: 15622 / Num. obs: 14852 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 3.8→4.01 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Rsym value: 0.608 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0066精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
MxCuBEデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1LNG

1lng


解像度: 3.8→70.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.879 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.804 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.872 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.329 711 4.8 %RANDOM
Rwork0.291 ---
all0.293 0 --
obs0.293 14727 94.28 %-
溶媒の処理溶媒モデル: NONE
原子変位パラメータBiso max: 207.1 Å2 / Biso mean: 88.009 Å2 / Biso min: 30.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.8→70.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1725 4659 6 0 6390
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0216970
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3522.76910502
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6665212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.19323.57184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.28115331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.0581518
X-RAY DIFFRACTIONCHIRAL-CENTER RESTRAINTS (A''3)0.0580.21339
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023594
X-RAY DIFFRACTIONMAIN-CHAIN BOND REFINED ATOMS (A''2)0.4941.51071
X-RAY DIFFRACTIONMAIN-CHAIN ANGLE REFINED ATOMS (A''2)0.92421737
X-RAY DIFFRACTIONSIDE-CHAIN BOND REFINED ATOMS (A''2)0.89435899
X-RAY DIFFRACTIONSIDE-CHAIN ANGLE REFINED ATOMS (A''2)1.5764.58765
LS精密化 シェル解像度: 3.8→3.885 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.497 47 -
Rwork0.384 969 -
all-1016 -
obs--93.38 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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