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- PDB-3kfo: Crystal structure of the C-terminal domain from the nuclear pore ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kfo
タイトルCrystal structure of the C-terminal domain from the nuclear pore complex component NUP133 from Saccharomyces cerevisiae
要素Nucleoporin NUP133
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Nuclear pore complex (核膜孔) / NUP133 / yeast (酵母) / proteolysis (タンパク質分解) / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / PSI2 / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCH CONSORTIUM / NYSGXRC / Membrane (生体膜) / mRNA transport / Nucleus (Nucleus) / Phosphoprotein / Translocation / Transport / New York SGX Research Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA export from nucleus in response to heat stress / nuclear pore localization / telomere tethering at nuclear periphery / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore outer ring / tRNA export from nucleus / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / structural constituent of nuclear pore / nucleocytoplasmic transport / silent mating-type cassette heterochromatin formation ...mRNA export from nucleus in response to heat stress / nuclear pore localization / telomere tethering at nuclear periphery / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore outer ring / tRNA export from nucleus / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / structural constituent of nuclear pore / nucleocytoplasmic transport / silent mating-type cassette heterochromatin formation / poly(A)+ mRNA export from nucleus / subtelomeric heterochromatin formation / 核膜孔 / protein import into nucleus / double-strand break repair / 核膜 / 核膜 / chromosome, telomeric region / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Nuclear pore complex protein Nup133-like / Nucleoporin, Nup133/Nup155-like, C-terminal / Non-repetitive/WGA-negative nucleoporin C-terminal / Nucleoporin, Nup133/Nup155-like, N-terminal / Nup133 N terminal like / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoporin NUP133
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Sampathkumar, P. / Bonanno, J.B. / Miller, S. / Bain, K. / Dickey, M. / Gheyi, T. / Almo, S.C. / Rout, M. / Sali, A. / Phillips, J. ...Sampathkumar, P. / Bonanno, J.B. / Miller, S. / Bain, K. / Dickey, M. / Gheyi, T. / Almo, S.C. / Rout, M. / Sali, A. / Phillips, J. / Pieper, U. / Fernandez-Martinez, J. / Franke, J.D. / Atwell, S. / Thompson, D.A. / Emtage, J.S. / Wasserman, S. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2011
タイトル: Structure of the C-terminal domain of Saccharomyces cerevisiae Nup133, a component of the nuclear pore complex.
著者: Sampathkumar, P. / Gheyi, T. / Miller, S.A. / Bain, K.T. / Dickey, M. / Bonanno, J.B. / Kim, S.J. / Phillips, J. / Pieper, U. / Fernandez-Martinez, J. / Franke, J.D. / Martel, A. / Tsuruta, H. ...著者: Sampathkumar, P. / Gheyi, T. / Miller, S.A. / Bain, K.T. / Dickey, M. / Bonanno, J.B. / Kim, S.J. / Phillips, J. / Pieper, U. / Fernandez-Martinez, J. / Franke, J.D. / Martel, A. / Tsuruta, H. / Atwell, S. / Thompson, D.A. / Emtage, J.S. / Wasserman, S.R. / Rout, M.P. / Sali, A. / Sauder, J.M. / Burley, S.K.
履歴
登録2009年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32018年11月21日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.42020年7月29日Group: Derived calculations / Structure summary / カテゴリ: audit_author / struct_conn / struct_site
Item: _audit_author.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag ..._audit_author.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52021年2月10日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoporin NUP133
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3352
ポリマ－33,2431
非ポリマー921
水1,802100
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.433, 52.678, 76.674
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Nucleoporin NUP133 / Nuclear pore protein NUP133


分子量: 33243.129 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain, residues 881-1157 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: NUP133, RAT3, YKR082W, YKR402 / プラスミド: BC-pSGX3(BC); modified pET26b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Codon+RIL / 参照: UniProt: P36161
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細N-TERMINAL RESIDUES ARE NOT DEFINED THE ELECTRON DENSITY DUE TO IN-CELL PROTEOLYSIS OF THE ...N-TERMINAL RESIDUES ARE NOT DEFINED THE ELECTRON DENSITY DUE TO IN-CELL PROTEOLYSIS OF THE ORIGINALLY DESIGNED CONSTRUCT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% PEG 3350, 200mM Potassium Thiocyanate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月31日
放射モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→31 Å / Num. obs: 15683 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 19.5 Å2 / Rsym value: 0.121 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 7.8 % / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique all: 2236 / Rsym value: 0.414 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXC位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 3.489 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.165 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 811 5.2 %RANDOM
Rwork0.191 ---
obs0.193 15628 99.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 52.49 Å2 / Biso mean: 23.975 Å2 / Biso min: 6.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1669 0 6 100 1775
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0221731
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.021135
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6351.982360
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.00132802
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.345224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.69425.6182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.92915307
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.775159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2284
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021931
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02325
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2260.2454
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1930.21207
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1870.2920
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0920.2889
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1640.291
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.280.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1830.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1490.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2821.51111
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.31.5431
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.99121759
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1723689
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7284.5595
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 66 -
Rwork0.201 1041 -
all-1107 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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