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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3k8j | ||||||
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タイトル | Structure of crystal form III of TP0453 | ||||||
要素 | 30kLP | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Treponema pallidum (梅毒トレポネーマ) / TP0453 / outer membrane protein | ||||||
機能・相同性 | : / Outer membrane-associated lipoprotein TP0453 / cell outer membrane / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Outer membrane protein TP0453 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Treponema pallidum (梅毒トレポネーマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Zhu, G. / Luthra, A. / Desrosiers, D. / Koszelak-Rosenblum, M. / Mulay, V. / Radolf, J.D. / Malkowski, M.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011 タイトル: The Transition from Closed to Open Conformation of Treponema pallidum Outer Membrane-associated Lipoprotein TP0453 Involves Membrane Sensing and Integration by Two Amphipathic Helices. 著者: Luthra, A. / Zhu, G. / Desrosiers, D.C. / Eggers, C.H. / Mulay, V. / Anand, A. / McArthur, F.A. / Romano, F.B. / Caimano, M.J. / Heuck, A.P. / Malkowski, M.G. / Radolf, J.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3k8j.cif.gz | 64.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3k8j.ent.gz | 47.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3k8j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/3k8j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/3k8j | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29147.111 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 27-287 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Treponema pallidum (梅毒トレポネーマ) 遺伝子: 30klp, TP_0453 / プラスミド: pET43.1a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O67998 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.67 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 12% PEG 3350, 0.1M MgCl2, 0.1M MES, pH 5.5, 0.5% BOG, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.2→78.75 Å / Num. all: 16362 / Num. obs: 16362 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 43.9 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / % possible all: 88.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→78.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 10.001 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.261 / ESU R Free: 0.216 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.527 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→78.75 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 30.7385 Å / Origin y: 25.9564 Å / Origin z: 28.4194 Å
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