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- PDB-3k63: X-ray structure of the PF04200 domain from Q9PRA0_UREPA protein o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k63
タイトルX-ray structure of the PF04200 domain from Q9PRA0_UREPA protein of Ureaplasma parvum. NESG target UuR17a.
要素Conserved hypothetical membrane lipoprotein
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / LIPOPROTEIN-17 (リポタンパク質) / Q9PRA0 / PF04200 / DUF1976 / UUR17A / NESG. / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / Lipoprotein (リポタンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #270 / Lipoprotein-associated domain / Lipoprotein associated domain / Uncharacterised protein family MG067 / Mycoplasma peptidase DUF31 / Mycoplasma peptidase (DUF31) / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Membrane-associated lipoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Ureaplasma parvum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.494 Å
データ登録者Vorobiev, S. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Lee, D. / Ciccosanti, C. / Mao, L. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. ...Vorobiev, S. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Lee, D. / Ciccosanti, C. / Mao, L. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray structure of the PF04200 domain from Q9PRA0_UREPA protein of Ureaplasma parvum.
著者: Vorobiev, S. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Lee, D. / Ciccosanti, C. / Mao, L. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.
履歴
登録2009年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Conserved hypothetical membrane lipoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8761
ポリマ-14,8761
非ポリマー00
25214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.557, 60.557, 64.716
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
詳細monomer according to gel-filtration

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要素

#1: タンパク質 Conserved hypothetical membrane lipoprotein


分子量: 14876.400 Da / 分子数: 1 / 断片: Lipoprotein_17 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ureaplasma parvum (バクテリア) / : ATCC 700970 / SEROVAR 3 / 遺伝子: UU045 / プラスミド: PET 21-23C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) +MAGIC / 参照: UniProt: Q9PRA0
#2: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.58 %
結晶化温度: 291 K / 手法: microbatch under paraffin oil / pH: 7.5
詳細: 40% PEG 8000, 0.1M KBr, 0.1M HEPES pH 7.5, MICROBATCH UNDER PARAFFIN OIL, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97908 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97908 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.494→50 Å / Num. all: 9299 / Num. obs: 9252 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.2 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 36.8
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.812 / Mean I/σ(I) obs: 3.65 / Num. unique all: 933 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHELXD/Eモデル構築
RESOLVEモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXD/E位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.494→27.538 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 426 4.61 %RANDOM
Rwork0.2131 ---
obs0.2147 9232 99.5 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 27.652 Å2 / ksol: 0.289 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.494→27.538 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数985 0 0 14 999
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081006
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6391357
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.267374
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.112143
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009178
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4944-2.8550.36521410.28512955X-RAY DIFFRACTION99
2.855-3.59580.30741520.23222912X-RAY DIFFRACTION100
3.5958-27.53970.19961330.18522939X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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