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- PDB-3k20: X-ray structure of oxidoreductase from corynebacterium diphtheria... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k20
タイトルX-ray structure of oxidoreductase from corynebacterium diphtheriae,hexagonal crystal form. northeast structural genomics consortium target cdr100d
要素oxidoreductase酸化還元酵素
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / CdR100D / Q6NGSI_CORDI
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Uncharacterised protein family, CE1759 / NADPH-dependent FMN reductase-like / NADPH-dependent FMN reductase / Flavodoxin domain / Flavoprotein-like superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酸化還元酵素
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kuzin, A. / Lew, S. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Wang, H. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. ...Kuzin, A. / Lew, S. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Wang, H. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Northeast Structural Genomics Consortium Target CdR100D
著者: Kuzin, A. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Wang, H. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.
履歴
登録2009年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.contact_author / _software.contact_author_email ..._software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8415
ポリマ－20,4571
非ポリマー3844
水59433
1
A: oxidoreductase
ヘテロ分子

A: oxidoreductase
ヘテロ分子

A: oxidoreductase
ヘテロ分子

A: oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,36620
ポリマ－81,8294
非ポリマー1,53716
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z+1/31
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/31
Buried area11350 Å2
ΔGint-300 kcal/mol
Surface area27460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.839, 99.839, 137.309
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-218-

HOH

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要素

#1: タンパク質 oxidoreductase / 酸化還元酵素


分子量: 20457.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌)
遺伝子: DIP1437 / プラスミド: pET 14-15C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic / 参照: UniProt: Q6NGS1
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.53 %
結晶化pH: 7.5
詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5) . Reservoir solution:2.2M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate, 3% ethanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97879 0.91837 0.97926
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月4日
詳細: Si(111). A SECOND SET OF Si(220) crystals is also available.
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978791
20.918371
30.979261
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 26206 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 19.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.311 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.4_115精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→29.51 Å / SU ML: 0.35 / 位相誤差: 25.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 730 5.03 %
Rwork0.229 --
obs0.23 15251 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 50.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1328 0 20 33 1381
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091363
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2751857
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.021475
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.083233
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006231
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4985-2.69130.28851400.31962662X-RAY DIFFRACTION99
2.6913-2.96190.29051510.28042683X-RAY DIFFRACTION100
2.9619-3.38990.331660.26792719X-RAY DIFFRACTION100
3.3899-4.26890.22641330.20282783X-RAY DIFFRACTION100
4.2689-29.50960.17941400.18622944X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 33.3447 Å / Origin y: 31.5544 Å / Origin z: 35.8693 Å
111213212223313233
T0.3291 Å20.0116 Å20.0262 Å2-0.1768 Å2-0.0045 Å2--0.2351 Å2
L0.6836 °2-0.6892 °20.3472 °2-0.8396 °2-0.0608 °2--0.7438 °2
S-0.1441 Å °0.0721 Å °0.0234 Å °0.1873 Å °0.0257 Å °0.0844 Å °0.1453 Å °0.0408 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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