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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3jv1 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Trypanosoma brucei p22 protein | ||||||
要素 | P22 protein | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Mam33 family | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNAエディティング / translation activator activity / mitochondrial ribosome binding / positive regulation of mitochondrial translation / ミトコンドリアマトリックス / mRNA binding / ミトコンドリア 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Sprehe, M. / Read, L.K. / Schumacher, M.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010 タイトル: Structure of the Trypanosoma brucei p22 protein, a cytochrome oxidase subunit II-specific RNA-editing accessory factor. 著者: Sprehe, M. / Fisk, J.C. / McEvoy, S.M. / Read, L.K. / Schumacher, M.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3jv1.cif.gz | 48.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3jv1.ent.gz | 34.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3jv1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/3jv1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/3jv1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20548.670 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 46 to 227 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) 遺伝子: Tb927.6.2420 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: Q584R4 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.91 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 40% PEG400 0.1M Imidazole, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→29.32 Å / Num. all: 13481 / Num. obs: 13469 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 4.32 / Observed criterion σ(I): 5.48 / Biso Wilson estimate: 41.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.11 Å / % possible all: 98.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→29.3 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: CNS
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原子変位パラメータ | Biso mean: 45.4776 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→29.3 Å
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拘束条件 |
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