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基本情報

エントリ情報
データベース: PDB / ID: 3j16
タイトルModels of ribosome-bound Dom34p and Rli1p and their ribosomal binding partners
記述子Dom34p
Rli1p
(60S ribosomal protein ...) x 3
(40S ribosomal protein ...) x 3
キーワードRIBOSOME / ribosome recycling / translation / eukarya
試料の由来Saccharomyces cerevisiae / 酵母 / サッカロミセス・セレビシエ /
手法電子顕微鏡 (7.2 A 分解能 / 単粒子解析 / ガラス状氷包埋・低温電子顕微鏡法)
データ登録者Becker, T. / Franckenberg, S. / Wickles, S. / Shoemaker, C.J. / Anger, A.M. / Armache, J.-P. / Sieber, H. / Ungewickell, C. / Berninghausen, O. / Daberkow, I. / Karcher, A. / Thomm, M. / Hopfner, K.-P. / Green, R. / Beckmann, R.
引用Nature, 2012, 482, 501-506

Nature, 2012, 482, 501-506 StrPapers
Structural basis of highly conserved ribosome recycling in eukaryotes and archaea.
Thomas Becker / Sibylle Franckenberg / Stephan Wickles / Christopher J Shoemaker / Andreas M Anger / Jean-Paul Armache / Heidemarie Sieber / Charlotte Ungewickell / Otto Berninghausen / Ingo Daberkow / Annette Karcher / Michael Thomm / Karl-Peter Hopfner / Rachel Green / Roland Beckmann

日付登録: 2011年12月12日 / 公開: 2012年2月22日 / 最新の修正: 2012年5月30日

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集合体

登録構造単位
A: Dom34p
B: Rli1p
J: 28S ribosomal RNA
K: 18S ribosomal RNA
L: P-site tRNA
F: 60S ribosomal protein L6
E: 40S ribosomal protein S30E
G: 60S ribosomal protein L10
C: 40S ribosomal protein S6E
H: 60S ribosomal protein L11
I: 40S ribosomal protein S24E
D: 40S ribosomal protein S24-A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)400,15016
ポリマ-398,91512
非ポリマ-1,2354
181
#1


タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1

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構成要素

-
L型ポリペプチド , 9種, 9分子 ABFEGCHID

#1: L型ポリペプチドDom34p


分子量: 44120.262 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae / 参照: UniProt: P33309

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#2: L型ポリペプチドRli1p


分子量: 68433.945 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae / 参照: UniProt: Q03195

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#6: L型ポリペプチド60S ribosomal protein L6


分子量: 21605.229 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae / 参照: UniProt: P05738

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#7: L型ポリペプチド40S ribosomal protein S30E


分子量: 7137.609 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae / 参照: UniProt: P0CX33

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#8: L型ポリペプチド60S ribosomal protein L10


分子量: 33749.387 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae / 参照: UniProt: P05317

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#9: L型ポリペプチド40S ribosomal protein S6E


分子量: 27054.719 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae / 参照: UniProt: P0CX37

細胞要素

分子機能

生物学的過程

  • cytoplasmic translation (GO: 0002181)
  • maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) (GO: 0000462)
  • rRNA methylation (GO: 0031167)
#10: L型ポリペプチド60S ribosomal protein L11


分子量: 17850.779 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae / 参照: UniProt: P0CX53

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#11: L型ポリペプチド40S ribosomal protein S24E


分子量: 14494.048 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae / 参照: UniProt: P0CX41

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#12: L型ポリペプチド40S ribosomal protein S24-A


分子量: 15362.992 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae / 参照: UniProt: P0CX31

細胞要素

分子機能

生物学的過程

  • cytoplasmic translation (GO: 0002181)
  • maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) (GO: 0000462)

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 JKL

#3: RNA鎖28S ribosomal RNA


分子量: 75107.094 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae
#4: RNA鎖18S ribosomal RNA


分子量: 49863.914 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae
#5: RNA鎖P-site tRNA


分子量: 24135.418 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae

-
非ポリマー , 4種, 5分子

#13: 化合物ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / : Mg
#14: 化合物ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP (エネルギー貯蔵分子) *YM


分子量: 507.183 Da / 分子数: 1 / : C10H16N5O13P3
#15: 化合物ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.628 Da / 分子数: 2 / : Fe4S4
#16: 水ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: ELECTRON MICROSCOPY
EM実験3次元再構成法: SINGLE PARTICLE / 電子顕微鏡試料のタイプ: VITREOUS ICE (CRYO EM)

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試料調製

試料の集合体名称: Dom34p-Rli1p complex / 試料の集合状態: PARTICLE
急速凍結装置: Vitrobot / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 / 詳細: ethane (Vitrobot)

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電子顕微鏡撮影

RadiationDiffraction protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic or laue m l: M / Scattering type: x-ray
Radiation wavelength相対比: 1

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解析

EM single particle entity対称性のタイプ: ASYMMETRIC
3次元再構成手法: Single particle / 分解能: 7.2 A
置いた原子数 #LASTタンパク質: 16336 / 核酸: 9823 / リガンド: 48 / 溶媒: 1 / 合計: 26208

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万見について

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2016年3月3日: 2月19日の蛋白研セミナーでのプレゼンテーション(PDFファイル)

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