ムービーの操作

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    - PDB-3j16: Models of ribosome-bound Dom34p and Rli1p and their ribosomal bin... -

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    基本情報

    エントリ情報
    データベース: PDB / ID: 3j16
    タイトルModels of ribosome-bound Dom34p and Rli1p and their ribosomal binding partners
    記述子Dom34p
    Rli1p
    (60S ribosomal protein ...) x 3
    (40S ribosomal protein ...) x 3
    キーワードRIBOSOME / ribosome recycling / translation / eukarya
    試料の由来Saccharomyces cerevisiae / 酵母 / サッカロミセス・セレビシエ /
    手法電子顕微鏡 (7.2 A 分解能 / 単粒子解析 / ガラス状氷包埋・低温電子顕微鏡法)
    データ登録者Becker, T. / Franckenberg, S. / Wickles, S. / Shoemaker, C.J. / Anger, A.M. / Armache, J.-P. / Sieber, H. / Ungewickell, C. / Berninghausen, O. / Daberkow, I. / Karcher, A. / Thomm, M. / Hopfner, K.-P. / Green, R. / Beckmann, R.
    引用Nature, 2012, 482, 501-506

    Nature, 2012, 482, 501-506 StrPapers
    Structural basis of highly conserved ribosome recycling in eukaryotes and archaea.
    Thomas Becker / Sibylle Franckenberg / Stephan Wickles / Christopher J Shoemaker / Andreas M Anger / Jean-Paul Armache / Heidemarie Sieber / Charlotte Ungewickell / Otto Berninghausen / Ingo Daberkow / Annette Karcher / Michael Thomm / Karl-Peter Hopfner / Rachel Green / Roland Beckmann

    日付登録: 2011年12月12日 / 公開: 2012年2月22日 / 最新の修正: 2012年5月30日

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    構造の表示

    ムービー
    • 登録構造単位
    • Jmolによる作画
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    • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
    • マップデータ: EMDB-2010
    • Jmolによる作画
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    • EMマップとの重ね合わせ
    • マップデータ: EMDB-2010
    • UCSF CHIMERAによる作画
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    集合体

    登録構造単位
    A: Dom34p
    B: Rli1p
    J: 28S ribosomal RNA
    K: 18S ribosomal RNA
    L: P-site tRNA
    F: 60S ribosomal protein L6
    E: 40S ribosomal protein S30E
    G: 60S ribosomal protein L10
    C: 40S ribosomal protein S6E
    H: 60S ribosomal protein L11
    I: 40S ribosomal protein S24E
    D: 40S ribosomal protein S24-A
    ヘテロ分子

    400 kDa, 16 分子
    分子量 (理論値)分子数
    合計
    (水以外)
    400,15016
    ポリマ-398,91512
    非ポリマ-1,2354
    181

    Omokage検索
    #1登録構造と同一 / 登録者が定義した集合体 / 対称操作: (同一)x1
    ダウンロード

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    構成要素

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    L型ポリペプチド , 2種, 2分子 AB

    #1L型ポリペプチド / Dom34p / 由来: Saccharomyces cerevisiae (組換発現) / 参照: UniProt: P33309
    #2L型ポリペプチド / Rli1p / 由来: Saccharomyces cerevisiae (組換発現) / 参照: UniProt: Q03195

    -
    RNA鎖 , 3種, 3分子 JKL

    #3RNA鎖 / 28S ribosomal RNA / 由来: Saccharomyces cerevisiae (組換発現)
    #4RNA鎖 / 18S ribosomal RNA / 由来: Saccharomyces cerevisiae (組換発現)
    #5RNA鎖 / P-site tRNA / 由来: Saccharomyces cerevisiae (組換発現)

    -
    60S ribosomal protein ... , 3種, 3分子 FGH

    #6L型ポリペプチド / 60S ribosomal protein L6 / 由来: Saccharomyces cerevisiae (組換発現) / 参照: UniProt: P05738
    #8L型ポリペプチド / 60S ribosomal protein L10 / 由来: Saccharomyces cerevisiae (組換発現) / 参照: UniProt: P05317
    #10L型ポリペプチド / 60S ribosomal protein L11 / 由来: Saccharomyces cerevisiae (組換発現) / 参照: UniProt: P0CX53

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    40S ribosomal protein ... , 4種, 4分子 ECID

    #7L型ポリペプチド / 40S ribosomal protein S30E / 由来: Saccharomyces cerevisiae (組換発現) / 参照: UniProt: P0CX33
    #9L型ポリペプチド / 40S ribosomal protein S6E / 由来: Saccharomyces cerevisiae (組換発現) / 参照: UniProt: P0CX37
    #11L型ポリペプチド / 40S ribosomal protein S24E / 由来: Saccharomyces cerevisiae (組換発現) / 参照: UniProt: P0CX41
    #12L型ポリペプチド / 40S ribosomal protein S24-A / 由来: Saccharomyces cerevisiae (組換発現) / 参照: UniProt: P0CX31

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    Non-polymers , 4種, 5分子

    #13ChemComp-MG / MAGNESIUM ION
    #14ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP (エネルギー貯蔵分子) *YM
    #15ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER
    #16ChemComp-HOH / water

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    実験情報

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    実験

    実験手法: ELECTRON MICROSCOPY
    EM実験3次元再構成法: SINGLE PARTICLE / 電子顕微鏡試料のタイプ: VITREOUS ICE (CRYO EM)

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    試料調製

    試料の集合体名称: Dom34p-Rli1p complex / 試料の集合状態: PARTICLE
    急速凍結装置: Vitrobot / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 / 詳細: ethane (Vitrobot)

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    電子顕微鏡撮影

    RadiationDiffraction protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic or laue m l: M / Scattering type: x-ray
    Radiation wavelength相対比: 1

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    解析

    EM single particle entity対称性のタイプ: ASYMMETRIC
    3次元再構成手法: Single particle / 分解能: 7.2 A
    置いた原子数 #LASTタンパク質: 16336 / 核酸: 9823 / リガンド: 48 / 溶媒: 1 / 合計: 26208

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    万見について

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    新しくなったEM Navigatorと万見

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    関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

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    新しいEM Navigatorと万見

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    • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

    関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi) / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

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