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- PDB-3izd: リボソーム大サブユニットRNA(拡張部位E27L-out状態)のモデル - Saccharomyces cerevisiae(パン... -

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基本情報

エントリ情報
データベース: PDB / ID: 3izd
タイトルModel of the large subunit RNA expansion segment ES27L-out based on a 6.1 A cryo-EM map of Saccharomyces cerevisiae translating 80S ribosome. 3IZD is a small part (an expansion segment) which is in an alternative conformation to what is in already 3IZF.
記述子151-MER
キーワードRIBOSOME / eukaryotic ribosome / homology modelling / de novo modeling / ribosomal RNA / rRNA / RNA expansion segments
試料の由来Saccharomyces cerevisiae / 酵母 / サッカロミセス・セレビシエ /
手法電子顕微鏡 (8.6 A 分解能)
データ登録者Armache, J.-P. / Jarasch, A. / Anger, A.M. / Villa, E. / Becker, T. / Bhushan, S. / Jossinet, F. / Habeck, M. / Dindar, G. / Franckenberg, S. / Marquez, V. / Mielke, T. / Thomm, M. / Berninghausen, O. / Beatrix, B. / Soeding, J. / Westhof, E. / Wilson, D.N. / Beckmann, R.
引用Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 2010, 107, 19748-19753

primary. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 2010, 107, 19748-19753 StrPapers
Cryo-EM structure and rRNA model of a translating eukaryotic 80S ribosome at 5.5-A resolution.
Jean-Paul Armache / Alexander Jarasch / Andreas M Anger / Elizabeth Villa / Thomas Becker / Shashi Bhushan / Fabrice Jossinet / Michael Habeck / Gülcin Dindar / Sibylle Franckenberg / Viter Marquez / Thorsten Mielke / Michael Thomm / Otto Berninghausen / Birgitta Beatrix / Johannes Söding / Eric Westhof / Daniel N Wilson / Roland Beckmann

#1. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 2010, 107, 19754-19759 StrPapers
Localization of eukaryote-specific ribosomal proteins in a 5.5-A cryo-EM map of the 80S eukaryotic ribosome.
Armache, J.P. / Jarasch, A. / Anger, A.M. / Villa, E. / Becker, T. / Bhushan, S. / Jossinet, F. / Habeck, M. / Dindar, G. / Franckenberg, S. / Marquez, V. / Mielke, T. / Thomm, M. / Berninghausen, O. / Beatrix, B. / Soding, J. / Westhof, E. / Wilson, D.N. / Beckmann, R.

日付登録: 2010年10月13日 / 公開: 2010年12月1日 / 最新の修正: 2012年5月30日

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集合体

登録構造単位
A: rRNA expansion segment ES27L in an "out" conformation


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7221
ポリマ-48,7221
非ポリマ-00
0
#1


タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1

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構成要素

#1: RNA鎖rRNA expansion segment ES27L in an "out" conformation


分子量: 48721.895 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae / 酵母 / サッカロミセス・セレビシエ /
参照: GenBank: U53879.1

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実験情報

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実験

実験手法: ELECTRON MICROSCOPY

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試料調製

試料調製pH: 7.5

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電子顕微鏡撮影

RadiationDiffraction protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic or laue m l: M / Scattering type: x-ray
Radiation wavelength相対比: 1

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解析

3次元再構成分解能: 8.6 A
置いた原子数 #LASTタンパク質: 0 / 核酸: 3044 / リガンド: 0 / 溶媒: 0 / 合計: 3044

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