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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3iwl | ||||||
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タイトル | Crystal structure of cisplatin bound to a human copper chaperone (monomer) | ||||||
要素 | Copper transport protein ATOX1 | ||||||
キーワード | METAL TRANSPORT / beta-alpha-beta-beta-alpha-beta / transport protein (運搬体タンパク質) / cisplatin (シスプラチン) / platinum (白金) / Chaperone / Copper (銅) / Copper transport / Ion transport / Metal-binding / Transport | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 metallochaperone activity / Ion influx/efflux at host-pathogen interface / copper-dependent protein binding / copper chaperone activity / copper ion transport / Detoxification of Reactive Oxygen Species / cuprous ion binding / intracellular copper ion homeostasis / response to oxidative stress / copper ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Boal, A.K. / Rosenzweig, A.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2009 タイトル: Crystal structures of cisplatin bound to a human copper chaperone. 著者: Boal, A.K. / Rosenzweig, A.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3iwl.cif.gz | 27.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3iwl.ent.gz | 17.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3iwl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iw/3iwl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iw/3iwl | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7412.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATOX1, HAH1 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O00244 |
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#2: 化合物 | ChemComp-PT / |
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#4: 化合物 | ChemComp-TCE / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.12 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 2M lithium sulfate, 0.1M MES, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 113 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.90511 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.90511 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 13182 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→46.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 1.468 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.077 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 74.25 Å2 / Biso mean: 21.001 Å2 / Biso min: 11.03 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→46.83 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.602→1.644 Å / Total num. of bins used: 20
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