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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3igx | ||||||
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タイトル | 1.85 Angstrom Resolution Crystal Structure of Transaldolase B (talA) from Francisella tularensis. | ||||||
![]() | Transaldolase![]() | ||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Gordon, E. / Peterson, S.N. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: 1.85 Angstrom Resolution Crystal Structure of Transaldolase B (talA) from Francisella tularensis. 著者: Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Gordon, E. / Peterson, S.N. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 156.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 129.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 36285.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: tularensis SCHU S4 / 遺伝子: FTT1093c, FTT_1093c, talA / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ![]() #3: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.43 % |
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結晶化![]() | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Protein solution: 0.3M NaCl, 10mM HEPES (pH 7.5). Screen solution: 50mM Potassium Dhydrogen phosphate, 20% PEG 8000; Cryo solution: 5% Glycerol, 5% Sucrose, 5% Ethelene Glycol in screen ...詳細: Protein solution: 0.3M NaCl, 10mM HEPES (pH 7.5). Screen solution: 50mM Potassium Dhydrogen phosphate, 20% PEG 8000; Cryo solution: 5% Glycerol, 5% Sucrose, 5% Ethelene Glycol in screen solution, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月24日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si {1,1,1} / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.85→30 Å / Num. all: 62081 / Num. obs: 62081 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 23.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 28.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.585 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 2873 / % possible all: 93 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.646 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→29.41 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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