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- PDB-3i9u: Crystal structure of the rat heme oxygenase (HO-1) in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3i9u
タイトルCrystal structure of the rat heme oxygenase (HO-1) in complex with heme binding dithioerythritol (DTE)
要素Heme oxygenase 1HMOX1
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / heme oxygenase (ヘム酸素添加酵素) / inhibitor (酵素阻害剤) / isozyme (アイソザイム) / Endoplasmic reticulum (小胞体) / Heme (ヘム) / Iron (鉄) / Metal-binding / Microsome / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of HMOX1 expression and activity / arachidonic acid omega-hydroxylase activity / Iron uptake and transport / response to 3-methylcholanthrene / Heme degradation / Cytoprotection by HMOX1 / negative regulation of mast cell degranulation / heme metabolic process / response to arachidonic acid / phospholipase D activity ...Regulation of HMOX1 expression and activity / arachidonic acid omega-hydroxylase activity / Iron uptake and transport / response to 3-methylcholanthrene / Heme degradation / Cytoprotection by HMOX1 / negative regulation of mast cell degranulation / heme metabolic process / response to arachidonic acid / phospholipase D activity / heme oxygenase (biliverdin-producing) / cellular response to cisplatin / heme oxidation / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / heme oxygenase (decyclizing) activity / wound healing involved in inflammatory response / negative regulation of muscle cell apoptotic process / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of mast cell cytokine production / heme catabolic process / cellular response to nutrient / cellular response to arsenic-containing substance / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / erythrocyte homeostasis / epithelial cell apoptotic process / negative regulation of macroautophagy / small GTPase-mediated signal transduction / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / positive regulation of macroautophagy / phospholipid metabolic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / cellular response to cadmium ion / カベオラ / liver regeneration / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / オートファジー / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / response to nicotine / response to hydrogen peroxide / 血圧 / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / response to estrogen / positive regulation of angiogenesis / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / cellular response to heat / cellular response to hypoxia / 血管新生 / intracellular iron ion homeostasis / response to oxidative stress / negative regulation of neuron apoptotic process / response to hypoxia / intracellular signal transduction / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of cell population proliferation / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / regulation of transcription by RNA polymerase II / perinuclear region of cytoplasm / structural molecule activity / enzyme binding / 小胞体 / protein homodimerization activity / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Haem oxygenase conserved site / Heme oxygenase signature. / ヘム酸素添加酵素 / Haem oxygenase-like / ヘム酸素添加酵素 / Heme oxygenase-like / Heme Oxygenase; Chain A / Haem oxygenase-like, multi-helical / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Heme oxygenase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Matsui, T. / Unno, M. / Ikeda-Saito, M.
引用ジャーナル: Inorg.Chem. / 年: 2010
タイトル: Dioxygen activation for the self-degradation of heme: reaction mechanism and regulation of heme oxygenase.
著者: Matsui, T. / Iwasaki, M. / Sugiyama, R. / Unno, M. / Ikeda-Saito, M.
履歴
登録2009年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heme oxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0663
ポリマ－30,2951
非ポリマー7712
水1,820101
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.882, 65.882, 120.244
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Heme oxygenase 1 / HMOX1 / HO-1 / HSP32


分子量: 30295.268 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-261 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Hmox1 / プラスミド: pMW / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P06762, heme oxygenase (biliverdin-producing)
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-DTU / (2R,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL / ジチオエリトリト-ル / ジチオエリトリトール


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.4
詳細: 3.2M sodium formate, 10mM sodium azide, 5mM DTV, pH7.4, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 14964 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 30.585 Å2 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 32.1
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 7.3 % / Mean I/σ(I) obs: 7.04 / Num. unique all: 1454 / Rsym value: 0.329 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS精密化
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3I9T

3i9t


解像度: 2.25→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 10.826 / SU ML: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.202 / ESU R Free: 0.185 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22266 754 5.1 %RANDOM
Rwork0.16683 ---
obs0.16961 14140 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.132 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.76 Å20.88 Å20 Å2
2--1.76 Å20 Å2
3----2.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1711 0 51 101 1863
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0221812
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9132.0342468
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6735211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.71923.79387
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.25515297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.261511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1290.2258
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0211394
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.061.51060
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.91221701
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.173752
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0264.5767
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 49 -
Rwork0.207 1017 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1533-0.1731-0.19060.39670.35351.2768-0.0089-0.0190.01730.00230.0026-0.00790.0551-0.00360.00630.00390.004600.03680.00460.0073-7.2903-36.0557-164.0508
23.04710.0059-0.06673.74421.52192.6891-0.13360.23670.01090.04460.0446-0.3173-0.1965-0.13050.08890.02970.0021-0.02830.0517-0.01020.0526-2.202-27.3906-168.0463
32.6724.702-7.40488.2743-13.030520.521-0.08610.27480.1445-0.15580.48590.25640.2428-0.7579-0.39980.0215-0.037-0.02090.07530.01860.1052-3.2904-33.0346-168.9029
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A11 - 222
2X-RAY DIFFRACTION2A300
3X-RAY DIFFRACTION3A2001

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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