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- PDB-3i2t: Crystal structure of the unliganded Drosophila Epidermal Growth F... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3i2t
タイトルCrystal structure of the unliganded Drosophila Epidermal Growth Factor Receptor ectodomain
要素Epidermal growth factor receptor, isoform A上皮成長因子受容体
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Drosophila / EGFR / ectodomain / unliganded / autoinhibited / ATP-binding / Nucleotide-binding / Tyrosine-protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


notum development / leg disc proximal/distal pattern formation / maternal determination of dorsal/ventral axis, ovarian follicular epithelium, soma encoded / regulation of tube length, open tracheal system / wing and notum subfield formation / notum cell fate specification / R8 cell differentiation / Signaling by ERBB2 / Signaling by ERBB4 / SHC1 events in ERBB2 signaling ...notum development / leg disc proximal/distal pattern formation / maternal determination of dorsal/ventral axis, ovarian follicular epithelium, soma encoded / regulation of tube length, open tracheal system / wing and notum subfield formation / notum cell fate specification / R8 cell differentiation / Signaling by ERBB2 / Signaling by ERBB4 / SHC1 events in ERBB2 signaling / PI3K events in ERBB4 signaling / Nuclear signaling by ERBB4 / Signaling by EGFR / PI3K events in ERBB2 signaling / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / ERBB2 Regulates Cell Motility / Drug-mediated inhibition of ERBB2 signaling / oenocyte differentiation / dorsal closure, spreading of leading edge cells / maintenance of epithelial integrity, open tracheal system / lumen formation, open tracheal system / positive regulation of imaginal disc growth / stem cell fate commitment / photoreceptor cell fate determination / salivary gland development / imaginal disc development / photoreceptor cell differentiation / morphogenesis of follicular epithelium / epithelial cell proliferation involved in Malpighian tubule morphogenesis / PIP3 activates AKT signaling / GAB1 signalosome / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / compound eye cone cell differentiation / SHC1 events in ERBB4 signaling / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / GRB2 events in ERBB2 signaling / EGFR Transactivation by Gastrin / RAF/MAP kinase cascade / Malpighian tubule morphogenesis / eye-antennal disc morphogenesis / second mitotic wave involved in compound eye morphogenesis / determination of genital disc primordium / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / Downregulation of ERBB2 signaling / tracheal outgrowth, open tracheal system / haltere development / compound eye photoreceptor cell differentiation / germ-band shortening / ommatidial rotation / negative regulation of compound eye retinal cell programmed cell death / Downregulation of ERBB4 signaling / EGFR downregulation / imaginal disc-derived wing vein morphogenesis / chorion-containing eggshell pattern formation / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / dorsal closure / establishment or maintenance of apical/basal cell polarity / spiracle morphogenesis, open tracheal system / wing disc morphogenesis / imaginal disc-derived wing vein specification / Clathrin-mediated endocytosis / dorsal appendage formation / border follicle cell migration / Estrogen-dependent gene expression / compound eye development / positive regulation of border follicle cell migration / segment polarity determination / imaginal disc-derived wing morphogenesis / oocyte axis specification / gonad development / germ-line stem cell population maintenance / eye development / behavioral response to ethanol / heart process / olfactory learning / embryonic pattern specification / peripheral nervous system development / establishment of epithelial cell apical/basal polarity / cell projection assembly / embryo development ending in birth or egg hatching / epidermal growth factor receptor activity / digestive tract morphogenesis / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of wound healing / negative regulation of apoptotic signaling pathway / positive regulation of cell division / positive regulation of phosphorylation / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / 神経発生 / basal plasma membrane / determination of adult lifespan / morphogenesis of an epithelium / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / epidermal growth factor receptor signaling pathway / 受容体型チロシンキナーゼ / membrane => GO:0016020 / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / receptor complex
類似検索 - 分子機能
24 nucleotide stem-loop, u2 snrnp hairpin iv. U2 a'; Chain A / Receptor L-domain / Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A domain 2 / Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A, domain 2 / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Alpha-Beta Horseshoe / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain ...24 nucleotide stem-loop, u2 snrnp hairpin iv. U2 a'; Chain A / Receptor L-domain / Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A domain 2 / Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A, domain 2 / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Alpha-Beta Horseshoe / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / リボン / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
上皮成長因子受容体 / 受容体型チロシンキナーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Alvarado, D. / Klein, D.E. / Lemmon, M.A.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2009
タイトル: ErbB2 resembles an autoinhibited invertebrate epidermal growth factor receptor.
著者: Alvarado, D. / Klein, D.E. / Lemmon, M.A.
履歴
登録2009年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _software.classification ..._pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Epidermal growth factor receptor, isoform A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,0606
ポリマ－62,4521
非ポリマー2,6085
水905
1
A: Epidermal growth factor receptor, isoform A
ヘテロ分子

A: Epidermal growth factor receptor, isoform A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,12012
ポリマ－124,9032
非ポリマー5,21710
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_454-x-1,y,-z-1/21
Buried area7940 Å2
ΔGint58 kcal/mol
Surface area57090 Å2
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.378, 174.798, 161.653
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 6分子 A

#1: タンパク質 Epidermal growth factor receptor, isoform A / 上皮成長因子受容体


分子量: 62451.734 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 51-595 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Egfr / プラスミド: pFastbac
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9
参照: UniProt: Q8MLW0, UniProt: P04412*PLUS, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; タンパク質-チロシンキナーゼ
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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糖 , 4種, 5分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAca1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAca1-4DGlcpNAca1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE

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詳細

配列の詳細AS PER AUTHOR THESE ARE ERRORS IN THE UNP DATABASE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.77 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 10% PEG 4,000, 0.1M HEPES, 5% Jeffamine M-600 (pH 7.0), 50mM KCl, 12.5% ethylene glycol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.91969 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月2日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator and K-B pair of biomorph mirrors
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91969 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→45 Å / Num. obs: 29225 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Χ2: 0.997 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.7-2.86.70.65728850.7661100
2.8-2.9170.46128490.7991100
2.91-3.047.30.32529060.8831100
3.04-3.27.10.22528861.0451100
3.2-3.47.20.1529240.7491100
3.4-3.667.10.10629120.9321100
3.66-4.037.10.08429091.2341100
4.03-4.6270.07229371.6471100
4.62-5.8170.06129761.7931100
5.81-456.70.04930410.09198.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.81 Å36.76 Å
Translation2.81 Å36.76 Å
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 29198
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi final反射FOM
10.52-10080.4503
8.42-10.5254.95050.645
7.3-8.4250.15400.704
6.53-7.3526070.681
5.97-6.5353.86580.686
5.53-5.9754.57230.691
5.17-5.5351.77790.729
4.88-5.1746.28070.749
4.63-4.8846.48670.743
4.41-4.6349.59000.746
4.22-4.4146.79340.782
4.06-4.2250.39770.769
3.91-4.0649.710150.725
3.78-3.9150.810410.748
3.66-3.785010860.7
3.55-3.6652.111120.743
3.45-3.5552.311620.725
3.36-3.4552.611600.746
3.27-3.3655.412070.712
3.2-3.2758.712490.693
3.12-3.259.812460.695
3.05-3.1260.413100.676
2.99-3.056213290.696
2.93-2.9959.713490.695
2.87-2.935913520.666
2.82-2.8760.614230.674
2.77-2.8261.314200.662
2.7-2.7762.219370.604

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER1.3.3位相決定
直接法6位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2a91

2a91


解像度: 2.7→36.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / WRfactor Rfree: 0.334 / WRfactor Rwork: 0.318 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.798 / SU B: 26.801 / SU ML: 0.242 / SU R Cruickshank DPI: 0.768 / SU Rfree: 0.417 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.55 / ESU R Free: 0.33 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 2654 10.1 %RANDOM
Rwork0.224 ---
obs0.228 26324 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 103.65 Å2 / Biso mean: 48.965 Å2 / Biso min: 25.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.72 Å2-0 Å20 Å2
2--0.27 Å2-0 Å2
3---0.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→36.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4203 0 173 5 4381
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0214500
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6241.9916127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7935539
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.45824.39205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.41215699
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.8841525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2687
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213379
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5141.52694
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.05224336
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.64431806
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7364.51791
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.455 224 -
Rwork0.366 1696 -
all-1920 -
obs--99.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.14060.62280.54414.78380.47883.89690.0917-0.15310.3792-0.04280.0819-0.1018-0.1941-0.2473-0.17360.01470.00650.02570.0242-0.00920.0658-24.7736-21.3158-7.9961
21.1406-0.98640.31430.8626-0.36592.31040.10150.08420.0831-0.1046-0.0488-0.0633-0.2107-0.0758-0.05270.1469-0.00610.00030.28480.04720.0146-31.0077-33.6003-35.3061
35.0866-0.1568-0.53053.32420.11752.3644-0.1080.1021-0.63680.1048-0.0394-0.21330.35610.21810.14740.0560.03070.01940.0254-0.00150.0993-26.4841-59.5635-11.4226
42.19063.44233.36587.05715.04335.20910.1985-0.128-0.0056-0.1073-0.20430.00770.3691-0.21250.00580.46630.09290.11070.5898-0.0820.5348-20.0964-82.6584-34.8943
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-4 - 203
2X-RAY DIFFRACTION2A204 - 303
3X-RAY DIFFRACTION3A304 - 491
4X-RAY DIFFRACTION4A492 - 550

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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