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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3hqc | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Phosphotyrosine-binding domain from the Human Tensin-like C1 domain-containing phosphatase (TENC1) | ||||||
要素 | Tensin-like C1 domain-containing phosphatase | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Human Tensin-like C1 domain-containing phosphatase / TENC1 / Phosphotyrosine Binding Domain / PTB / TNS2 / KIAA1075 / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / PSI-2 / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC / Cell junction (細胞結合) / Cell membrane (細胞膜) / Membrane (生体膜) / Metal-binding / Phorbol-ester binding / Phosphoprotein / Protein phosphatase (プロテインホスファターゼ) / SH2 domain (SH2ドメイン) / Zinc-finger (ジンクフィンガー) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 multicellular organismal-level homeostasis / collagen metabolic process / cellular homeostasis / response to muscle activity / peptidyl-tyrosine dephosphorylation / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / プロテインチロシンホスファターゼ / protein tyrosine phosphatase activity / kidney development / multicellular organism growth ...multicellular organismal-level homeostasis / collagen metabolic process / cellular homeostasis / response to muscle activity / peptidyl-tyrosine dephosphorylation / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / プロテインチロシンホスファターゼ / protein tyrosine phosphatase activity / kidney development / multicellular organism growth / kinase binding / negative regulation of cell population proliferation / focal adhesion / lipid binding / identical protein binding / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Sampathkumar, P. / Romero, R. / Wasserman, S. / Do, J. / Dickey, M. / Bain, K. / Gheyi, T. / Klemke, R. / Atwell, S. / Sauder, J.M. ...Sampathkumar, P. / Romero, R. / Wasserman, S. / Do, J. / Dickey, M. / Bain, K. / Gheyi, T. / Klemke, R. / Atwell, S. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of Phosphotyrosine-binding domain from the Human Tensin-like C1 domain-containing phosphatase (TENC1) 著者: Sampathkumar, P. / Romero, R. / Wasserman, S. / Do, J. / Dickey, M. / Bain, K. / Gheyi, T. / Klemke, R. / Atwell, S. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3hqc.cif.gz | 46.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3hqc.ent.gz | 31.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3hqc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/3hqc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/3hqc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1wvhS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17310.248 Da / 分子数: 1 断片: Phosphotyrosine Binding Domain, PTB, residues 1264-1409 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIAA1075, TENC1, TNS2 / プラスミド: BC-pSGX3(BC); modified pET26b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Codon+RIL 参照: UniProt: Q63HR2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.64 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: 100mM Sodium Acetate pH 4 + 2% Glycerol + 2000mM Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月16日 |
放射 | モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→47.14 Å / Num. obs: 23089 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.9 % / Biso Wilson estimate: 25.92 Å2 / Rsym value: 0.118 / Net I/σ(I): 8.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 10.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 3337 / Rsym value: 0.637 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Poly-Alanine model of the PDB entry 1WVH 解像度: 1.8→26.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU B: 2.5 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.105 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: There are residual postive electron density features which could not be assigned unambigously as protein or buffer components.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 79.88 Å2 / Biso mean: 33.104 Å2 / Biso min: 17.95 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→26.16 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
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