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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3hp1 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of human dCK R104M/D133A in complex with L-dT and ADP | |||||||||
要素 | Deoxycytidine kinase | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / dCK / L-dT / DM-dCK / dCK Structure Function Studies / Nucleoside Kinase / Protein-NA complex / dCK drug designing / ATP-binding / Kinase (キナーゼ) / Nucleotide-binding / Nucleus (Nucleus) / Phosphoprotein | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 deoxycytidine kinase / 2'-deoxyadenosine kinase / deoxyguanosine kinase / dAMP salvage / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity / Pyrimidine salvage / cytidine kinase activity ...deoxycytidine kinase / 2'-deoxyadenosine kinase / deoxyguanosine kinase / dAMP salvage / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity / Pyrimidine salvage / cytidine kinase activity / pyrimidine nucleotide metabolic process / Purine salvage / リン酸化 / protein homodimerization activity / ミトコンドリア / 核質 / ATP binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å | |||||||||
データ登録者 | Hazra, S. / Lavie, A. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009 タイトル: Extending Thymidine Kinase Activity to the Catalytic Repertoire of Human Deoxycytidine Kinase. 著者: Hazra, S. / Sabini, E. / Ort, S. / Konrad, M. / Lavie, A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3hp1.cif.gz | 64.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3hp1.ent.gz | 45.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3hp1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/3hp1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/3hp1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1p5zS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32637.775 Da / 分子数: 1 / 変異: R104M, D133A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCK / プラスミド: pET14b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P27707, deoxycytidine kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-ADP / |
#3: 化合物 | ChemComp-LLT / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.15 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1 microliter of protein-nucleoside-nucleotide mix and 1 microliter reservoir solution containing 0.9-1.5 M Trisodium citrate dihydrate and 100 mM HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 13710 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 14.42 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.45 Å / Rmerge(I) obs: 0.298 / Mean I/σ(I) obs: 6.93 / % possible all: 98.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1P5Z 解像度: 2.31→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 7.55 / SU ML: 0.182 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.353 / ESU R Free: 0.259 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.265 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.31→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.31→2.37 Å / Total num. of bins used: 20
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