PDB-3hmc: Endolysin from Bacillus anthracis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hmc

タイトル

Endolysin from Bacillus anthracis

要素

Putative prophage LambdaBa04, glycosyl hydrolase, family 25

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

endolysin /

glycosyl hydrolase (グリコシダーゼ)

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process /

lysozyme activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus anthracis (炭疽菌)

手法

X線回折 /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.44 Å

データ登録者

Low, L.Y. / Liddington, R.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Role of net charge on catalytic domain and influence of cell wall binding domain on bactericidal activity, specificity, and host range of phage lysins.
著者: Low, L.Y. / Yang, C. / Perego, M. / Osterman, A. / Liddington, R.

履歴

登録	2009年5月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年6月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年8月10日	Group: Database references
改定 1.3	2011年8月17日	Group: Database references
改定 1.4	2011年12月21日	Group: Database references
改定 1.5	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hmc.cif.gz	54.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hmc.ent.gz	39 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hmc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hm/3hmc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hm/3hmc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3hmbC 3rdrC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3f0s-d 5etx-1 4gc8-3 3lim-3 2dbt-2 2zca-1 3sue-3 5hf0-d 7dnb-1 4j8p-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative prophage LambdaBa04, glycosyl hydrolase, family 25

ヘテロ分子

21.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.682, 56.454, 67.361
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Putative prophage LambdaBa04, glycosyl hydrolase, family 25 / Prophage LambdaBa04 / glycosyl hydrolase / family 25 / putative 分子量: 21637.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 遺伝子: BAS0460, BA_0485, GBAA0485, GBAA_0485 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q81YZ2, UniProt: A0A6L7HQ02*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / MES (緩衝剤) 分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.5 %

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年2月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.44→50 Å / Num. obs: 35073 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 31.4
反射シェル	解像度: 1.44→1.46 Å / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrystalClear		データ収集
SOLVE		位相決定
CNS	1.1	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.44→30 Å / Isotropic thermal model: anisotropic

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2279	1732	-
R_work	0.2071	-	-
all	-	37265	-
obs	-	32736	94.1 %

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.44→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1510	0	12	231	1753

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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