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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3hkm | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of rice(Oryza sativa) Rrp46 | ||||||
要素 | Os03g0854200 protein | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / RNase PH domain / PHOSPHORYLASE (ホスホリラーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytoplasmic exosome (RNase complex) / U4 snRNA 3'-end processing / : / DNA nuclease activity / poly(A)-dependent snoRNA 3'-end processing / nuclear exosome (RNase complex) / rRNA catabolic process / nuclear mRNA surveillance / exonuclease activity / RNA nuclease activity ...cytoplasmic exosome (RNase complex) / U4 snRNA 3'-end processing / : / DNA nuclease activity / poly(A)-dependent snoRNA 3'-end processing / nuclear exosome (RNase complex) / rRNA catabolic process / nuclear mRNA surveillance / exonuclease activity / RNA nuclease activity / rRNA processing / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / double-stranded DNA binding / single-stranded RNA binding / 核小体 / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Oryza sativa Japonica Group (イネ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9845 Å | ||||||
データ登録者 | Yang, C.-C. / Wang, Y.-T. / Hsiao, Y.-Y. / Doudeva, L.G. / Yuan, H.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Rna / 年: 2010 タイトル: Structural and biochemical characterization of CRN-5 and Rrp46: an exosome component participating in apoptotic DNA degradation 著者: Yang, C.-C. / Wang, Y.-T. / Hsiao, Y.-Y. / Doudeva, L.G. / Kuo, P.-H. / Chow, S.Y. / Yuan, H.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3hkm.cif.gz | 135.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3hkm.ent.gz | 105.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3hkm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hk/3hkm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hk/3hkm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | DIMER DISSOCIATED INTO MONOMERS IN REMARK 350 THE CRYSTALLIZATION CONDITION |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27012.609 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa Japonica Group (イネ) / 株: Japonica Group / 遺伝子: putative exonuclease RRP46 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(RIPL) 参照: UniProt: Q84T68, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.96 % 解説: The original data was scaled to 2.0 Angstrom by HKL2000. Then refinement was performed with all scaled data automatically by phenix.refine. The highest resolution of 1.98A was made by phenix.refine. |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2M sodium malonate, 20% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 113 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年6月15日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 chnnel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
Reflection twin | Operator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.501 |
反射 | 解像度: 1.98→50 Å / Num. obs: 55506 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.34 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 21.65 / Num. measured all: 185470 |
反射 シェル | 解像度: 1.98→2.07 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.381 / Mean I/σ(I) obs: 3.15 / Num. unique all: 5536 / Rsym value: 0.354 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 2NN6 chain D 解像度: 1.9845→26.807 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.835 / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 0.12 / 位相誤差: 24.27 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.857 Å2 / ksol: 0.349 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 45.5 Å2 / Biso mean: 26.089 Å2 / Biso min: 13.88 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9845→26.807 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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