PDB-3hi1: Structure of HIV-1 gp120 (core with V3) in Complex with CD4-Bindi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hi1

タイトル

Structure of HIV-1 gp120 (core with V3) in Complex with CD4-Binding-Site Antibody F105

要素

F105 Heavy Chain
F105 Light Chain
Glycoprotein 120

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN/Immune System (構造) /

HIV (ヒト免疫不全ウイルス) /

GP120 (Gp120 (HIV)) / CD4 BINDING SITE ANTIBODY / F105 /

IMMUNE EVASION (免疫回避) /

AIDS (後天性免疫不全症候群) /

Apoptosis (アポトーシス) /

Cell membrane (細胞膜) / Cleavage on pair of basic residues /

Disulfide bond (ジスルフィド) /

Envelope protein (エンベロープ (ウイルス)) /

Fusion protein (融合タンパク質) /

Glycoprotein (糖タンパク質) / Host-virus interaction /

Lipoprotein (リポタンパク質) /

Membrane (生体膜) /

Palmitate (パルミチン酸) /

Transmembrane (膜貫通型タンパク質) / Viral immunoevasion /

Virion (ウイルス) /

STRUCTURAL PROTEIN-Immune System COMPLEX (構造)

機能・相同性

機能・相同性情報

Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell /

viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Kwon, Y.D. / Chen, L. / Zhou, T. / Wu, X. / O'Dell, S. / Cavacini, L. / Hessell, A.J. / Pancera, M. / Tang, M. / Xu, L. ...

引用

ジャーナル: Science / 年: 2009
タイトル: Structural basis of immune evasion at the site of CD4 attachment on HIV-1 gp120.
著者: Chen, L. / Do Kwon, Y. / Zhou, T. / Wu, X. / O'Dell, S. / Cavacini, L. / Hessell, A.J. / Pancera, M. / Tang, M. / Xu, L. / Yang, Z.Y. / Zhang, M.Y. / Arthos, J. / Burton, D.R. / Dimitrov, D.S. ...

履歴

登録	2009年5月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年11月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.2	2017年8月23日	Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hi1.cif.gz	593.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hi1.ent.gz	498.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hi1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/3hi1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/3hi1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3idxC 3idyC 1bbdS 1bbjS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	9192 6pe8-d 6d01-d 3tad-d 20186 6p2p-d 1o95-d 7cbs-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (7) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (7) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (6) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#169 - 2014年1月
HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein)
類似性 (7)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (7)
#170 - 2014年2月
広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies)
類似性 (6)
#252 - 2020年12月
C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase)
類似性 (1)

登録構造単位

G: Glycoprotein 120

L: F105 Light Chain

H: F105 Heavy Chain

J: Glycoprotein 120

A: F105 Light Chain

B: F105 Heavy Chain

ヘテロ分子

173 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	412.403, 412.403, 83.206
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	G
2	1	J
1	2	H
2	2	B
1	3	L
2	3	A

NCSドメイン領域:

Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	THR	THR	VAL	VAL	G	A	90 - 255	1 - 93
2	1	1	THR	THR	VAL	VAL	J	D	90 - 255	1 - 93
1	2	1	SER	SER	ILE	ILE	G	A	256 - 294	94 - 132
2	2	1	SER	SER	ILE	ILE	J	D	256 - 294	94 - 132
1	3	1	ASN	ASN	LEU	LEU	G	A	332 - 390	169 - 227
2	3	1	ASN	ASN	LEU	LEU	J	D	332 - 390	169 - 227
1	4	1	ILE	ILE	GLU	GLU	G	A	449 - 492	278 - 321
2	4	1	ILE	ILE	GLU	GLU	J	D	449 - 492	278 - 321
1	1	2	GLN	GLN	SER	SER	H	C	1 - 113	1 - 123
2	1	2	GLN	GLN	SER	SER	B	F	1 - 113	1 - 123
1	2	2	ALA	ALA	SER	SER	H	C	114 - 215	124 - 225
2	2	2	ALA	ALA	SER	SER	B	F	114 - 215	124 - 225
1	1	3	GLU	GLU	THR	THR	L	B	1 - 109	1 - 110
2	1	3	GLU	GLU	THR	THR	A	E	1 - 109	1 - 110
1	2	3	VAL	VAL	CYS	CYS	L	B	110 - 214	111 - 215
2	2	3	VAL	VAL	CYS	CYS	A	E	110 - 214	111 - 215

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質

Glycoprotein 120 / gp120 / SU

分子量: 35962.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: YU-2 / 遺伝子: env / プラスミド: PSHUTTLE-CMV / Cell (発現宿主): KIDNEY EMBRYONIC CELL LINE 293 / 発現宿主:

ADENOVIRUS (ウイルス) / 株 (発現宿主): AD5 / 参照: UniProt: P35961

#2: 抗体

F105 Light Chain

分子量: 23495.043 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: PRODUCED BY FUSION OF ANTIBODY-PRODUCING EPSTEIN BARR VIURS-TRANSFORMED CELLS WITH THE HMMA2.11TG/O CELL LINE
由来: (天然)

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6PIL8*PLUS

#3: 抗体

F105 Heavy Chain

分子量: 23844.768 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: PRODUCED BY FUSION OF ANTIBODY-PRODUCING EPSTEIN BARR VIURS-TRANSFORMED CELLS WITH THE HMMA2.11TG/O CELL LINE
由来: (天然)

Homo sapiens (ヒト)

#4: 糖

...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン /

N-アセチルグルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#5: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.89 %
結晶化	温度: 293 K / pH: 7.5 詳細: 16% PEG 6000, 8% 2-PROPANOL, 0.2M AMMONIUM SULFATE, 0.1M HEPES, PH 7.5, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 48590 / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.123 / R_sym value: 0.085 / Net I/σ(I): 13.1
反射シェル	解像度: 2.9→2.98 Å / 冗長度: 1.5 % / R_merge(I) obs: 0.456 / Mean I/σ(I) obs: 1.21 / R_sym value: 0.413

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
AMoRE		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1BBD, 1BBJ

1bbd

1bbj

解像度: 2.9→43.48 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.905 / SU B: 39.865 / SU ML: 0.328 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.412 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.243	2247	5 %	RANDOM
R_work	0.202	-	-	-
obs	0.204	42563	75.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 119.9 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.02 Å²	0.51 Å²	0 Å²
2-	-	1.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→43.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11214	0	378	78	11670

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	11885
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.154	1.988	16179
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.085	5	1448
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.958	24.619	472
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.623	15	1904
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.851	15	52
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	1864
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	8738
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.259	0.3	5339
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.336	0.5	8314
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.198	0.5	696
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.251	0.3	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.215	0.5	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.371	2	7342
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.445	3	11780
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.71	2	5030
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.213	3	4399
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	G	1835	tight positional	0.02	0.05
2	H	1680	tight positional	0.03	0.05
3	L	1651	tight positional	0.03	0.05
1	G	1835	tight thermal	0.19	0.5
2	H	1680	tight thermal	0.06	0.5
3	L	1651	tight thermal	0.04	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.9→2.98 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.346	24	-
R_work	0.386	550	-
obs	-	-	13.17 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4047	-1.4241	0.9749	3.1419	0.4109	1.48	0.1289	-0.1625	0.021	-0.0853	0.0378	-0.4345	-0.3094	0.6019	-0.1667	-0.5734	-0.13	0.0659	-0.2065	0.0258	-0.8732	57.251	27.313	-38.547
2	4.0104	1.6018	1.5575	2.3046	-0.5806	1.4737	0.2177	-0.5507	0.1526	0.517	-0.1257	-0.3541	-0.3505	0.3974	-0.092	-0.4243	-0.2652	0.0638	0.4614	-0.306	-0.3557	79.155	28.189	-31.572
3	1.5716	-3.0255	-1.0142	7.1703	7.9127	27.0495	0.5648	0.371	0.2197	-0.3207	-0.2017	-0.2825	-1.0771	-2.0154	-0.3631	-0.7853	-0.0441	-0.0333	-0.2739	0.0429	-0.842	48.899	28.574	-41.644
4	1.4037	3.0659	-3.0304	6.9676	-8.6856	22.2969	0.3397	-0.4138	0.5054	0.8351	-0.181	-0.1776	-1.2307	3.1143	-0.1587	-0.5192	-0.4131	-0.0382	0.6401	-0.3991	-0.2499	87.429	30.021	-28.475
5	5.9338	-1.2422	-0.3206	3.2057	-0.8492	5.8591	0.5081	-0.4117	0.5946	0.4312	-0.0651	-0.187	-0.9815	0.4383	-0.443	-0.3617	-0.1818	0.2028	-0.5694	0.0168	-0.6503	48.398	43.802	-24.897
6	3.7854	2.0502	-0.1372	3.0341	0.0319	4.8664	0.5526	-0.3176	0.3063	-0.1884	-0.3168	-0.0809	-0.9387	0.0921	-0.2357	-0.3533	-0.3623	0.2362	-0.0111	-0.3127	-0.0566	86.755	45.046	-45.292
7	2.3183	2.5081	-0.3636	3.1091	-1.0192	1.184	-0.1066	0.0292	0.1684	-0.1364	0.127	-0.1324	-0.152	0.277	-0.0204	-0.5468	0.028	-0.0064	-0.4664	0.0018	-0.8297	36.395	17.406	-13.361
8	0.2823	-0.0131	-0.1952	3.6396	2.4755	5.0218	-0.1327	-0.0876	0.1283	0.3632	0.191	0.3032	-0.4942	0.1576	-0.0583	-0.5111	0.1006	-0.0063	-0.51	0.0171	-0.7549	19.605	21.288	14.083
9	5.4992	-1.1475	-3.6884	3.4403	0.6512	5.7641	-0.5141	-1.1172	-0.9532	-0.0843	-0.4004	-0.2391	0.4057	0.7789	0.9145	-0.5254	-0.107	0.2876	0.1241	0.1815	0.1965	99.791	18.823	-56.704
10	4.2142	0.5375	-1.02	4.11	-5.0583	13.0706	-0.5401	-0.0033	-1.0015	0.1739	-0.1655	-0.2962	-1.0675	0.5186	0.7056	-0.2743	-0.1968	0.2685	-0.2571	-0.155	0.1971	117.361	22.98	-83.482
11	1.5783	0.3062	-0.7484	1.1344	-0.5884	7.6763	-0.0362	-0.1033	-0.1981	0.0661	-0.0894	-0.1648	-0.2739	1.0024	0.1256	-0.7299	-0.0592	-0.0888	-0.2117	-0.0058	-0.7123	52.334	19.178	1.692
12	6.4986	2.1149	0.7792	2.53	0.2391	2.7122	-0.0271	-0.3289	0.0844	0.507	0.0948	0.1142	0.1799	0.0081	-0.0677	-0.4579	0.0537	0.0367	-0.5574	-0.0009	-1.0118	23.916	11.959	25.946
13	2.7637	-0.9653	-3.0962	0.5094	1.8027	12.9083	-0.2362	0.8068	-0.8039	-0.1661	-0.66	0.1141	0.1421	-1.599	0.8962	-0.6379	-0.1588	0.1274	0.2826	-0.38	0.1016	84.28	20.794	-72.09
14	10.4774	-4.2184	-2.3286	1.8174	0.0916	6.5312	-0.5876	0.4144	-1.2384	-0.3935	-0.2587	0.1015	0.3002	-0.2659	0.8462	-0.3828	-0.3165	0.4553	-0.1523	-0.441	0.4289	113.265	13.999	-95.848

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	G	90 - 255
2	X-RAY DIFFRACTION	2	J	90 - 255
3	X-RAY DIFFRACTION	3	G	475 - 492
4	X-RAY DIFFRACTION	4	J	475 - 492
5	X-RAY DIFFRACTION	5	G	256 - 474
6	X-RAY DIFFRACTION	6	J	256 - 474
7	X-RAY DIFFRACTION	7	H	1 - 113
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	114 - 215
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	1 - 113
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	114 - 215
11	X-RAY DIFFRACTION	11	L	1 - 109
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	110 - 214
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	1 - 109
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	110 - 214

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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