PDB-3hax: Crystal structure of a substrate-bound Gar1-minus H/ACA RNP from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hax

タイトル

Crystal structure of a substrate-bound Gar1-minus H/ACA RNP from Pyrococcus furiosus

要素

5'-R(*AP*UP*AP*AP*UP*UP*(FHU)P*GP*AP*CP*UP*CP*AP*A)-3'
50S ribosomal protein L7Aeリボソーム
H/ACA RNA
Probable tRNA pseudouridine synthase B
Ribosome biogenesis protein Nop10リボソーム生合成

キーワード

ISOMERASE/BIOSYNTHETIC PROTEIN/RNA / H/ACA /

guide RNA / RNA-protein complex / pseudouridine synthase /

Isomerase (異性化酵素) / tRNA processing /

Ribonucleoprotein (核タンパク質) /

Ribosome biogenesis (リボソーム生合成) / rRNA processing /

Ribosomal protein / RNA-binding / ISOMERASE-BIOSYNTHETIC PROTEIN-RNA COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA pseudouridine55 synthase / rRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA sno(s)RNA 3'-end processing / snRNA pseudouridine synthesis / tRNA pseudouridine synthase activity / tRNA pseudouridine synthesis / mRNA pseudouridine synthesis / positive regulation of telomerase RNA localization to Cajal body /

ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.11 Å

データ登録者

Ye, K.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2009
タイトル: Structural mechanism of substrate RNA recruitment in H/ACA RNA-guided pseudouridine synthase.
著者: Duan, J. / Li, L. / Lu, J. / Wang, W. / Ye, K.

履歴

登録	2009年5月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年6月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2021年11月10日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hax.cif.gz	168.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hax.ent.gz	125.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hax.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/3hax ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/3hax	HTTPS FTP

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登録構造単位

A: Probable tRNA pseudouridine synthase B

C: Ribosome biogenesis protein Nop10

D: 50S ribosomal protein L7Ae

E: H/ACA RNA

F: 5'-R(*AP*UP*AP*AP*UP*UP*(FHU)P*GP*AP*CP*UP*CP*AP*A)-3'

ヘテロ分子

86.6 kDa, 5 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	187.809, 63.696, 83.848
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

-
タンパク質 , 3種, 3分子 ACD

#1: タンパク質	Probable tRNA pseudouridine synthase B / Cbf5 / tRNA pseudouridine 55 synthase / Psi55 synthase / tRNA-uridine isomerase / tRNA ...Cbf5 / tRNA pseudouridine 55 synthase / Psi55 synthase / tRNA-uridine isomerase / tRNA pseudouridylate synthase 分子量: 39453.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス) 遺伝子: truB, PF1785 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q7LWY0, 異性化酵素; 分子内転位酵素; ムターゼ; その他の基を移すもの
#2: タンパク質	Ribosome biogenesis protein Nop10 / リボソーム生合成分子量: 7214.603 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス) 遺伝子: PF1141 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U1R4
#3: タンパク質	50S ribosomal protein L7Ae / リボソーム分子量: 14314.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス) 遺伝子: rpl7ae, PF1367 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U160

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 EF

#4: RNA鎖	H/ACA RNA 分子量: 20386.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA WAS PREPARED BY IN VITRO TRANSCRIPTION
#5: RNA鎖	5'-R(APUPAPAPUPUP(FHU)PGPAPCPUPCPAPA)-3' 分子量: 4452.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
非ポリマー , 6種, 394分子

#6: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#7: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#8: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#9: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#10: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#11: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 383 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.9 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.2M ammonium acetate, 0.15M magnesium acetate, 4% PEG 8000, 50mM cacodylate sodium, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器	日付: 2008年5月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.09→50 Å / Num. obs: 57734 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 13.7
反射シェル	解像度: 2.09→2.16 Å / R_merge(I) obs: 0.515 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2HVY

2hvy

解像度: 2.11→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 7.968 / SU ML: 0.11 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22034	2944	5.1 %	RANDOM
R_work	0.203	-	-	-
obs	0.20389	54667	98.19 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.912 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.23 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.33 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.11→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3990	1540	47	383	5960

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	5856
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.959	2.324	8245
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.773	5	500
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.896	23.473	167
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.541	15	768
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.347	15	31
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.055	0.2	976
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	3742
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.156	0.2	2386
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.285	0.2	3823
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.097	0.2	464
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.114	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.11	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.187	1.5	2614
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.318	2	4074
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.452	3	4169
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.753	4.5	4165
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.11→2.164 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.252	173	-
R_work	0.233	3155	-
obs	-	-	79.26 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2057	-0.3833	0.6888	2.3319	0.519	5.808	0.2116	0.4007	0.0877	-0.5978	-0.1628	-0.3811	0.2996	0.3752	-0.0488	0.2406	0.0893	0.0387	0.1045	0.0988	0.217	30.486	31.336	6.364
2	1.3886	-0.2553	-0.1133	1.6715	0.0346	0.9276	-0.0577	-0.0474	0.0526	0.0851	-0.0238	0.0887	0.0015	-0.0582	0.0816	-0.0735	0.0283	0.0061	-0.1065	0.003	-0.1636	34.716	10.658	21.031
3	4.4741	-1.7463	-2.3911	2.0791	1.9356	4.2041	-0.0743	0.482	-0.4328	-0.3249	-0.1114	0.1437	0.1041	-0.2726	0.1858	0.1425	-0.047	-0.0403	-0.035	-0.0793	0.0036	33.3	-7.404	1.754
4	0.6997	0.2961	0.2464	1.739	1.4773	2.057	-0.0493	0.0935	-0.109	-0.2008	0.0085	0.0115	0.0012	-0.0379	0.0407	-0.0113	0.0062	0.0104	-0.081	0.0057	-0.1299	38.664	2.22	10.396
5	2.2905	-1.0003	0.9928	1.2266	-0.6061	1.8439	0.1132	0.362	0.1841	-0.1525	-0.1225	0.0051	0.0466	0.0594	0.0093	-0.0047	0.044	0.0159	-0.0486	0.0348	-0.063	27.744	27.713	13.179
6	3.0754	-0.5308	0.2736	2.882	-0.5283	4.1364	0.0051	0.3901	0.3195	-0.3229	-0.0685	0.3198	-0.1629	-0.2628	0.0634	0.0246	0.0517	-0.0283	0.0205	0.0514	0.0676	16.972	31.402	10.434
7	12.8417	10.7483	-7.4199	24.2567	-13.4471	15.2578	0.1207	-0.3617	0.1936	-0.0411	-0.2518	-0.0552	-0.078	0.6263	0.1311	-0.0184	0.0449	0.0401	-0.0461	-0.046	-0.1752	52.58	3.599	9.617
8	12.5443	0.6552	-6.2498	9.0091	-2.0341	10.0433	0.0543	-0.2798	-0.1502	-0.2388	-0.1372	-0.7449	-0.0656	0.7827	0.0829	-0.0474	0.0002	0.0261	-0.0352	-0.0279	-0.0801	56.609	3.153	7.625
9	3.9803	0.8042	1.87	2.5863	0.8692	3.3341	-0.082	-0.3687	-0.1672	0.1799	0.1109	0.0508	0.2058	-0.0861	-0.0288	-0.0227	0.0626	0.0092	-0.1234	0.0313	-0.1214	49.304	6.57	31.78
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22	7.7698	0.8704	-5.1855	8.3077	4.3252	11.6322	-0.3209	0.0745	-0.1294	1.1674	-0.1096	1.3994	1.1608	-0.7032	0.4305	0.0888	0.0253	0.1143	0.0485	-0.0718	0.2763	13.1	3.938	20.548
23	7.9862	-2.5121	3.9516	5.7541	-7.4403	9.6923	0.0511	-0.0574	-0.2905	-0.5282	-0.2837	-0.39	0.7673	0.0707	0.2326	0.008	0.0212	-0.0005	-0.0936	-0.0355	-0.0329	28.723	-1.226	18.806
24	8.7845	1.599	-9.1789	20.0954	-5.9763	23.1043	-0.763	-0.38	-0.1309	0.9282	0.2682	1.7561	1.556	-1.4805	0.4948	0.1005	-0.1104	0.0614	0.3999	0.148	0.4896	17.238	-9.371	34.253

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	11 - 40
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	41 - 120
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	121 - 150
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	151 - 230
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	231 - 304
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	305 - 339
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	3 - 13
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	14 - 30
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	31 - 45
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	46 - 55
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	4 - 31
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	32 - 63
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	64 - 108
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	109 - 124
15	X-RAY DIFFRACTION	15	E	1 - 6
16	X-RAY DIFFRACTION	16	E	7 - 10
17	X-RAY DIFFRACTION	17	E	11 - 15
18	X-RAY DIFFRACTION	18	E	16 - 26
19	X-RAY DIFFRACTION	19	E	28 - 31
20	X-RAY DIFFRACTION	20	E	32 - 45
21	X-RAY DIFFRACTION	21	E	46 - 61
22	X-RAY DIFFRACTION	22	F	1 - 5
23	X-RAY DIFFRACTION	23	F	6 - 9
24	X-RAY DIFFRACTION	24	F	10 - 14

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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