+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3h4p | ||||||
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Title | Proteasome 20S core particle from Methanocaldococcus jannaschii | ||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE / 20S / Proteasome / core particle / Protease / Threonine protease | ||||||
Function / homology | Function and homology information proteasome core complex / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / proteasomal protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Methanocaldococcus jannaschii (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 4.1 Å | ||||||
Authors | Jeffrey, P.D. / Zhang, F. / Hu, M. / Tian, G. / Zhang, P. / Finley, D. / Shi, Y. | ||||||
Citation | Journal: Mol.Cell / Year: 2009 Title: Structural Insights into the Regulatory Particle of the Proteasome from Methanocaldococcus jannaschii. Authors: Zhang, F. / Hu, M. / Tian, G. / Zhang, P. / Finley, D. / Jeffrey, P.D. / Shi, Y. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3h4p.cif.gz | 2.3 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3h4p.ent.gz | 1.9 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3h4p.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/3h4p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/3h4p | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 29647.076 Da / Num. of mol.: 14 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Methanocaldococcus jannaschii (archaea) Gene: psmA, MJ0591 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q60177, proteasome endopeptidase complex #2: Protein | Mass: 23787.709 Da / Num. of mol.: 14 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Methanocaldococcus jannaschii (archaea) Gene: psmB, MJ1237 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q58634, proteasome endopeptidase complex |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.26 Å3/Da / Density % sol: 45.58 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.8 Details: 0.1 M Tris, pH 6.8, 0.2 M KCl and 33-36% MPD (v/v), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X29A / Wavelength: 1.08 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Apr 1, 2008 |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.08 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 4.1→50 Å / Num. all: 54076 / Num. obs: 54076 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.8 % / Rsym value: 0.126 / Net I/σ(I): 9.5 |
Reflection shell | Resolution: 4.1→4.25 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Rsym value: 0.488 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 4.1→49.975 Å / SU ML: 0.71 / σ(F): 1.34 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 149.766 Å2 / ksol: 0.328 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 4.1→49.975 Å
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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