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万見
- PDB-3gx3: Crystal structure of the T. tengcongensis SAM-I riboswitch varian... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gx3
タイトルCrystal structure of the T. tengcongensis SAM-I riboswitch variant U34C/A94G bound with SAH
要素RNA (94-MER)
キーワードRNA (リボ核酸) / kink-turn / four-way junction / pseudoknot (シュードノット) / riboswitch (リボスイッチ)
機能・相同性: / S-アデノシル-L-ホモシステイン / リボ核酸 / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Montange, R.K. / Batey, R.T.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Discrimination between Closely Related Cellular Metabolites by the SAM-I Riboswitch.
著者: Montange, R.K. / Mondragon, E. / van Tyne, D. / Garst, A.D. / Ceres, P. / Batey, R.T.
履歴
登録2009年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (94-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,21112
ポリマ－30,5681
非ポリマー64211
水21612
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.427, 62.427, 158.221
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: RNA鎖 RNA (94-MER)


分子量: 30568.338 Da / 分子数: 1 / 変異: U34C, A94G / 由来タイプ: 合成
詳細: the sequence is based on a naturally occurring sequence found in T. tengcongensis
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン / S-アデノシル-L-ホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.22 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20 mM magnesium chloride, 80 mM potassium chloride, 12 mM spermine, 10% MPD, 40 mM cacodylate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1magnesium chloride11
2potassium chloride11
3spermineスペルミン11
4MPD11
5cacodylateカコジル酸11
6magnesium chloride12
7potassium chloride12
8spermineスペルミン12
9MPD12
10cacodylateカコジル酸12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年1月19日 / 詳細: osmic mirror
放射モノクロメーター: Ni filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 8993 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.74 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 7.06 % / Rmerge(I) obs: 0.369 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine)精密化
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2GIS

2gis


解像度: 2.7→19.741 Å / SU ML: 0.54 / σ(F): 2.2 / 位相誤差: 33.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2907 897 9.99 %
Rwork0.2311 --
obs0.237 8977 98.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 23.38 Å2 / ksol: 0.245 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 54.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→19.741 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2030 36 12 2078
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082304
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.63592
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d30.0651323
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.232475
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00896
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.86880.45531440.42171298X-RAY DIFFRACTION98
2.8688-3.08960.34881450.34781309X-RAY DIFFRACTION98
3.0896-3.39910.33261470.23261330X-RAY DIFFRACTION98
3.3991-3.88770.32031490.22211337X-RAY DIFFRACTION99
3.8877-4.88570.27851510.19771363X-RAY DIFFRACTION99
4.8857-19.74170.22021610.18411443X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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