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Yorodumi- PDB-3gri: The Crystal Structure of a Dihydroorotase from Staphylococcus aureus -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3gri | ||||||
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Title | The Crystal Structure of a Dihydroorotase from Staphylococcus aureus | ||||||
Components | Dihydroorotase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / IDP00795 / Metal-binding / Pyrimidine biosynthesis / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
Function / homology | Function and homology information dihydroorotase / dihydroorotase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / zinc ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Staphylococcus aureus subsp. aureus MW2 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Brunzelle, J.S. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: The Crystal Structure of a Dihydroorotase from Staphylococcus aureus Authors: Brunzelle, J.S. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3gri.cif.gz | 177.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3gri.ent.gz | 150.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3gri.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/3gri ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/3gri | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 46849.617 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus subsp. aureus MW2 (bacteria) Strain: aureus COL / Gene: MW1084, pyrC, pyrC SACOL1213 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Bl21 De3 / References: UniProt: P65907, dihydroorotase #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-CA / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 48.78 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion Details: 2M Ammonium Sulphate, 5% Iso-propanol, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-D / Wavelength: 0.97923 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Feb 14, 2009 / Details: Mirrors |
Radiation | Monochromator: Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97923 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.85→30 Å / Num. obs: 54638 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.083 |
Reflection shell | Resolution: 1.85→1.88 Å / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.652 / % possible all: 94.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 9.514 / SU ML: 0.137 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.197 / ESU R Free: 0.173 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: TLS Refinement
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 26.698 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→30 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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