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- PDB-3gpk: Crystal Structure of PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomeras... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gpk
タイトルCrystal Structure of PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain at 1.55A resolution.
要素PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE (プロリルイソメラーゼ) / ROTAMASE / PPIase domain (プロリルイソメラーゼ) / NYSGXRC / 11189O3 / PSI2. / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / Chaperone
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / ペリプラズム
類似検索 - 分子機能
SurA N-terminal / SurA N-terminal domain / Trigger factor/SurA domain superfamily / PPIC-type PPIASE domain / PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase family profile. / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, PpiC-type / Chitinase A; domain 3 - #40 / Chitinase A; domain 3 / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Parvulin-like PPIase
類似検索 - 構成要素
生物種Novosphingobium aromaticivorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Satyanarayana, L. / Eswaramoorthy, S. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain at 1.55A resolution.
著者: Satyanarayana, L. / Eswaramoorthy, S. / Burley, S.K. / Swaminathan, S.
履歴
登録2009年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_conn / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
B: PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7014
ポリマ－24,5092
非ポリマー1922
水4,270237
1
A: PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4473
ポリマ－12,2541
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2541
ポリマ－12,2541
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.020, 61.407, 41.074
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.27, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase


分子量: 12254.417 Da / 分子数: 2
断片: PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain
由来タイプ: 組換発現 / 詳細: TOP10-INVITROGEN
由来: (組換発現) Novosphingobium aromaticivorans (バクテリア)
株: DSM 12444 / 遺伝子: Saro_0888 / プラスミド: pSGX3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) Codon+RIL / 参照: UniProt: Q2G9Z0, プロリルイソメラーゼ
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.27 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: pH 7.5 HEPES BUFFER AND 2M AMMONIUM SULPHATE, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM Q315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月11日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 28915 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 17.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 1.55→1.65 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.298 / Mean I/σ(I) obs: 17.6 / Num. unique all: 1063 / Rsym value: 0.298 / % possible all: 74.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
SHELXCD位相決定
SHARP位相決定
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.55→40 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 1061 -RANDOM
Rwork0.201 ---
all0.213 28915 --
obs0.201 28915 94.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 17.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.52 Å20 Å2-2.62 Å2
2---2.74 Å20 Å2
3---1.22 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.27 Å0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1651 0 10 237 1898
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.053
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d2.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.93
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.65 Å / Rfactor Rfree error: 0.034
Rfactor反射数%反射
Rfree0.41 149 -
Rwork0.367 --
obs-3443 74.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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