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- PDB-3gnw: HCV NS5B polymerase in complex with 1,5 benzodiazepine inhibitor 4c -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gnw
タイトルHCV NS5B polymerase in complex with 1,5 benzodiazepine inhibitor 4c
要素RNA-directed RNA polymeraseRNA依存性RNAポリメラーゼ
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / 1 / 5-Benzodiazepines / Hepatitis C Virus (C型肝炎ウイルス) / NS5b / Polymerase (ポリメラーゼ) / Sulfone / Apoptosis (アポトーシス) / ATP-binding / Capsid protein (カプシド) / Cell membrane (細胞膜) / Endoplasmic reticulum (小胞体) / Envelope protein (エンベロープ (ウイルス)) / Fusion protein (融合タンパク質) / Glycoprotein (糖タンパク質) / Helicase (ヘリカーゼ) / Host-virus interaction / Hydrolase (加水分解酵素) / Interferon antiviral system evasion / Lipid droplet / Lipoprotein (リポタンパク質) / Membrane (生体膜) / Metal-binding / Mitochondrion (ミトコンドリア) / Multifunctional enzyme / Nucleotide-binding / Nucleotidyltransferase / Nucleus (Nucleus) / Oncogene (がん遺伝子) / Palmitate (パルミチン酸) / Phosphoprotein / Protease (プロテアーゼ) / Ribonucleoprotein (核タンパク質) / RNA replication (RNA依存性RNAポリメラーゼ) / RNA-binding / RNA-directed RNA polymerase (RNA依存性RNAポリメラーゼ) / Secreted (分泌) / Serine protease (セリンプロテアーゼ) / SH3-binding / Thiol protease (システインプロテアーゼ) / Transcription (転写 (生物学)) / Transcription regulation / Transmembrane (膜貫通型タンパク質) / Viral nucleoprotein / Virion (ウイルス)
機能・相同性
機能・相同性情報


hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / SH3 domain binding / nucleoside-triphosphate phosphatase ...hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / SH3 domain binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / molecular adaptor activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ヘリカーゼ / ribonucleoprotein complex / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / virus-mediated perturbation of host defense response / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / 生体膜
類似検索 - 分子機能
: / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal ...: / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus capsid protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS2 / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein, domain 1a / Hepatitis C virus non-structural 5a, 1B domain / NS5A domain 1a superfamily / Hepatitis C virus non-structural 5a protein membrane anchor / Hepatitis C virus non-structural 5a zinc finger domain / Hepatitis C virus non-structural 5a domain 1b / Hepacivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / RNA dependent RNA polymerase, hepatitis C virus / Viral RNA dependent RNA polymerase / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepatitis C virus NS3 protease / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-XNC / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis C virus isolate (C型肝炎ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Nyanguile, O. / De Bondt, H.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structure-based design of a benzodiazepine scaffold yields a potent allosteric inhibitor of hepatitis C NS5B RNA polymerase.
著者: Vandyck, K. / Cummings, M.D. / Nyanguile, O. / Boutton, C.W. / Vendeville, S. / McGowan, D. / Devogelaere, B. / Amssoms, K. / Last, S. / Rombauts, K. / Tahri, A. / Lory, P. / Hu, L. / ...著者: Vandyck, K. / Cummings, M.D. / Nyanguile, O. / Boutton, C.W. / Vendeville, S. / McGowan, D. / Devogelaere, B. / Amssoms, K. / Last, S. / Rombauts, K. / Tahri, A. / Lory, P. / Hu, L. / Beauchamp, D.A. / Simmen, K. / Raboisson, P.
履歴
登録2009年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-directed RNA polymerase
B: RNA-directed RNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,9687
ポリマ－129,6352
非ポリマー1,3345
水8,971498
1
A: RNA-directed RNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,5024
ポリマ－64,8171
非ポリマー6853
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: RNA-directed RNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,4663
ポリマ－64,8171
非ポリマー6492
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.534, 107.573, 133.657
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 RNA-directed RNA polymerase / RNA依存性RNAポリメラーゼ / HCV NS5B RNA POLYMERASE / NS5B / p68


分子量: 64817.262 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2420-2989 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hepatitis C virus isolate (C型肝炎ウイルス)
株: HC-J4 / 遺伝子: NS5B / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O92972, RNA依存性RNAポリメラーゼ
#2: 化合物 ChemComp-XNC / (11S)-11-[4-(benzyloxy)-2-fluorophenyl]-3,3-dimethyl-10-[(6-methylpyridin-2-yl)carbonyl]-2,3,4,5,10,11-hexahydrothiopyrano[3,2-b][1,5]benzodiazepin-6-ol 1,1-dioxide


分子量: 613.698 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FN3O5S
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 498 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.75
詳細: 5-8% PEG 6000, 100mM Mg-Salts, pH 6.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9199 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9199 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→75.59 Å / Num. all: 61475 / Num. obs: 61475 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.158
反射 シェル解像度: 2.39→2.46 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.607 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
REFMAC5.2.0005精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化開始モデル: PDB ENTRY 3CSO

3cso


解像度: 2.39→75.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 12.405 / SU ML: 0.155 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.279 / ESU R Free: 0.214 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21708 3028 5 %RANDOM
Rwork0.16662 ---
all0.16916 57548 --
obs0.16916 57548 98.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.694 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.82 Å20 Å20 Å2
2---1.4 Å20 Å2
3----0.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.39→75.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8791 0 91 498 9380
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0229087
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.028301
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.41.97812348
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.816319270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.14551126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.53822.466369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.209151535
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3791581
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.21389
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0210016
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021879
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.21950
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1830.28456
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1770.24455
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.25392
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1460.2496
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2520.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2370.285
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2290.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.21427278
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.19122261
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.50839115
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.26744057
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.27763233
LS精密化 シェル解像度: 2.39→2.452 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 220 -
Rwork0.211 4184 -
obs--98.04 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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