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- PDB-3gmj: Crystal structure of MAD MH2 domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gmj
タイトルCrystal structure of MAD MH2 domain
要素Protein mothers against dpp
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / MH2 / SMAD / MAD / Cytoplasm (細胞質) / Developmental protein (ヒトの発達) / Nucleus (Nucleus) / Phosphoprotein / Transcription regulation / Ubl conjugation
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by BMP / RUNX2 regulates bone development / imaginal disc morphogenesis / R8 cell fate specification / histoblast morphogenesis / negative regulation of salivary gland boundary specification / imaginal disc-derived wing vein morphogenesis / trunk segmentation / imaginal disc-derived leg morphogenesis / germ-line stem cell division ...Signaling by BMP / RUNX2 regulates bone development / imaginal disc morphogenesis / R8 cell fate specification / histoblast morphogenesis / negative regulation of salivary gland boundary specification / imaginal disc-derived wing vein morphogenesis / trunk segmentation / imaginal disc-derived leg morphogenesis / germ-line stem cell division / compound eye morphogenesis / positive regulation of neuromuscular junction development / follicle cell of egg chamber development / wing disc anterior/posterior pattern formation / positive regulation of synaptic assembly at neuromuscular junction / Ub-specific processing proteases / intestinal stem cell homeostasis / RNA polymerase II transcription repressor complex / ventral cord development / co-SMAD binding / heteromeric SMAD protein complex / imaginal disc-derived wing morphogenesis / germ-line stem cell population maintenance / SMAD protein signal transduction / I-SMAD binding / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / regulation of cell differentiation / somatic stem cell population maintenance / anatomical structure morphogenesis / BMP signaling pathway / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / heart development / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / transcription coactivator activity / 細胞分化 / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Tumour Suppressor Smad4 - #10 / MAD homology, MH1 / Smad / SMAD MH1 domain superfamily / MAD homology domain 1 (MH1) profile. / SMAD domain, Dwarfin-type / MH2 domain / MAD homology domain 2 (MH2) profile. / Domain B in dwarfin family proteins / MAD homology 1, Dwarfin-type ...Tumour Suppressor Smad4 - #10 / MAD homology, MH1 / Smad / SMAD MH1 domain superfamily / MAD homology domain 1 (MH1) profile. / SMAD domain, Dwarfin-type / MH2 domain / MAD homology domain 2 (MH2) profile. / Domain B in dwarfin family proteins / MAD homology 1, Dwarfin-type / MH1 domain / Domain A in dwarfin family proteins / SMAD-like domain superfamily / Tumour Suppressor Smad4 / SMAD/FHA domain superfamily / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein mothers against dpp
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Wu, J.W. / Wang, C.
引用ジャーナル: SCI.CHINA, SER.C: LIFE SCI. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of the MH2 domain of Drosophila Mad
著者: Wang, C. / Chen, L. / Wang, L. / Wu, J.W.
履歴
登録2009年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Protein mothers against dpp
B: Protein mothers against dpp
A: Protein mothers against dpp
C: Protein mothers against dpp


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,2604
ポリマ－108,2604
非ポリマー00
水43224
1
D: Protein mothers against dpp

D: Protein mothers against dpp

D: Protein mothers against dpp


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,1953
ポリマ－81,1953
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area6970 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area24430 Å2
手法PISA
2
B: Protein mothers against dpp
A: Protein mothers against dpp
C: Protein mothers against dpp


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,1953
ポリマ－81,1953
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6280 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area24130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.261, 137.261, 194.430
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質
Protein mothers against dpp


分子量: 27065.055 Da / 分子数: 4 / 断片: MH2 domain, residues 215-455 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Mad / プラスミド: pPGH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42003
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THIS CONFLICT HAS BEEN GENERATED IN CLONING PROCESS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.22 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 15%(v/v) Methanol, 0.3M Na Malonate, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年9月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: k,h,-l / Fraction: 0.849
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 33568 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→22.328 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.28 / FOM work R set: 0.832 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 24.58 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 1702 5.07 %random
Rwork0.179 ---
obs0.181 33566 99.92 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 67.7 Å2 / ksol: 0.342 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 149.46 Å2 / Biso mean: 77.239 Å2 / Biso min: 29.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.73 Å2-0 Å20 Å2
2---9.73 Å2-0 Å2
3---5.723 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→22.328 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6224 0 0 24 6248
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086388
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.098689
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071934
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041139
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.2742240
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17 / % reflection obs: 98 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.8-2.8570.3341040.28218731977
2.857-2.9190.2951000.27618861986
2.919-2.9870.286900.26818771967
2.987-3.0610.312890.25818731962
3.061-3.1440.288870.23818751962
3.144-3.2360.254990.23219012000
3.236-3.340.2641130.23318421955
3.34-3.4590.2151060.20518921998
3.459-3.5970.2381120.19818581970
3.597-3.760.2171130.18418461959
3.76-3.9570.2231010.16618971998
3.957-4.2030.2041040.15618521956
4.203-4.5250.177970.14218691966
4.525-4.9760.168970.13918971994
4.976-5.6860.199990.15418951994
5.686-7.1250.2471010.18518561957
7.125-22.3280.169890.13318761965

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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