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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3gl3 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a putative Thiol:disulfide interchange protein DsbE from Chlorobium tepidum | ||||||
要素 | Putative Thiol:disulfide interchange protein DsbE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / PSI-II / 11210h / Thiol:disulfide interchange protein DsbE / putative / Chlorobium tepidum / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC / New York Structural GenomiX Research Consortium | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Chlorobium tepidum TLS (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.09 Å | ||||||
データ登録者 | Damodharan, L. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of a putative Thiol:disulfide interchange protein DsbE from Chlorobium tepidum 著者: Damodharan, L. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3gl3.cif.gz | 116.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3gl3.ent.gz | 97.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3gl3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gl/3gl3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gl/3gl3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16980.709 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 30-170 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Chlorobium tepidum TLS (バクテリア) 株: TLS / DSM 12025 / 遺伝子: CT1072 / プラスミド: pSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8KDH8 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.15 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.4M Sodium malonate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月27日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si(111) CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.09→39.07 Å / Num. all: 29179 / Num. obs: 29179 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 32.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 9.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.09→2.22 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.23 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 5321 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.09→39.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 115348.82 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.072 Å2 / ksol: 0.389351 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.09→39.07 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.09→2.22 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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