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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3gk4 | ||||||
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Title | X-ray structure of bovine SBi523,Ca(2+)-S100B | ||||||
![]() | Protein S100-B | ||||||
![]() | METAL BINDING PROTEIN / ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / TRAF6 mediated NF-kB activation / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Charpentier, T.H. / Weber, D.J. / Toth, E.A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Small molecules bound to unique sites in the target protein binding cleft of calcium-bound S100B as characterized by nuclear magnetic resonance and X-ray crystallography. Authors: Charpentier, T.H. / Wilder, P.T. / Liriano, M.A. / Varney, K.M. / Zhong, S. / Coop, A. / Pozharski, E. / MacKerell, A.D. / Toth, E.A. / Weber, D.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 35 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 22.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3gk1C ![]() 3gk2C ![]() 1mhoS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 10681.974 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-53A / | #4: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.14 Å3/Da / Density % sol: 42.48 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 Details: 35% PEGMME550, 7.5mM CaCl2, 100mM Bis-Tris buffer, 2.5% Glycerol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 3, 2008 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. obs: 7056 / % possible obs: 93.6 % / Redundancy: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.037 / Χ2: 1.058 / Net I/σ(I): 44.176 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing![]() | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: PDB ENTRY 1MHO Resolution: 1.9→44.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / WRfactor Rfree: 0.262 / WRfactor Rwork: 0.24 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.818 / SU B: 8.279 / SU ML: 0.126 / SU R Cruickshank DPI: 0.214 / SU Rfree: 0.172 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.196 / ESU R Free: 0.155 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 77.5 Å2 / Biso mean: 47.206 Å2 / Biso min: 37.49 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→44.77 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.901→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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