+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3ggy | ||||||
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Title | Crystal Structure of S.cerevisiae Ist1 N-terminal domain | ||||||
Components | Increased sodium tolerance protein 1 | ||||||
Keywords | PROTEIN TRANSPORT / ENDOCYTOSIS / ESCRT-III like / Phosphoprotein | ||||||
Function / homology | Function and homology information Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / late endosome to vacuole transport via multivesicular body sorting pathway / Neutrophil degranulation / protein localization / protein transport / endosome / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 1.7 Å | ||||||
Authors | Xiao, J. / Xu, Z. | ||||||
Citation | Journal: MOLECULAR BIOLOGY OF THE CELL / Year: 2009 Title: Structural basis of Ist1 function and Ist1-Did2 interaction in the multivesicular body pathway and cytokinesis. Authors: Xiao, J. / Chen, X.W. / Davies, B.A. / Saltiel, A.R. / Katzmann, D.J. / Xu, Z. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3ggy.cif.gz | 95.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3ggy.ent.gz | 72.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3ggy.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gg/3ggy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gg/3ggy | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 22380.164 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: N-terminal domain, UNP residues 1-193 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) Gene: IST1, N0809, YNL265C / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P53843 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.25 Å3/Da / Density % sol: 45.33 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion Details: PEG 3000, NaAc, MgCl2, Glycine, vapor diffusion, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-D / Wavelength: 0.9793 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Detector: CCD / Date: Apr 1, 2008 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 6.3 % / Av σ(I) over netI: 30.26 / Number: 121168 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Χ2: 1.09 / D res high: 2.85 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 19282 / % possible obs: 96.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 1.7→50 Å / Num. obs: 43548 / % possible obs: 98.9 % / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Χ2: 1.014 / Net I/σ(I): 30.261 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 1.7→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.822 / σ(F): 0
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Solvent computation | Bsol: 49.512 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 58.64 Å2 / Biso mean: 23.471 Å2 / Biso min: 5.96 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→50 Å
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Refine LS restraints |
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Xplor file |
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