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- PDB-3geb: Crystal Structure of edeya2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3geb
タイトルCrystal Structure of edeya2
要素Eyes absent homolog 2
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Activator / Alternative splicing (選択的スプライシング) / Cytoplasm (細胞質) / Developmental protein (ヒトの発達) / Magnesium (マグネシウム) / Nucleus (Nucleus) / Polymorphism / Protein phosphatase (プロテインホスファターゼ) / Transcription (転写 (生物学)) / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H2AXY142 phosphatase activity / mesodermal cell fate specification / striated muscle tissue development / mitochondrial outer membrane permeabilization / anatomical structure development / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of DNA repair / プロテインチロシンホスファターゼ / protein tyrosine phosphatase activity ...histone H2AXY142 phosphatase activity / mesodermal cell fate specification / striated muscle tissue development / mitochondrial outer membrane permeabilization / anatomical structure development / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of DNA repair / プロテインチロシンホスファターゼ / protein tyrosine phosphatase activity / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / 細胞分化 / DNA修復 / magnesium ion binding / ミトコンドリア / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #12350 / EYA domain / Eyes absent family / EYA domain superfamily / EYA domain, metazoan / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD-like superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Eyes absent homolog 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Kim, S.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of edeya2
著者: Kim, S.J. / Jeong, D.G. / Jung, S.K. / Seong, E.R.
履歴
登録2009年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Eyes absent homolog 2
B: Eyes absent homolog 2
C: Eyes absent homolog 2
D: Eyes absent homolog 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,3158
ポリマ－124,2174
非ポリマー974
水1,47782
1
A: Eyes absent homolog 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0792
ポリマ－31,0541
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Eyes absent homolog 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0792
ポリマ－31,0541
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Eyes absent homolog 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0792
ポリマ－31,0541
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Eyes absent homolog 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0792
ポリマ－31,0541
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)183.612, 183.612, 120.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質
Eyes absent homolog 2 /


分子量: 31054.330 Da / 分子数: 4 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O00167, プロテインチロシンホスファターゼ
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.82 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: Sodium chloride, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月15日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11h,k,l10.65
11h,-k,-l20.35
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 77791 / Num. obs: 76896 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.327 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 11332 / Rsym value: 0.293 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
SOLVE位相決定
CNS0.9精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→50 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The crystal form is twinned by the operator h,-k,-l, twinning fraction 0.35
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 3894 -random
Rwork0.171 ---
all0.175 76896 --
obs0.176 76896 98.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 41.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8269 0 4 82 8355

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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