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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3gby | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a protein with unknown function CT1051 from Chlorobium tepidum | ||||||
![]() | Uncharacterized protein CT1051 | ||||||
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機能・相同性 | CBS-domain / CBS-domain / ![]() ![]() ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fan, Y. / Chang, C. / Sather, A. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a protein with unknown function CT1051 from Chlorobium tepidum 著者: Fan, Y. / Chang, C. / Sather, A. / Clancy, S. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 115.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 96.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13959.722 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2-126 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: TLS / DSM 12025 / 遺伝子: CT1051 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ![]() #3: 化合物 | ![]() #4: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.7 % |
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結晶化![]() | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2M Lithium sulfate, 0.1M HEPES, 25% w/v PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM Q315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月6日 |
放射 | モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.66→50 Å / Num. all: 27829 / Num. obs: 27379 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 25.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 43.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.66→1.67 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.826 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 425 / % possible all: 59.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.659 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.66→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.66→1.71 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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