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- PDB-3gaq: Female-specific Histamine-Binding Protein, D24R Mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gaq
タイトルFemale-specific Histamine-Binding Protein, D24R Mutant
要素Female-specific histamine-binding protein 2
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Lipocalin / Beta barrel (Βバレル)
機能・相同性
機能・相同性情報


amine binding / symbiont-mediated perturbation of host defenses / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Tick histamine-binding protein / Tick histamine binding protein / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Female-specific histamine-binding protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Rhipicephalus appendiculatus (ダニ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Dennis, C.A. / Homans, S.W.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Entropic contributions to binding in a 'Hydrophilic' Ligand-Protein Interaction
著者: Syme, N.R. / Dennis, C.A. / Bronowska, A. / Paesen, G. / Homans, S.W.
履歴
登録2009年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Female-specific histamine-binding protein 2
B: Female-specific histamine-binding protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1942
ポリマ－39,1942
非ポリマー00
水3,621201
1
A: Female-specific histamine-binding protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5971
ポリマ－19,5971
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Female-specific histamine-binding protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5971
ポリマ－19,5971
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.963, 56.610, 63.801
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.08, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Female-specific histamine-binding protein 2 / FS-HBP2


分子量: 19597.230 Da / 分子数: 2 / 変異: D24R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhipicephalus appendiculatus (ダニ)
プラスミド: pET23a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: O77421
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.82 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Protein at 10 mg/ml mixed in a 1:1 ratio with reservoir containing: 2.6 M Ammonium Sulphate, 0.1 M Bicine, pH 8.2, and 10 % isopropanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年12月8日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: confocal max-flux optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→12 Å / Num. obs: 18800 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 34.75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 2.25→2.37 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 2735 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREKデータスケーリング
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5.5.0035精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
CrystalClearデータ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1QFT

1qft


解像度: 2.25→11.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 5.997 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.371 / ESU R Free: 0.268 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.286 933 5 %RANDOM
Rwork0.229 ---
obs0.232 18787 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 71.03 Å2 / Biso mean: 46.094 Å2 / Biso min: 28.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.67 Å20 Å20.81 Å2
2---0.52 Å20 Å2
3---0.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→11.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2762 0 0 201 2963
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0222834
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021798
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2791.9113862
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.783.0044364
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9935346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.73625.952168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.77815436
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.1371510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2402
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023286
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.02588
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.09421716
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1892696
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.84332758
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.89221118
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.38331102
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.306 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 75 -
Rwork0.28 1258 -
all-1333 -
obs-1258 99.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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