[日本語] English
万見
- PDB-3g79: Crystal structure of NDP-N-acetyl-D-galactosaminuronic acid dehyd... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3g79
タイトルCrystal structure of NDP-N-acetyl-D-galactosaminuronic acid dehydrogenase from Methanosarcina mazei Go1
要素NDP-N-acetyl-D-galactosaminuronic acid dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCH CONSORTIUM / NYSGXRC / NDP-N-acetyl-D-galactosaminuronic acid dehydrogenase / PSI-2 / New York SGX Research Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetyl-D-mannosamine dehydrogenase / UDP-N-acetyl-D-mannosamine dehydrogenase activity / oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors, NAD or NADP as acceptor / polysaccharide biosynthetic process / NAD binding / membrane => GO:0016020
類似検索 - 分子機能
UDP-N-acetyl-D-mannosamine/glucosamine dehydrogenase / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, N-terminal / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, dimerisation / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, C-terminal / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, C-terminal domain superfamily / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family, central domain / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family, UDP binding domain / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family, NAD binding domain / UDP binding domain ...UDP-N-acetyl-D-mannosamine/glucosamine dehydrogenase / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, N-terminal / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, dimerisation / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, C-terminal / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, C-terminal domain superfamily / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family, central domain / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family, UDP binding domain / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family, NAD binding domain / UDP binding domain / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
UDP-ManNAc 6-dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanosarcina mazei Go1 (メタノサルキナ属)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of NDP-N-acetyl-D-galactosaminuronic acid dehydrogenase from Methanosarcina mazei Go1
著者: Malashkevich, V.N. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2009年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32018年11月21日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.42021年2月10日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_ref_seq_dif
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: NDP-N-acetyl-D-galactosaminuronic acid dehydrogenase
B: NDP-N-acetyl-D-galactosaminuronic acid dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,9672
ポリマ－103,9672
非ポリマー00
水3,225179
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5520 Å2
ΔGint-48.4 kcal/mol
Surface area38490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.830, 88.723, 151.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine code: 1 / Auth seq-ID: -999 - 999 / Label seq-ID: -999 - 999

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1BB
2AA

-
要素

#1: タンパク質 NDP-N-acetyl-D-galactosaminuronic acid dehydrogenase


分子量: 51983.566 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 3-469 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanosarcina mazei Go1 (メタノサルキナ属)
株: Go1 / DSM 3647 / Goe1 / JCM 11883 / OCM 88 / 遺伝子: MM_1154 / プラスミド: BC-pSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL
参照: UniProt: Q8PXR2, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20% PEG 3000, 0.1M Citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月13日
放射プロトコル: SAD / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 86212 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.133 / Χ2: 7.709 / Net I/σ(I): 32.808
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.219 / Num. unique all: 2060 / Χ2: 2.147 / % possible all: 99.6

-
位相決定

Phasing dmFOM : 0.72 / FOM acentric: 0.73 / FOM centric: 0.62 / 反射: 21241 / Reflection acentric: 18731 / Reflection centric: 2510
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
8.6-34.440.890.920.82987705282
5.4-8.60.830.860.6729522447505
4.3-5.40.820.840.6936253170455
3.8-4.30.790.80.6935873202385
3.2-3.80.670.680.5263285743585
3-3.20.50.510.3937623464298

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
RESOLVE2.13位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→19.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / WRfactor Rfree: 0.291 / WRfactor Rwork: 0.219 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.762 / SU B: 23.706 / SU ML: 0.251 / SU R Cruickshank DPI: 0.518 / SU Rfree: 0.323 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.516 / ESU R Free: 0.324 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY. 3. The Friedel pairs were used in phasing.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.296 2038 5.1 %RANDOM
Rwork0.222 ---
obs0.225 40272 95.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 94.42 Å2 / Biso mean: 37.458 Å2 / Biso min: 9.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7242 0 0 179 7421
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0227406
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.891.97510010
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3355950
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.85924.183306
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.884151300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.9461544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.140.21120
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0215542
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1343.54710
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.753507556
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it11.746502696
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.0434.52454
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 3633 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
ATIGHT POSITIONAL0.825
BTIGHT THERMAL3.4110
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 146 -
Rwork0.29 2843 -
all-2989 -
obs--97.74 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2571-0.0443-0.16250.85960.2430.76930.01370.06890.07910.0205-0.02470.0467-0.11430.04810.01090.0242-0.0159-0.0160.03450.03620.102510.0963-5.156-2.8526
20.4720.35270.31320.54910.30660.70730.0344-0.0311-0.08280.0586-0.0667-0.00110.11690.05590.03230.02230.00770.00590.02430.01410.08799.9315-42.2439-0.7879
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B4 - 478
2X-RAY DIFFRACTION2A4 - 478

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る