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- PDB-3g6v: DNA synthesis across an abasic lesion by human DNA polymerase-iota -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3g6v
タイトルDNA synthesis across an abasic lesion by human DNA polymerase-iota
要素
  • DNA polymerase iotaPOLI
  • Primer DNA strand
  • Template DNA strand
キーワードREPLICATION/DNA / DNA Polymerase (DNAポリメラーゼ) / Y-family / Lesion Bypass / abasic site / ternary complex / DNA damage (DNA修復) / DNA repair (DNA修復) / DNA replication (DNA複製) / DNA synthesis (DNA合成) / DNA-binding / DNA-directed DNA polymerase (DNAポリメラーゼ) / Magnesium (マグネシウム) / Metal-binding / Mutator protein / Nucleotidyltransferase / Nucleus (Nucleus) / Schiff base (シッフ塩基) / Transferase (転移酵素) / REPLICATION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA修復 / error-prone translesion synthesis / Translesion synthesis by POLI / Termination of translesion DNA synthesis / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / DNA複製 / damaged DNA binding / DNAポリメラーゼ / DNA-directed DNA polymerase activity / nuclear speck ...DNA修復 / error-prone translesion synthesis / Translesion synthesis by POLI / Termination of translesion DNA synthesis / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / DNA複製 / damaged DNA binding / DNAポリメラーゼ / DNA-directed DNA polymerase activity / nuclear speck / DNA修復 / 核質 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain ...DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Dna Ligase; domain 1 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / DNA polymerase iota
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Nair, D.T. / Aggarwal, A.K.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: DNA Synthesis across an Abasic Lesion by Human DNA Polymerase iota
著者: Nair, D.T. / Johnson, R.E. / Prakash, L. / Prakash, S. / Aggarwal, A.K.
履歴
登録2009年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.name ..._software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase iota
P: Primer DNA strand
T: Template DNA strand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1956
ポリマ－52,6393
非ポリマー5563
水3,081171
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3460 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area20490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.150, 98.150, 203.315
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
詳細The asymmetric unit of the crystal structure contains one biological unit.

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA polymerase iota / POLI / RAD30 homolog B / Eta2


分子量: 47027.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLI, RAD30B / プラスミド: PBJ941 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): BJ5464 / 参照: UniProt: Q9UNA4, DNAポリメラーゼ

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DNA鎖 , 2種, 2分子 PT

#2: DNA鎖 Primer DNA strand


分子量: 2091.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Oligonucleotide synthesis
#3: DNA鎖 Template DNA strand


分子量: 3520.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Oligonucleotide synthesis

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非ポリマー , 3種, 174分子

#4: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / アデノシン三リン酸


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Crystals grew over a period of one day, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月5日 / 詳細: Si(111) double-crystal monochromator
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 30070 / Num. obs: 29220 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 37.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.428 / Mean I/σ(I) obs: 37.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
JDirectorデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2FLL

2fll


解像度: 2.2→39.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 10.481 / SU ML: 0.13 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.243 / ESU R Free: 0.204 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25146 2347 8 %RANDOM
Rwork0.21078 ---
obs0.21399 26873 96.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.674 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.16 Å20.08 Å20 Å2
2--0.16 Å20 Å2
3----0.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→39.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2876 311 32 171 3390
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0223291
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2662.1134505
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9925370
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.97124.839124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.27115543
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg26.7141519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1620.2527
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0212306
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2440.21365
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.22140
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2280.2203
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.280.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3130.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0721.51860
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.93922998
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.25431431
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7244.51507
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.202→2.259 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 149 -
Rwork0.224 1857 -
obs--92.36 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.50480.11450.1630.7430.35051.83190.06950.0295-0.01-0.0354-0.0785-0.02530.11420.17060.0090.11170.023-0.02410.08140.00150.008916.117916.85425.9435
27.0805-0.8933-1.39766.39711.69436.21660.07370.1067-0.55150.4637-0.39411.22390.634-0.53720.32040.1562-0.14970.10790.1538-0.11260.2719-4.694816.165323.6626
36.401-0.87523.41411.61-0.11613.485-0.7038-0.16721.1886-0.0125-0.0732-0.0693-0.413-0.26550.7770.20190.0478-0.19370.0525-0.06180.26230.42635.1639-3.6848
44.67413.6445-2.32759.73710.30634.52241.3028-0.76471.36541.693-0.71681.3781-0.49240.4353-0.5860.5568-0.22850.43490.2143-0.29980.51487.295341.138432.9277
54.28180.3575-0.71392.85960.37731.19520.1330.05641.0192-0.0792-0.08180.656-0.06120.2103-0.05120.1344-0.0510.00350.08530.00390.3735.505237.416516.9507
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A25 - 37
2X-RAY DIFFRACTION1A99 - 224
3X-RAY DIFFRACTION2A38 - 98
4X-RAY DIFFRACTION3A225 - 287
5X-RAY DIFFRACTION4A298 - 414
6X-RAY DIFFRACTION5P867 - 873
7X-RAY DIFFRACTION5T840 - 847

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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