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Yorodumi- PDB-3g0m: Crystal structure of cysteine desulfuration protein SufE from Sal... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3g0m | ||||||
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Title | Crystal structure of cysteine desulfuration protein SufE from Salmonella typhimurium LT2 | ||||||
Components | Cysteine desulfuration protein sufE | ||||||
Keywords | HYDROLASE / cysteine desulfuration protein SufE / ynhA / CSGID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / NIAID / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Salmonella typhimurium LT2 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.76 Å | ||||||
Authors | Nocek, B. / Maltseva, N. / Stam, J. / Anderson, W. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structure of cysteine desulfuration protein SufE from Salmonella typhimurium LT2 Authors: Nocek, B. / Maltseva, N. / Stam, J. / Anderson, W. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3g0m.cif.gz | 44.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3g0m.ent.gz | 31.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3g0m.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g0/3g0m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g0/3g0m | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1mzgS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 16052.532 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Salmonella typhimurium LT2 (bacteria) / Strain: LT2 / SGSC1412 / Gene: gi:16764724, NP_460339, STM1374, sufE / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q8ZPQ1 |
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#2: Chemical | ChemComp-BME / |
#3: Chemical | ChemComp-EDO / |
#4: Chemical | ChemComp-PEG / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.88 Å3/Da / Density % sol: 34.58 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 30% PEG 400, 0.1M Li2SO4, 0.1M Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9794 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Dec 3, 2008 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9794 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.76→40 Å / Num. all: 11960 / Num. obs: 11678 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 31.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.76→1.79 Å / Redundancy: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.293 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 465 / % possible all: 79.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 1MZG Resolution: 1.76→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 6.347 / SU ML: 0.093 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.141 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 16.174 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.76→40 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.76→1.81 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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